1002 papers
Deze studie past Structural Equation Modeling (SEM) toe op transcriptomische psoriasisdata, waarbij een statistisch significante structurele relatie wordt onthuld tussen epigenetische dysregulatie en de pathologie van de ziekte die sterk wordt gekenmerkt door de downregulatie van het lange niet-coderende RNA H19.
Deze studie toont aan dat de structurele complexiteit van habitats fungeert als een cruciale ecologische buffer die de veerkracht en biodiversiteit van koraalriffen versterkt, waardoor de gecombineerde negatieve effecten van lokale antropogene stressoren en klimaatverandering worden gemitigeerd.
Deze studie biedt de eerste uitgebreide karakterisering van de terminale lusregio's van menselijk pre-miRNA, waarbij onderscheidende sequentiearchitecturen worden onthuld die worden gedefinieerd door specifieke lengteverdelingen, positionele nucleotidebiases en verrijkte motieven die de miRNA-biogenese en eiwitinteracties kunnen beïnvloeden.
Deze studie bepaalde de mediaan dodelijke (LD₅₀) en groeireductie (GR₅₀) doses van snelle neutronenbestraling voor twee cowpeavariëteiten, waarbij werd vastgesteld dat SAMPEA 21 radiosensitiever is dan SAMPEA 20T en essentiële genotype-specifieke benchmarks biedt om mutatiekweekprotocollen te optimaliseren.
Deze empirische studie toont aan dat de voorgetrainde gen-token embeddings van het scGPT-model inherent fysieke eiwit-eiwitinteractiestructuren coderen, zoals bewezen door een significant hogere cosinusgelijkenis tussen interagerende genparen vergeleken met gematchte niet-interagerende controles over meerdere databases heen.
Dit artikel toont empirisch aan dat de statische gen-token embeddingruimte van het scGPT-fundamentiemodel detecteerbare, zij het matige, informatie over bekende fysieke eiwit-eiwitinteracties codeert, zoals blijkt uit significant hogere cosinusovereenkomsten en interactievoorspellingsmetrieken voor interagerende genparen vergeleken met niet-interagerende controles.
Een empirische analyse van menselijke pancreas single-cell RNA-sequencingdata demonstreert dat voor overvloedige, canonieke celtypen, celtype-annotatiemodellen robuust generaliseren over donoren met slechts bescheiden prestatieverliezen wanneer geëvalueerd via leave-one-donor-out vergeleken met willekeurige splitsing, wat de noodzaak onderstreept om expliciet de populatie en de technische reikwijdte te vermelden bij het claimen van kennis geëxtraheerd uit single-cell data.
Deze simulatiegebaseerde studie toont aan dat single-cell foundation models aanzienlijk beter presteren dan klassieke PCA-pipelines in taken met een schaarste aan labels (1–5 gelabelde cellen per klasse), maar weinig tot geen voordeel bieden ten opzichte van eenvoudige lineaire baselines wanneer er voldoende labels beschikbaar zijn of bij het voorspellen van reacties op nieuwe perturbaties.
Deze empirische studie toont aan dat in single-cell RNA-sequencing het binnendoen van vaste expressiewaarden beter presteert dan corpus-mediaan rangorde-codering voor celclassificatie onder sequencing-diepteverlies, wat onthult dat invariantie voor vermenigvuldiging van de bibliotheekgrootte geen garantie biedt voor robuustheid tegen stochastisch moleculenverlies.
Deze empirische analyse toont aan dat het beperken van kandidaatruimtes in benchmarks voor genregulatoire netwerken de rangschikking van methoden over verschillende weefsels aanzienlijk destabiliseert, wat aangeeft dat keuzes in de definitie van kandidaten de vergelijkende conclusies kunnen veranderen en gerapporteerd moeten worden naast de resultaten in plaats van als neutraal te worden beschouwd.