1246 papers
Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.
Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.
Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.
Dit artikel presenteert het eerste telomeer-tot-telomeer genoom van *Dendrobium officinale*, wat inzicht biedt in de evolutie van Orchidaceae-polyploïdie en de genetica van mycorrhiza-symbiose.
Dit artikel introduceert een niet-parametrische kalibratiemethode die, door gebruik te maken van gesimuleerde data, de schatting van linkage disequilibrium bij kleine steekproefgroottes significant verbetert en de nauwkeurigheid van downstream-analyses zoals LD-pruning verhoogt.
Dit artikel presenteert een machine- en deep-learning-pipeline die genen koppelt aan fenotypes door patiënten te classificeren op basis van genotypegegevens en vervolgens de belangrijkste SNPs te identificeren, wat resulteert in een gemiddelde gen-identificatie-ratio van 0,84 en een effectieve prioritering van ziekte-gerelateerde genen.
In dit artikel wordt Deep-Palm voorgesteld, een geïntegreerd deep learning-kader dat sequentie-, structuur- en fysisch-chemische kenmerken combineert om S-palmitoyleringsplaatsen in eiwitten nauwkeuriger te voorspellen dan bestaande methoden.
De auteurs presenteren FourC, een open-source methode op basis van Bayesiaanse regressie en Gaussische processen die het duplicatieprobleem in 4C-seq-data oplost om significante en differentiële chromatincontacten nauwkeurig te identificeren.
Deze studie toont aan dat Withaferin A via een multi-target *in silico*-benadering veelbelovende antivirale eigenschappen vertoont tegen sleutelproteïnen van het Marburg-virus, ondersteund door gedetailleerde moleculaire docking, dynamica en ADMET-analyses.
Mutation Reporter is een open-source tool die het mogelijk maakt om zowel enkele als samengestelde aminozuurmutaties direct uit ruwe NGS-sequencingbestanden te identificeren, met volledige controle over kwaliteitsparameters voor niet-gespecialiseerde gebruikers.
Dit artikel introduceert RefCM, een nieuwe computationele methode die optimale transport en geheeltallige programmering combineert om scRNA-seq-data nauwkeurig te annoteren door middel van referentieclusters, waardoor superieure resultaten worden behaald bij het overbruggen van verschillen in technologie, weefsel en soort.
Dit artikel presenteert een hybride raamwerk dat moleculaire dynamica combineert met diepe generatieve modellen om het conformationele ensemble van apo-RNA's uit te breiden naar cryptische bindingsconformaties, wat voor het eerst succesvol is aangetoond op het HIV-1 TAR-systeem en nieuwe mogelijkheden biedt voor RNA-gerichte structurele geneesmiddelenontwikkeling.
Deze studie presenteert de eerste uitgebreide benchmark van drie circRNA-detectietools voor Oxford Nanopore-sequencing, waarbij een nieuw, open-source simulatiekader werd ontwikkeld om de prestaties te evalueren en aan te tonen dat de combinatie van meerdere tools of verdere algoritmeverbeteringen noodzakelijk is voor nauwkeurige detectie.