🧬 biology

Mechanosensing at the endoplasmic reticulum by IRE1

Deze studie identificeert het endoplasmatisch reticulum als een autonoom mechanosensitief organel waarbij het transmembraaneiwit IRE1 direct de membraanspanning waarneemt om JNK-signalering te triggeren en de globale eiwitsynthese te verhogen, waardoor mechanische krachten aan spieradaptatie worden gekoppeld onafhankelijk van zijn canonieke unfolded protein response-rol.

Hesso Farhan, Michaela Mayr, Luiz Garcia-Souza, Murphy McDermott, Utku Horzum, Yannick Frey, Margot Haun, Stephan Geley (…)2026-07-01
🧬 biology

Transglutaminase 2 contributes to the blood clotting cascade

Deze studie daagt de langgevestigde opvatting uit dat Factor XIIIa de enige transglutaminase is die verantwoordelijk is voor stolselstabilisatie door aan te tonen dat weefseltransglutaminase (TG2) ook een significante rol speelt bij het versterken van bloedstolsels en het verminderen van fibrinolyse.

Gerry Melino, Mauro Piacentini, N Mutch, Alessandro Mauriello, Manuel Scimeca, Mara Mancini, Valerio Da Ros, Francesco B (…)2026-07-01
🧬 biology

Shotgun-NF: A reproducible Nextflow pipeline for end-to-end shotgun metagenomics analysis

Shotgun-NF is een draagbare, modulaire en reproduceerbare Nextflow-pipeline die een uitgebreide suite aan tools verenigt voor end-to-end shotgun metagenomica-analyse, van ruwe sequentiedata tot inzichten op stamniveau, terwijl de consistentie van de uitvoering over diverse computeromgevingen wordt gewaarborgd door middel van containerisatie en geautomatiseerde herkomstregistratie.

Fereshteh Izadi, Sepideh Mofidifar, Emily A. Wasson, Carla S. Möller-Levet, André P. Gerber2026-07-01
🧬 biology

Predicting Microbiologically Influenced Corrosion Risk from Quorum Sensing Biofilm Community Features: A Random Forest-SHAP Approach

Deze studie introduceert een Random Forest-SHAP machine learning-framework dat succesvol het risico op microbiologisch beïnvloede corrosie voorspelt door nieuwe quorum sensing biofilmgemeenschapskenmerken te integreren met traditionele omgevings- en microbiële parameters, waarbij een F1-score van 0,762 wordt bereikt en de voorspellende waarde van bacteriële communicatiesignalen in corrosiebeoordeling wordt aangetoond.

Bipul Bhattarai, Naina Maharajan, Sulav Dahal2026-07-01
🧬 biology

AI-Based Pipeline for Vascularization Detection in Histological Images; low-cost solution Using Moderate Computing Resources

Dit artikel presenteert een kosteneffectieve, gebruiksvriendelijke AI-pipeline die eenvoudige beeldverwerking combineert met een interactieve, zelflerende gelijkeniszoekmethode om pathologen in staat te stellen snel en nauwkeurig vascularisatie in histologische afbeeldingen te detecteren met bescheiden computerbronnen en minimale handmatige labeling.

Jan Žídek, Bretislav Lipový, Veronika Pavliňáková, Martin Knoz, Jakub Holoubek, David Izsák, Vladimir Váňa, Jan Herudek (…)2026-07-01
🧬 biology

Ecological Inference Is Structured Empirical Risk Minimization: Generalization Across Space, Nested Units, and Niche Support

Dit artikel betoogt dat het frequente falen van geografische modellen om te generaliseren over locaties voortkomt uit een fundamentele mismatch in de estimand binnen geneste surveydata, waarbij wordt aangetoond dat ecologische inferentie structureel equivalent is aan empirische risicominimalisatie onder domeingeneralisatie en dat populatieniveau-validatie vereist is in plaats van standaard validatie op individueel niveau via kruisvalidatie om betrouwbare ruimtelijke transfer te waarborgen.

R. Craig Stillwell2026-07-01
🧬 biology

BioGPT-ClinVar: Parameter-Efficient Fine-Tuning of a Biomedical LLM for Genomic Variant Interpretation

Deze studie presenteert BioGPT-ClinVar, een efficiënt framework voor parameter-efficiënte fijnafstemming met behulp van Low-Rank Adaptation (LoRA) om het 150 miljoen parameters tellende BioGPT-model aan te passen voor de interpretatie van genomische varianten, waarbij effectieve convergentie op een gecureerde ClinVar-dataset wordt aangetoond terwijl een open-source, reproduceerbare pijplijn wordt geboden voor toekomstige klinische en surveillance-toepassingen.

Sepideh Moafi2026-07-01
🧬 biology

Trained quantum Kolmogorov--Arnold networks can dequantize, and a discrete-logarithm encoding need not: a measurement-based map of where quantum advantage can live

Dit artikel demonstreert dat hoewel getrainde kwantum Kolmogorov–Arnold-netwerken vaak klassiek simuleerbaar zijn via tensornetwerken met een lage bond-dimensie, een echt kwantumvoordeel behouden en trainbaar gemaakt kan worden door het gebruik van discrete-logaritme-encodes die getaltheoretische hardheid inbedden zonder ten prooi te vallen aan barren plateaus.

Hikaru Wakaura2026-07-01