Synthetic circRNAs employ IRES activity for translation in cells and in cell-free translation systems
이 논문은 합성 원형 RNA(circRNA) 의 번역 효율을 높이기 위해 다양한 바이러스 및 세포성 IRES 의 기능을 체계적으로 분석하고, 불순물을 제거한 정제 방법과 개선된 세포 무배양 추출물을 활용하여 IRES 의존적 번역을 최적화하는 전략을 제시합니다.
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biochemistry
376 편의 논문
Towards a unified molecular mechanism for ligand-dependent activation of NR4A-RXR heterodimers
이 논문은 RXR 리간드 세트의 기능적 다양성을 활용하여 Nur77-RXR{gamma} 이량체의 활성화 메커니즘이 고전적 약리학적 경로와 LBD 이량체 해리를 모두 포함할 수 있음을 규명하고, 이러한 비고전적 활성화 메커니즘이 NR4A-RXR 이량체 전체에 공통적으로 적용되는지 검증함으로써 신경퇴행성 및 염증성 질환 치료 표적 개발의 새로운 통찰을 제공합니다.
Bile-mediated ToxS homodimerization provides a model for ToxRS periplasmic interactions
이 연구는 담즙산이 비브리오균의 ToxS 단백질의 이량체화를 유도하여 ToxRS 시스템의 활성화 메커니즘을 규명함으로써, 병원균의 독성 유전자 조절에 대한 중요한 분자적 모델을 제시합니다.
Hydrogen-bonding changes cause differences in imipenem breakdown activity in OXA-48 variants
본 연구는 양자 역학/분자 역학 시뮬레이션을 통해 OXA-48 변이체들 간의 imipenem 분해 활성 차이를 결정하는 핵심 요인이 {beta}5-{beta}6 루프 돌연변이에 따른 활성 부위 수소 결합 네트워크 변화, 특히 탈아실화 과정에서 물 분자의 수소 결합 역할과 Lys73 의 수화 상태임을 규명했습니다.
Catalytic Efficiency of Conserved Metabolic Enzymes Across Evolutionary Complexity
본 논문은 BRENDA 및 주요 문헌의 데이터를 분석하여, 대사 효소의 촉매 효율이 생물체의 복잡성보다는 해당 대사 경로의 요구 사항과 조절 메커니즘에 따라 효소 특이적으로 진화했음을 규명했습니다.
Cryo-EM structures of photosystem I with alternative quinones reveals new insight into cofactor selectivity
이 논문은 ΔmenB 변이체에서 광계 I 의 A1A 와 A1B 자리에 결합된 대체 퀴논의 고해상도 Cryo-EM 구조를 규명하여, 두 결합 부위의 비대칭적 결합 특성과 단백질 불안정성이 리간드 교환에 필수적임을 보여주는 새로운 통찰을 제시합니다.
Structural analyses of Trichomonas vaginalis pyrophosphate-dependent phosphofructokinase (TvPPi-PFK)
이 연구는 트리코모나스 바지날리스의 피로인산 의존성 포스포프럭토키나제 (TvPPi-PFK) 의 세 가지 결정 구조를 규명하여, 이 효소가 기존에 알려진 피로인산 의존성 활성뿐만 아니라 ATP 와 당인산 결합 부위를 가진 새로운 특성을 보이며 삼선모증 치료제 개발을 위한 유망한 표적이 될 수 있음을 밝혔습니다.
ThermoTargetMiner Charts the Proteome-Wide Target Landscape of Lung Cancer Therapeutics
이 논문은 PISA 어설을 활용하여 67 가지 폐암 치료제의 프로테옴 전체 표적을 규명하고, 새로운 표적 후보를 발굴한 데이터베이스 'ThermoTargetMiner'를 구축하여 폐암 연구에 중요한 자원을 제공했다고 요약할 수 있습니다.
Non-fibrillar prion protein oligomers transmit structural information during early assembly
이 연구는 비섬유성 프리온 단백질 올리고머와 전이적 조립 중간체가 접힘 정보를 저장하고 전달하여 프리온 조립이 섬유 말단 신장뿐만 아니라 올리고머 기반 2 차 핵형성 플랫폼을 통해 일어날 수 있음을 규명했습니다.
Novel insights into conserved biomineralization mechanisms revealed from a cold-water scleractinian coral skeletal proteome
이 연구는 다양한 환경과 공생 상태에 있는 산호 종 간에 보존된 생광물화 메커니즘을 규명하기 위해 차가운 수온의 산호 *Desmophyllum pertusum*의 골격 유기 매트릭스 프로테옴을 분석하고, 이를 통해 산호의 석회화가 정적인 성분 집합이 아니라 역동적이고 조율된 세포 경로 네트워크임을 재정의했습니다.
Plant-derived soft electrophiles upregulate pro-resolving oxylipins in a paraquat-induced Drosophila model of Parkinson's disease.
본 연구는 식물 유래 연성 친전자체가 파라쿼트 유도 파킨슨병 모델인 초파리에서 NF-κB 동족체 relish 를 매개로 프로해결성 옥시리핀의 생성을 촉진하여 신경염증을 해결하고 신경보호 효과를 발휘함을 규명했습니다.
Persistence without turnover: RhoG G12E mutant highlights the role of nucleotide cycling in RhoG signaling
본 연구는 RhoG G12E 돌연변이가 GTP 결합 상태를 유지함에도 불구하고 핵산 순환 장애로 인해 오히려 RhoG 신호 전달 기능이 저하되어 세포 확산 증가 및 집단 이동 감소와 같은 비정상적인 표현형을 유발함을 규명했습니다.
The HSP90-CDC37 Chaperone System Orchestrates RAF1 Kinase Activation Through a Pre-Dimerization Mechanism
이 연구는 HSP90-CDC37 샤페론 시스템이 RAF1 활성화에 필수적인 비대칭적 단계적 접힘 메커니즘과 사전 이량체화를 조절하여 수동적 안정화자가 아닌 능동적 신호 조절자로 작용함을 새로운 cryo-EM 구조와 인산화체학 분석을 통해 규명했습니다.
Optimization of Retinoid Detection in Cerebrospinal Fluid Using Liquid Chromatography Mass Spectrometry
이 연구는 저농도 생체액에서의 레티노이드 정량 분석의 어려움을 극복하기 위해 액체 크로마토그래피-질량 분석 (LC-MS) 기반 검출 공정을 체계적으로 최적화하여, 마우스 뇌척수액에서 레티노이드의 신뢰할 수 있는 검출 및 프로파일링을 가능하게 하는 프레임워크를 제시했습니다.
Pathogenic human mitochondrial tRNA variants impair RNA processing by compromising 5' leader removal
이 연구는 인간 미토콘드리아 tRNA 변이가 5' 리더 서열 제거를 방해하여 RNA 처리 과정을 저해함으로써 미토콘드리아 질환을 유발하는 기작을 규명하고, 변이의 구조적 위치에 기반한 영향 예측 틀을 제시합니다.
Dissecting the interactions of the ISG15-USP18-STAT2 inhibitory complex
이 논문은 알파폴드 모델링과 생화학적 기법을 활용하여 ISG15-USP18-STAT2 억제 복합체의 형성 메커니즘을 규명하고, USP18 의 고유한 STAT2 결합 루프 (SBL) 의 중요성과 바이러스 감염이 이 상호작용에 미치는 영향을 밝혔습니다.
Microenvironmental Determinants of Reaction Kinetics in Biomolecular Condensates Probed with Protein Ligation
본 연구는 생체분자 응집체 내의 물리적 농축 효과와 화학적 미세환경 (친수성 및 물 활동) 이 반응 속도를 조절하는 핵심 기전임을 단백질 접합 실험을 통해 규명함으로써, 가역적 반응성을 갖는 응집체 설계에 대한 통찰을 제공했습니다.
Tracking ligand-binding-induced structural populations in T4 lysozyme by time-resolved serial crystallography
이 논문은 고정된 표적 결정학 및 LAMA 기반 리간드 전달 기술을 활용한 시간 분해 연속 싱크로트론 결정학 (TR-SSX) 을 통해 T4 리소자임 L99A 의 인돌 결합 과정과 골격 재배열을 실시간으로 추적하고, 확산 제한 과정에 따른 구조적 인구 집단의 정량화를 가능하게 함으로써 리간드 결합과 구조 적응 간의 가시적 연관성을 확립했습니다.
Impact of viral membrane oxidation on SARS-CoV-2 spike protein transmembrane anchoring stability
이 연구는 분자 동역학 시뮬레이션을 통해 SARS-CoV-2 스파이크 단백질의 막 고정 안정성이 지질 과산화에 의해 약화될 수 있음을 규명하여, 산화 스트레스가 바이러스 불활성화에 기여하는 물리적 메커니즘을 제시했습니다.
Kinetic logic of uridylation-mediated RNA decay
이 논문은 초파리에서 Tailor 효소가 생성한 4 염기 길이의 짧은 올리고(U) 중간체가 Dis3l2 엑소뉴클레아제의 기질 인식 및 분해 효율을 결정하는 동역학적 논리를 규명함으로써, 3' 말단 유리딜화가 RNA 분해 능력을 어떻게 정량적으로 부호화하는지에 대한 정량적 틀을 제시합니다.