419 papers
Biologie en natuurkunde vloeien in dit vakgebied samen om het complexe leven onder de microscoop te ontrafelen. Van hoe moleculen bewegen tot de krachtlijnen in een cel, hier wordt de fysica van het leven verkend zonder onnodig jargon. Het is een wereld waar de wetten van de natuurkunde worden toegepast om biologische mysteries op te lossen.
Op Gist.Science vinden we elke nieuwe preprint uit deze categorie direct op bioRxiv. Onze team verwerkt deze publicaties zodat u zowel een heldere samenvatting in gewone taal als een diepgaande technische analyse krijgt. Dit maakt de meest recente inzichten toegankelijk voor iedereen, ongeacht uw achtergrond.
Hieronder vindt u de nieuwste artikelen over biofysica, zorgvuldig geselecteerd en samengevat voor u.
Deze studie beschrijft een reconstitutieprotocol voor myristoyleren van humane GRASP65 en GRASP55 in lipide-modellen, wat aantoont dat deze myristoylering essentieel is voor hun interactie met membranen en hun invloed op membraandynamica via de disordere SPR-domein.
De functie van chromatinegrenzen wordt niet alleen bepaald door de aanwezigheid van CTCF, maar door een aanpasbaar ensemble van DNA-gebonden conformaties die probabilistisch bepalen of cohesine wordt vastgehouden of passeert.
Deze paper beschrijft de recente methodologische verbeteringen aan de Life Science X-ray Scattering (LiX) beamline bij de NSLS-II, die door middel van hoogwaardige en snelle röntgendiffractie onderzoek naar de organisatie van sarcomere eiwitten in spierweefsel versnelt.
DynMoCo is een nieuw deep learning-framework dat moleculaire dynamica-simulaties analyseert door eiwitten te modelleren als tijdsevoluerende grafen, waardoor functionele, modulaire substructuren en hun bewegingen door de tijd heen automatisch kunnen worden geïdentificeerd.
Dit artikel introduceert een op Markov State Models gebaseerd framework dat de interacties van kleine moleculen met ongeordende eiwitten karakteriseert via dynamische "bindingspaden" in plaats van statische pockets, waardoor herkenningsmechanismen worden gerationaliseerd en drugbare regio's worden geïdentificeerd om drug discovery voor voorheen onbehandelbare targets te faciliteren.
Het artikel introduceert ST-Analyzer, een gratis beschikbare, cross-platform open-source tool die de kloof tussen command-line en grafische interfaces overbrugt om de reproduceerbare analyse van high-performance computing simulatie-trajecten te vereenvoudigen voor zowel experts als niet-experts.
Dit artikel introduceert CTMD, een snel, natuurkundig gebaseerd en open-source metadynamica-protocol dat de reversibele werk-schatter c(t) gebruikt om robuuste vroege verrijking in virtuele screening te bereiken, waarmee effectief de kloof wordt overbrugd tussen benaderende docking/AI-methoden en dure vrije-energieberekeningen, terwijl memorisatie-artefacten en trainingsset-biases die worden waargenomen bij recente AI co-folding benaderingen worden vermeden.
Het artikel introduceert "Unbend", een nieuwe functie in de cisTEM-software die gebruikmaakt van een 3D kubische spline-model om gelokaliseerde door de bundel geïnduceerde monsterbeweging in cryo-EM-beelden te corrigeren, wat de detectiepercentages van deeltjes en de signaal-ruisverhoudingen aanzienlijk verbetert over diverse monstertypen heen, terwijl er minimale extra vervorming wordt geïntroduceerd.
Deze studie presenteert biochemische gegevens en hoogresolutie cryo-EM-structuren van een circulair gepermuteerd groep II-intron uit *Comamonas testosteroni* om de mechanistische overgang van vertakkings- naar hydrolytische splicingpaden te verduidelijken, waarbij actieve-plaatsherrangschikkingen worden onthuld die de productie van circulair RNA mogelijk maken en nieuwe strategieën voor therapeutische engineering bieden.
Dit artikel onthult dat het PETase-enzym door de lokale omgeving van zijn actieve centrum een synergetische zure en basische katalyse bereikt voor esterhydrolyse, waarbij een protonenpendel wordt gebruikt voor nucleofielgeneratie en waterstofbinding voor transitietoestandsstabilisatie, wat daarmee specifieke eiwitengineeringstrategieën suggereert om de plastic-afbrekende reactiviteit te verbeteren.