💻 Category

bioinformatics

1012 papers

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

💻 bioinformatics

GPSNorm: Gaussian Process Spatial Normalization for Spatial Transcriptomics

GPSNorm is een nieuw Bayesiaans ruimtelijk normalisatiekader dat technische variatie, ruimtelijke structuur en biologisch signaal gezamenlijk modelleert met behulp van een hiërarchische Gaussische procesbenadering om normalisatieonzekerheid door te geven aan downstream differentiële expressieanalyse, waardoor de robuustheid en interpreteerbaarheid van ruimtelijke transcriptomica-gegevens worden verbeterd.

Taychameekiatchai, A., Zhan, X., Xiao, G., Ruan, P.2026-07-27
💻 bioinformatics

deepthought: the microscopy acquisition stack as an object of study

Dit artikel presenteert "deepthought", een modulaire stack voor microscopie-acquisitie die veelvoorkomende componenten zoals apparaattoegang en opslag standaardiseert, terwijl de applicatiespecifieke interpretatie- en doelwitlogica wordt geïsoleerd, waardoor autonome, 'analysis-in-the-loop' beeldvorming mogelijk wordt over diverse biologische scenario's heen, zoals high-throughput screening en langdurige live-cell tracking.

Kesavan, P. S., Devadasan, S., Bohra, D.2026-07-26
💻 bioinformatics

Phenotype-driven de novo molecular design from gene expression signatures

Het artikel introduceert Tx2Mol, een transcriptoom-gestuurd framework dat genexpressie-handtekeningen vertaalt naar chemisch plausibele en biologisch relevante de novo moleculen, waarbij een superieure prestatie wordt aangetoond ten opzichte van bestaande baselines in het behouden van fenotypische responsen over bulk-, single-cell- en patiënt-afgeleide ziektecontexten heen.

Xu, Y., Kuang, T., Ge, S., Wu, H., Wang, M., Xu, H., An, F., Ma, Z., Cheng, Q., Ren, Z.2026-07-25
💻 bioinformatics

pyfraglib: An integrated cfDNA fragmentomics platform

Het artikel introduceert pyfraglib, een uitgebreid Python-gebaseerd platform dat cfDNA-fragmentextractie, statistische modellering, cohort-niveau vergelijkende analyse en in silico simulatie integreert om end-to-end fragmentomics-workflows mogelijk te maken, die succesvol werden gevalideerd op zowel gesimuleerde data als echte monsters van centrale zenuwstelsel lymfomen om prognostische subgroepen te identificeren.

Schuette, D., Godfrey, L. K., Schneider, J., Borchmann, S., Heger, J.-M., Schwarz, R. F.2026-07-24
💻 bioinformatics

A new automated pipeline for whole genome shotgun sequencing analysis and hazard characterization of microbial pesticides

Dit artikel presenteert een publiek toegankelijke, webgebaseerde geautomatiseerde pijplijn die whole-genome sequencing-data integreert met uitgebreide tools voor gevarenkarakterisering om een transparante, reproduceerbare en regelgebaseerde risicobeoordelingsworkflow voor microbiële pesticiden te bieden, wat significante verbeteringen biedt ten opzichte van bestaande regulatoire methoden.

Saraiva, J. P., Lupo, V., Cerqueira, F., Makri, S., Vasileiadis, S., Guijarro, B., Bartholomaus, A., Papagiannitsis, C. (…)2026-07-24
💻 bioinformatics

Statistical tests for bivariate spatial association across multi-omics data with disjoint coordinates

Dit artikel introduceert het R-pakket `sbivar`, dat een reeks aangepaste statistische toetsen en variantieschatters biedt om bivariante ruimtelijke associaties tussen multi-omics modaliteiten met disjuncte coördinaten rigoureus te beoordelen, terwijl er op de juiste wijze rekening wordt gehouden met ruimtelijke autocorrelatie en computationele uitdagingen in hoge dimensies.

Hawinkel, S., Hu, W., Velten, B., Maere, S.2026-07-23
💻 bioinformatics

An openly licensed benchmark and per-gene calibration map for missense pathogenicity predictors on activating cancer drivers

Deze studie onthult dat huidige voorspellers van missense-pathogeniteit, die primair zijn getraind op loss-of-function-varianten, activerende kankerdrivers systematisch onderschatten vanwege hun afwijkende structurele en evolutionaire kenmerken, wat de auteurs ertoe aanzet om een vrij gelicenseerde benchmark, per gen gekalibreerde kaarten en een hergekalibreerd kader (OncoCal) te verstrekken om de interpretatie van somatische varianten te verbeteren.

Lee, S.-G.2026-07-23