💻 Category

bioinformatics

763 papers

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

ExplainBind: Explainable Physicochemical Determinants of Protein-Ligand Binding via Non-Covalent Interactions

ExplainBind is een nieuw, structuurvrij AI-kader dat de waarschijnlijkheid van eiwit-ligand-binding voorspelt, specifieke bindingsresiduen lokaliseert en patronen van niet-covalente interacties ontcijfert om mechanistische inzichten voor de geneesmiddelenontwikkeling te bieden, waarbij het bestaande black-box-modellen overtreft op diverse doelen en succesvol zowel remmers als activatoren met onderscheidende functionele mechanismen identificeert.

Meng, Z., Bai, Z., Yuan, K., Cheah, J. H., Jiang, W., Skepner, A., Leahy, K. J., Ounis, I., Oldham, W. M., Meng, Z., Xu, H., Loscalzo, J.2026-05-19💻 bioinformatics

Unlocking Open-Access Genomic and Transcriptomic Data: The First Bioinformatic Exploitation of Tunisian Durum Wheat Landraces Chili and Mahmoudi, Pioneering Data-Driven Research in North Africa

Deze studie presenteert de eerste geïntegreerde genomische en transcriptomische analyse van Tunesische durumtarwe-landrassen, waarbij wordt aangetoond dat adaptatie aan aride gebieden voornamelijk wordt gedreven door herschakeling van trans-regulerende stressnetwerken in plaats van selectiehotspots, en waarbij specifieke moleculaire mechanismen en zes chromosomale doelen voor toekomstige veredeling worden geïdentificeerd.

Gdoura-Ben Amor, M., MATHLOUTHI, N. E. H., BELGUITH, I., DEROUICH, R.2026-05-19💻 bioinformatics

TransXplorer: An automated translational discovery platform for RNA-seq data

TransXplorer is een gratis en inlogvrije webplatform dat de volledige RNA-seq-analytische workflow – van ruwe data-verwerking en geautomatiseerde batchcorrectie tot functionele verrijking, netwerkanalyse en integratie voor klinische/medicijnontdekking – stroomlijnt tot één geünificeerde omgeving.

Verma, V. M., Oler, E., Syed, H., Han, S., Berjanskii, M., Mason, A. L., Wishart, D. S., Wong, G. K.-S.2026-05-19💻 bioinformatics

DistPCA: Tera-Scale Genomic PCA via Out-of-Core Distributed Parallelism

DistPCA is het eerste gedistribueerde, out-of-core C++-framework dat gebruikmaakt van MPI-gebaseerde multi-level parallelisme om geheugen- en I/O-flessenhalsen te overwinnen, waardoor een zeer schaalbare en nauwkeurige Principal Component Analysis mogelijk wordt voor tera-scale genomische datasets op zowel single- als multi-node systemen.

Mermigkis, G., Sofotasios, A., Kontopoulou, E.-M., Gallopoulos, E., Hadjidoukas, P.2026-05-19💻 bioinformatics

Multi-Scale Tri-Modal Histology Dataset Integrating Tumor Morphology, Immune Patterns, and Clinical Outcomes

Dit artikel introduceert Prostate-TriMod, een nieuw tri-modaal histologiedataset voor prostaatkanker dat hoge-resolutie multischaal-morfologie, ruimtelijke immuuncelkaarten en klinische uitkomsten integreert om geavanceerd multimodaal AI-onderzoek en prognostische analyse te faciliteren.

Jung, K. J., Qiu, J., Cho, S., McDonough, E., Chadwick, C., Ghose, S., West, R. B., Brooks, J. D., Ginty, F., Machiraju, R., Mallick, P.2026-05-19💻 bioinformatics

Systematic cross-study assessment of RNA-Seq experimental workflows for plasma cell-free transcriptome profiling

Deze studie evalueert systematisch 21.666 plasma cfRNA-Seq-steekproeven uit meerdere onderzoeken om aan te tonen dat technische factoren, met name de keuze van het protocol en contaminatie met genomisch DNA, transcriptomische variatie overweldigend meer bepalen dan biologische fenotypes, en biedt aldus evidence-based richtlijnen om workflows te standaardiseren en de reproduceerbaarheid van biomarkerontdekking te verbeteren.

Tuni, C., Asole, G., Monteagudo-Mesas, P., Rusu, E. C., Cabus, L., Gonzalez, L., Sanchez, L., Neto, B., Sanders, P., Weber, M., Lagarde, J.2026-05-18💻 bioinformatics

CatIF-RL: Activity-Oriented Enzyme Sequence Design by Steered Inverse Protein Folding

CatIF-RL is een nieuw raamwerk dat de katalytische activiteit van enzymen verbetert door een op grafen gebaseerd denoising diffusion inverse folding-model te sturen naar hogere voorspelde kcat-waarden via activiteitsgerichte preferentiesignalen en groepsrelatieve beleidsoptimalisatie, terwijl structurele trouw en sequentieverenigbaarheid worden behouden.

Li, Y., Xiong, J., Zhang, Y., Cai, T., Fu, C., Li, S., Xu, W., Lyu, R., Chen, Z., Guo, Z., Gong, X., Wang, F.2026-05-18💻 bioinformatics

BiomniBench: Process-level Evaluation of LLM Agents for Real-world Biomedical Research

Het artikel introduceert BiomniBench, een nieuw evaluatiekader op procesniveau dat LLM-agenten beoordeelt op real-world biomedische onderzoekstaken met behulp van door experts ontworpen rubrics om de beperkingen van enkel op uitkomsten gebaseerde benchmarks te overwinnen en kritieke tekortkomingen in redenering en methodeselectie aan het licht te brengen.

Qu, Y., Lu, Y., Tu, X., Zhang, S., She, T., Shaw, A. G., Shih, J.-H., Zhao, B., Shen, M., Yang, H., Yan, J., Zhang, R., Wu, X., Li, T., Zhou, B., Wang, N., Ma, A., Cong, L., Hu, X., Jiang, Y., Dong, J (…)2026-05-18💻 bioinformatics

Elab2ARC: A Browser-Based Workspace for Converting Free-Text Protocols into rich FAIR digital objects

elab2ARC is een client-side, browsergebaseerde werkruimte die de conversie van vrije-tekst eLabFTW elektronische laboratoriumnotitieboekrecords automatiseert naar FAIR-conforme, versiebewaarde Annotated Research Contexts (ARCs) voor naadloze deling en archivering zonder de dagelijkse laboratoriumwerkprocessen te verstoren.

Zander, S., Zhou, X.-R., Kranz, A., Dumschott, K., Rocca-Serra, P., Weil, H. L., Tschoepke, M., Muehlhaus, T., Von Suchodoletz, D., Usadel, B.2026-05-18💻 bioinformatics