419 papers
Biologie en natuurkunde vloeien in dit vakgebied samen om het complexe leven onder de microscoop te ontrafelen. Van hoe moleculen bewegen tot de krachtlijnen in een cel, hier wordt de fysica van het leven verkend zonder onnodig jargon. Het is een wereld waar de wetten van de natuurkunde worden toegepast om biologische mysteries op te lossen.
Op Gist.Science vinden we elke nieuwe preprint uit deze categorie direct op bioRxiv. Onze team verwerkt deze publicaties zodat u zowel een heldere samenvatting in gewone taal als een diepgaande technische analyse krijgt. Dit maakt de meest recente inzichten toegankelijk voor iedereen, ongeacht uw achtergrond.
Hieronder vindt u de nieuwste artikelen over biofysica, zorgvuldig geselecteerd en samengevat voor u.
Deze studie toont aan dat een combinatie van gewogen ensemble-simulaties en het RiteWeight-algoritme AI-genererde proteïne-structuurensembles kan harmoniseren naar een consistent evenwichtstoestand, waarbij de oorspronkelijke verschillen tussen de AI-tools worden geëlimineerd.
Deze studie toont aan dat het toepassen van verschillende perturbationstechnieken op meervoudige sequentie-uitlijningen (MSA) de prestaties van AlphaFold3 significant verbetert bij het sampleen van alternatieve eiwitconformaties, waarbij de resultaten vaak concurreren met het BioEmu-model.
Dit onderzoek onthult dat brede neutralisatie van SARS-CoV-2 door XGI-antilichamen berust op de strategische targeting van evolutionair vastgezette, minimaal gefrustreerde kerngebieden van het spike-eiwit, terwijl mutaties zich beperken tot neutraal gefrustreerde randzones die vluchtigheid mogelijk maken zonder de structuur te destabiliseren.
Deze studie toont aan dat bestaande ion-krachtveldparameters niet direct naar het OPC-watermodel kunnen worden overgebracht zonder nauwkeurige validatie, en introduceert daarom de MS/G-LB(OPC)-krachtveldcombinatie die experimentele gegevens voor hydratatie-energieën, structuur en activiteit nauwkeurig reproduceert.
Deze studie identificeert en corrigeert een fundamentele voorspellingsbias in de verwerking van chromatincontactdata, waardoor de fysiek interpreteerbare reconstructie van genoomarchitectuur mogelijk wordt via een nieuw statistisch consistent raamwerk en het diep-leringsmodel CCUT.
Deze studie toont aan dat de transcriptiefactor YY1 op concentratie-afhankelijke wijze twee mechanisch verschillende DNA-condensaten vormt door middel van afzonderlijke domein-gedreven interactiemechanismen die de materiaaltoestand van chromatine bepalen.
Dit onderzoek onthult de structurele basis voor de remming van M1-muscarinische en H3-histamine receptoren door het CN045-verbinding, wat inzicht verschaft in hoe deze verbinding oligodendrocyt-progenitorcellen stimuleert tot differentiatie voor remyelinisatie bij multiple sclerose.
In dit onderzoek wordt met cryo-elektronmicroscopie onder zure omstandigheden een nieuwe, geëxpandeerde pore-conformatie van het bacteriële kanaal DeCLIC onthuld die als functionele open toestand fungeert, terwijl calciumbinding en dynamiek in het N-terminale domein de sluiting van het kanaal reguleren.
Dit paper introduceert biofysische fitnesslandschapsontwerp (FLD) als een proactieve strategie om door middel van geoptimaliseerde antilichamen het evolutionaire pad van virussen zoals SARS-CoV-2 kwantitatief te sturen en escape-varianten te onderdrukken voordat ze ontstaan.
Deze studie toont met massaphotometrie aan dat ivonescimab, een bispecifiek antilichaam, voornamelijk stabiele 2:2-dimeren vormt met VEGF en twee PD-1-moleculen bindt, wat de moleculaire basis legt voor de superieure klinische werkzaamheid van dit geneesmiddel.