🧬 Category

q-bio

4609 papers

🧬 biology

Alternate-conformer incompatibility as the dominant bottleneck in no-repair receptor preparation: a frozen compatibility audit of 30 public PDB structures

Deze studie toont aan dat een volledig geautomatiseerd protocol voor receptorpreparatie zonder reparatie faalt voor 70% van de hoog-resolutie PDB-structuren, primair vanwege onopgeloste alternatieve conformeren, wat onthult dat dergelijke structurele ambiguïteiten de dominante flessenhals vormen bij het genereren van compatibele receptoren voor docking-studies met referentieposities.

Andrés Monreal Hernández, Sara Lizbeth Franco Amaya, Carlos Ivanhoe Martínez Osorio2026-08-28
🧬 biology

A cross-tissue single-cell and multiomics atlas of cold induced immunometabolic remodeling

Deze studie stelt een uitgebreide cross-tissue single-cell en multi-omics atlas in muizen vast om te onthullen hoe blootstelling aan kou weefselselectieve immunometabole remodeling aanstuurt, waarbij een specifieke koude-geassocieerde macrofaagsubpopulatie in de long wordt benadrukt die wordt gereguleerd door de multi-omics node Chil3.

Guoqing Wang, Zecheng Chang, Jiahui Pan, Qinzhou Dong, Pengfei Hao, Mingying Liu, Xinyu Hu, Tingting Zhao, Zhuoyuan Xin2026-08-28
🧬 biology

Seasonal patterns in the prickly pear (Opuntioideae: Opuntia) phyllosphere microbiome: The potential for dynamic core communities

Deze studie naar het microbioom van de phyllosfeer van de vijgcactus in heel Texas onthult dat seizoensgebonden verschuivingen en ecoregio de microbiële diversiteit en netwerkstructuur significant beïnvloeden, wat wijst op de afwezigheid van een stabiele, consistente kerngemeenschap als gevolg van de harde omgevingsomstandigheden en de dynamische interacties tussen generalistische en specialistische taxa.

Christopher P. Brooks, Heather W. Jordan2026-08-28
🧬 biology

Independent Effects of APOL6 Overexpression and 5-Azacytidine on the Lipid Metabolic Landscape of Triple-Negative Breast Cancer: Parallel Transcriptomic and Lipidomic Analyses

Deze studie toont aan dat zowel de overexpressie van APOL6 als de behandeling met 5-azacytidine onafhankelijk het lipidenmetabole landschap in triple-negatieve borstkankercellen hermodelleren door de accumulatie van neutrale lipiden te bevorderen en cruciale biosynthetische paden te onderdrukken, wat gedeelde metabole kwetsbaarheden onthult ondanks hun verschillende mechanismen.

Wen-rui Shen, Jia-qi Chen, Xin-ran Shi, Yi-hang Yang, Yi-bo He, Zhe-zhong Zhang, Shi-liang Chen2026-08-28
🧬 biology

Host Ontogeny Structures Gut Microbiome Composition and Pathogen-Associated Bacterial Communities in the Endangered Ethiopian Wolf (Canis simensis)

Deze studie maakt gebruik van shotgun metagenomische sequencing van 31 Ethiopische wolven om aan te tonen dat de ontogenie van de gastheer, in plaats van roedelverband, de samenstelling van het darmmicrobioom en de pathogene belasting significant vormgeeft, waarbij volwassenen hogere cumulatieve abundanties van potentieel pathogene bacteriën vertonen dan subadulta.

Girma Ayalew Mengistu, Adey Feleke, Helen Nigussie, Anagaw Atickem, Nigatu Kebede, Alemayehu Lemma, Chala Bashea, Melak (…)2026-08-28
🧬 biology

Fecal bacteriome in pediatric celiac disease in relation to the gluten-free diet and PFAS exposure: a multiomic study

Deze prospectieve multi-omische studie onthult dat hoewel een glutenvrij dieet het fecale bacterioom bij kinderen met coeliakie gedeeltelijk herstelt, het dit niet volledig normaliseert, en specifieke bacteriële taxa significant gecorreleerd zijn met serum PFAS-niveaus en ziektespecifieke autoantilichamen.

Matej Hrunka, Barbora Zwinsova, Michaela Stastna, Petra Pribylova, Petr Senk, Tereza Pinkasova, Martina Ambrozova, Marti (…)2026-08-28
🧬 biology

Benchmarking cell type annotation in spatial transcriptomics: resolving cellular hierarchies, biological fidelity, and dynamic cell states

Deze studie presenteert een uitgebreide benchmark van 20 state-of-the-art methoden voor celtype-annotatie over diverse ruimtelijke transcriptomica-technologieën en biologische contexten, waarbij wordt onthuld dat hoewel tools zoals scANVI, Seurat en TACCO over het algemeen goed presteren, nauwkeurige fijnmazige en dynamische staat-annotatie een uitdaging blijft en sterk contextafhankelijk is, wat de noodzaak benadrukt voor toekomstige methoden om open-set herkenning, ruimtelijke integratie en zeldzame celpopulaties beter te kunnen verwerken.

Xin Maizie Zhou, Yuling Zhu, Yunfei Hu, Manfei Xie, Haoran Qin, Zuzanna Szul, Derek Young, Weiman Yuan, Qimeng Wang, Yic (…)2026-08-28
🧬 biology

Feeding the Problem? Free-Ranging Cats and Wildlife Loss in Urban Park

Deze studie toont aan dat vrij levende katten in een beheerd stedelijk park in Brazilië aanhoudende roofactiviteit vertonen op diverse wilde dieren, waarbij interacties geconcentreerd zijn nabij menselijke voedplaatsen, wat suggereert dat voedselvoorziening onbedoeld de jachtmogelijkheden kan vergroten en noodzaakt om voedingspraktijken te integreren in strategieën voor het behoud van stedelijke wilde dieren.

Ana Luiza Almeida Carmo, Tulaci Bhakti, Ana Maria de Oliveira Paschoal, Cristiano Schetini Azevedo, Adriano Pereira Pagl (…)2026-08-28
🧬 biology

A minimal Asgard archaeal ESCRT-III system remodels membranes across scales

Deze studie toont aan dat het minimale twee-subeenheid ESCRT-III/Vps4-systeem uit Asgard-archaea de eukaryote-achtige vermogens voor membraanremodellering nabootst, waarbij het onderscheidende assemblagemodi gebruikt om membranen te vervormen en te vernauwen over zowel nanoschaal- als micron-dimensies.

Henry Zivkovic, Dominik Hrebik, Béla Frohn, Jérôme Basquin, Margot Riggi, John Briggs, Petra Schwille2026-08-28
🧬 biology

Lineage predicts SIX effector repertoire but not Avr2 race genotype in Fusarium oxysporum isolates from Türkiye

Genomische analyse van *Fusarium oxysporum*-isolaten uit Turkije onthult dat hoewel het SIX-effectorrepertoire sterk wordt voorspeld door de fylogenetische lijn in plaats van de herkomst van de gastheer, het specifieke *Avr2*-races genotype niet kan worden afgeleid uit de afstand in het kerngenoom of de lijn.

Beyza Akal, Duygu Ateş, Muhammed Bahattin Tanyolaç, Yasin Kaymaz2026-08-28