💻 Category

bioinformatics

1012 papers

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

💻 bioinformatics

PHI: A Galaxy-based workflow for reproducible prophage-host interaction analysis and standardized viral-genomics reporting

Het artikel introduceert PHI, een gebruiksvriendelijke en geautomatiseerde Galaxy-gebaseerde workflow die reproduceerbare profaagidentificatie, voorspelling van gastheerinteractie en functionele karakterisering stroomlijnt, terwijl gestandaardiseerde rapporten worden gegenereerd om de drempels voor zowel experts als niet-experts in viraal genomics-onderzoek te verlagen.

Saraiva, J. P., Borim Correa, F., Bernt, M., Ghanem, N., Nieto, E., Brizola Toscan, R., Y. Wick, L., Chatzinotas, A.2026-07-07
💻 bioinformatics

A foundation model enables prediction of natural product molecular properties, bioactivity, and structural similarity from biosynthetic gene cluster sequence

Dit artikel introduceert BGC-MLM, een foundation model dat is voorgetraind op niet-gelabelde biosynthetische genclustersequenties, wat de voorspelling van eigenschappen, bioactiviteit en structurele gelijkenis van natuurlijke producten aanzienlijk verbetert, waardoor de efficiëntie van genomische mijnbouw voor nieuwe natuurlijke producten wordt vergroot.

Walker, A.2026-07-07
💻 bioinformatics

Scop3P in 2026: an expanded proteomics-informed resource contextualizing phosphorylation sites through sequence, structure, mutation, and experimental provenance

De 2026-update van Scop3P vormt een belangrijke uitbreiding van deze proteomica-geïnformeerde kennisbank door 152.350 uniform herverwerkte humane fosforyleringsplaatsen te integreren met uitgebreide structurele, biofysische, evolutionaire en mutationele annotaties om een schaalbare, herkomstbewuste bron te bieden voor de interpretatie van fosforylering in functionele en pathologische contexten.

Ramasamy, P., Tichshenko, N., Diaz, A., Velghe, K., Massignani, E., Vranken, W. F., Martens, L.2026-07-06
💻 bioinformatics

Benchmarking AlphaFold and related deep learning approaches for modeling antibody and TCR antigen recognition

Deze studie evalueert de prestaties van AlphaFold2, AlphaFold3 en enhanced sampling-protocollen bij het modelleren van antigeenherkenning door antilichamen en TCR, waarbij wordt aangetoond dat hoewel verhoogde sampling en AlphaFold3 de nauwkeurigheid over het algemeen verbeteren, het succes significant varieert tussen complexe typen en verder kan worden versterkt door het poolen van complementaire modellen.

Yin, R., Saravanakumar, S., Shi, S. Y., Park, M., Lin, V., Lee, J., Cheung, M., Felbinger, N., Kaufman, S., Eisenberg, M (…)2026-07-06
💻 bioinformatics

Selecting Chromosomes for Polygenic Traits: Algorithms and Complexity

Dit artikel definieert en analyseert het NP-volledige probleem van het selecteren van genomische blokken uit meerdere brongenomen om polygene eigenschappen te optimaliseren, en stelt een reeks algoritmen voor—waaronder een gecertificeerde Branch-and-Bound-solver, een snelle Block-Coordinate-Descent-heuristiek en een semidefiniete programmeringsrelaxatie—die gezamenlijk optimale of bijna optimale oplossingen bieden met theoretische garanties en empirische validatie op simulaties op gist-schaal.

Zuk, O.2026-07-05
💻 bioinformatics

Improving Generalizability in Whole-Cell Antibiotic Discovery Through Active Learning

Deze studie toont aan dat een gekalibreerde actieve leerstrategie, geoptimaliseerd door middel van retrospectieve simulaties en gevalideerd in een closed-loop *Borrelia burgdorferi*-screeningcampagne, de experimentele hitrates significant verhoogt en het trainen van generaliseerbare machine learning-modellen mogelijk maakt die in staat zijn om de antibiotische activiteit van out-of-distribution verbindingen nauwkeurig te voorspellen.

Serrano, L. R., Zhou, A., Wei, Z., Stocks, K.-L. K., Ektefaie, Y., Gwynne, P. J., Chen, E., Krieger, I., Sacchettini, J. (…)2026-07-05
💻 bioinformatics

A High-Confidence Atlas of Protein Methylation Enables AI-Driven Detection of Methylated Peptides

Door publieke datasets te heranalyseren met strikte statistische controles om een betrouwbare menselijke methylatieatlas van 1.828 locaties vast te stellen, ontwikkelden en valideerden de auteurs een op transfer learning gebaseerd deep learning-model (AHLF-Methylation) dat de detectie en lokalisatie van gemethyleerde peptiden aanzienlijk verbetert.

Wang, S., Hartmaring, Y., Schlaffner, C. N., Bowler-Barnett, E., Martin, M., Fan, J., Sun, Z., Renard, B. Y., Jones, A. (…)2026-07-04