bioinformatics papers | Gist.Science

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

Deciphering context-dependent epigenetic program by network-based prediction of clustered open regulatory elements from single-cell chromatin accessibility

Deze studie introduceert enCORE, een computationeel framework dat netwerkanalyses van enhancer-interacties toepast op single-cell ATAC-seq-data om Clustered Open Regulatory Elements (COREs) te identificeren, waarmee contextafhankelijke epigenetische programma's en ziekterelateerde regulatoren in processen zoals hematopoëse en darmkanker effectief kunnen worden ontrafeld.

Park, S., Ma, S., Lee, W., Park, S. H.2026-03-18💻 bioinformatics

A linguistics-based algorithm for RBP motif and context discovery

Deze paper introduceert een nieuw, deterministisch algoritme dat door linguïstische principes en de integratie van sequentiecontexten RNA-bindende eiwitmotieven en hun context nauwkeuriger ontdekt dan bestaande methoden.

Elhajjajy, S. I., Weng, Z.2026-03-18💻 bioinformatics

ChromBERT: Uncovering Chromatin State Motifs in the Human Genome Using a BERT-based Approach

Dit artikel introduceert ChromBERT, een op BERT gebaseerd model dat is getraind op chromatinestatussamenstellingen uit 127 menselijke celtypen om betekenisvolle motieven te ontdekken en deze te gebruiken voor het voorspellen van genexpressie en het classificeren van celtypen en driedimensionale genomische kenmerken.

Lee, S., Sakatsume, J., Oba, G. M., Nagaoka, Y., Lin, C., Chen, C.-Y., Nakato, R.2026-03-17💻 bioinformatics

Accelerating k-mer-based sequence filtering

Dit artikel introduceert K2Rmini, een in Rust geschreven tool die door middel van minimizer-gebaseerde schetsing en SIMD-versnelling k-mer-gebaseerde sequentiefiltratie mogelijk maakt met een snelheid van 2 Gbp/s zonder voorafgaande indexering van de volledige dataset.

Martayan, I., Vandamme, L., Constantinides, B., Cazaux, B., Paperman, C., Limasset, A.2026-03-17💻 bioinformatics

The History of Enzyme Evolution Embedded in Metabolism

Dit onderzoek toont aan dat de evolutiegeschiedenis van enzymatische vouwingen is ingebed in metabolische netwerken, wat suggereert dat vroege metabolismen rijk waren aan β-eiwitten en dat latere aanpassingen aan zuurstof vooral door de hergebruik van bestaande vouwingen werden gedreven in plaats van door het ontstaan van nieuwe.

Corlett, T., Smith, H. B., Smith, E., Goldford, J. E., Longo, L. M.2026-03-17💻 bioinformatics

From Circles to Signals: Representation Learning on Ultra-Long Extrachromosomal Circular DNA

Dit paper introduceert eccDNAMamba, een schaalbaar bidirectioneel state-space model dat de unieke circulaire topologie van ultra-lange extrachromosomale circulaire DNA-moleculen behoudt en hierdoor superieure prestaties levert bij het modelleren en analyseren van deze sequenties in vergelijking met bestaande genomische foundation modellen.

Li, J., Liu, Z., Zhang, Z., Zhang, J., Singh, R.2026-03-17💻 bioinformatics

Calcium transient detection and segmentation with the astronomically motivated algorithm for background estimation and transient segmentation (Astro-BEATS)

Dit paper introduceert Astro-BEATS, een op astronomische methoden gebaseerd algoritme dat de detectie en segmentatie van miniature synaptische calciumtransienten in fluorescentiemicroscopie-gegevens aanzienlijk verbetert en dient als effectieve tool voor het genereren van trainingsdata voor diepe leermodellen.

Fan, B., Bilodeau, A., Beaupre, F., Wiesner, T., Gagne, C., Lavoie-Cardinal, F., Hlozek, R.2026-03-17💻 bioinformatics

OmicClaw: executable and reproducible natural-language multi-omics analysis over the unified OmicVerse ecosystem.

OmicClaw is een uitvoerbaar en reproduceerbaar framework dat natuurlijke taal gebruikt om multi-omics-analyses te stroomlijnen binnen het verenigde OmicVerse-ecosysteem, waardoor complexe workflows voor bulk-, single-cell en ruimtelijke genomica betrouwbaar en toegankelijk worden gemaakt.

Zeng, Z., Wang, X., Luo, Z., Zheng, Y., Hu, L., Xing, C., Du, H.2026-03-17💻 bioinformatics

CROCHET: a versatile pipeline for automated analysis and visual atlas creation from single-cell spatialomic data

CROCHET is een modulaire, open-source en gebruiksvriendelijke analysepijplijn die de creatie van ruimtelijk opgeloste celatlassen mogelijk maakt en zo de toegankelijkheid van ruimtelijke 'omics'-data voor een brede gemeenschap vergroot.

Bozorgui, B., Thibault, G., Yuan, C., Dereli, Z., Wang, H., Overman, M. J., Weinstein, J. N., Korkut, A.2026-03-17💻 bioinformatics

Cross-Propagative Graph Learning Reveals Spatial Tissue Domains in Multi-Modal Spatial Transcriptomics

Het artikel introduceert st-Xprop, een kruispropagatief grafisch leermodel dat genexpressie en histologische beelden effectief integreert om nauwkeurigere en biologisch betekenisvolle ruimtelijke weefseldomeinen te identificeren in multi-modale ruimtelijke transcriptomics.

Guo, Y., Liu, S., Zhang, Z., Zhang, S., Li, L.2026-03-17💻 bioinformatics

← Vorige Volgende →