💻 Category

bioinformatics

1197 papers

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

💻 bio-informatica

GLOF: A large-scale expert-curated benchmark dataset of gain-of-function and loss-of-function missense variants

Het artikel introduceert GLOF, een grootschalige, door experts gecureerde benchmark-dataset bestaande uit meer dan 112.000 missense-varianten verspreid over bijna 3.000 menselijke genen, die varianten classificeert als gain-of-function, loss-of-function of neutraal om de ontwikkeling en evaluatie van computationele methoden voor het voorspellen van variantmechanismen te faciliteren.

Maricato, V., Schlesinger, D., de Souza Moura, P. N.2026-06-07
💻 bio-informatica

VelocityFM: Short-Horizon Protein Trajectory Prediction via Flow Matching in Velocity Space

VelocityFM is een innovatieve voorspeller van eiwit-trajecten met een korte horizon die gebruikmaakt van rectified flow matching in de snelheidsruimte om geometrisch geldige, botsingsvrije en vouw-behoudende dynamische conformaties te genereren voor ongeziene eiwitten, waarbij een hoge structurele nauwkeurigheid wordt bereikt met een mediane TM-score van 0,929.

Jayathilake, L., Wijesinghe, C. R., Weerasinghe, R.2026-06-07
💻 bio-informatica

A Web-based software toolkit for accessible and best-practice machine learning analyses in biomedical research

Het artikel introduceert GLEAM, een webgebaseerde, codevrije softwaretoolkit gebouwd op de Galaxy workbench die biomedische onderzoekers in staat stelt om rigoureuze, reproduceerbare en toegankelijke supervised machine learning-analyses uit te voeren over diverse datatypen heen, terwijl zij zich houden aan best practices.

Morais Lyra Junior, P. C., Qiu, J., Van Dang, K., Pybus, A., Narvaez-Bandera, I., Singh, M. A., Gu, Q., Sargent, L., Cre (…)2026-06-07
💻 bio-informatica

Ontologizer 3: a cross-platform desktop application for frequentist and Bayesian GO enrichment analysis

Ontologizer 3 is een gratis beschikbare, cross-platform desktopapplicatie die Gene Ontology-verrijkingsanalyse faciliteert door zowel frequentistische als Bayesiaanse methoden aan te bieden, waarbij de laatste een superieure precisie vertoont bij het identificeren van causale termen door rekening te houden met hiërarchische overlap in genensets.

Ramlow, L., Scholtes, J., Danis, D., Robinson, P. N.2026-06-06
💻 bio-informatica

Automated Retinal Dysplasia Segmentation in Mouse Optical Coherence Tomography Scans Using a UNet-Based model

De auteurs hebben een open-source, op UNet gebaseerde geautomatiseerde segmentatietool genaamd 'OCTOPUS' ontwikkeld die een hoge nauwkeurigheid bereikt bij het detecteren van retinale dysplasie in muis-OCT-scans, waardoor preklinische screening wordt gestroomlijnd en beoordelingen over laboratoria heen worden gestandaardiseerd.

Mikroulis, A., Raishbrook, M. J., Palkova, M., Lindovsky, J., Prochazka, J., Sedlacek, R., Novosadova, V., Novak, D.2026-06-06
💻 bio-informatica

Single-Cell Multi-Omics Dissection of Malignant Evolutionary Mechanisms and Construction of a Prognostic Model for Clear Cell Renal Cell Carcinoma

Deze studie integreert single-cell RNA- en ATAC-sequencing over verschillende gradaties van heldercellig niercelcarcinoom (ccRCC) om te onthullen dat epigenetische veranderingen voorafgaan aan metabole en invasieve verschuivingen, terwijl een robuuste CBG-prognostische signatuur wordt gedefinieerd en de dynamische evolutie van immuunuitputting en intercellulaire communicatienetwerken wordt in kaart wordt gebracht.

Liu, R., Shi, Y., Xiao, Y., Ren, B., Li, L., Qi, B., Li, T., Zhang, Y., Gao, J.2026-06-06
💻 bio-informatica

Handshake: Partner-Specific Protein-Protein Binding Site Prediction at Scale Using ProstT5 and Cross-Chain Attention

Het artikel introduceert Handshake, een sequentie-gebaseerd deep learning-model dat gebruikmaakt van ProstT5 en cross-chain aandacht om op grote schaal nauwkeurig partner-specifieke eiwit-eiwit bindingsplaatsen te voorspellen, terwijl het ook onthult dat een hoge sequentieredundantie in de trainingsdata de prestatiecijfers in bestaande benchmarks aanzienlijk opblaast.

Haspel, N.2026-06-06