4988 papers
Deze studie toont aan dat de SARS-CoV-2 hoofdprotease (Mpro) sinds het Omicron-tijdperk evolutionair geconstrueerd is gebleven door structurele en functionele vereisten, waardoor de substraatherkenning behouden blijft en de levensvatbaarheid ervan als een robuust, langetermijn antiviraal doelwit wordt ondersteund.
Dit artikel onderzoekt systematisch de manifold-hypothese in proteïnelanguagemodellen (pLMs) met behulp van een uitgebreide batterij aan geometrische en topologische diagnostische instrumenten, waarbij wordt geconcludeerd dat, in tegen tegenstelling tot single-cell foundation models, pLM-representaties overwegend hoogdimensionaal en lineair zijn in plaats van georganiseerd rond lage-dimensionale manifolds.
Deze empirische studie onthult dat hoewel biologische grote taalmodellen (SCFMs) een werkelijke, laagdimensionale en gedeeltelijk lineair gestructureerde geometrie voor biologische kennis coderen, deze structuur bescheiden is, vaak niet lineair verstrengeld is en grotendeels overlapt met wat klassieke expressiegebaseerde methoden zoals PCA al kunnen herstellen, waardoor het tekortschiet ten opzichte van de heldere, regelmatige geometrie die wordt waargenomen in natuurlijke taalmodellen.
Dit artikel presenteert een verenigde benchmark van elf virtuele celmodellen, die onthult dat hoewel deep learning-benaderingen baselines aanzienlijk overtreffen bij representatietaken en de voorspelling van combinatorische perturbaties, ze over het algemeen niet in staat zijn om eenvoudige lineaire modellen te overtreffen bij het voorspellen van ongeziene enkelvoudige gen-perturbaties, wat suggereert dat het veld een "virtuele microscoop" heeft bereikt voor de analyse van celtoestanden in plaats van een ware "virtuele simulator" voor causale perturbatiedynamiek.
Deze studie toont aan dat hoewel sparse autoencoders effectief monosemantische, biologisch interpreteerbare kenmerken zoals sequentiemotieven en leesramen extraheren uit DNA-fundamentele modellen, ze een aanzienlijk tekort onthullen aan kenmerken die complexe regulatoire logica coderen, wat suggereert dat huidige modellen eerder een genomisch woordenboek dan een grammatica-motor vastleggen.
Dit artikel presenteert een verenigde empirische analyse over zes biologische datamodaliteiten die aantoont dat bias door eindige steekproeven informatie-theoretische schattingen ernstig vertekent, en betoogt dat het rapporteren van entropie en wederzijdse informatie zonder de estimator en steekproefomvang te specificeren onverdedigbaar is, aangezien bias-gecorrigeerde methoden onderscheidende biologische signalen onthullen en systematische onderschatting van entropie en overschatting van informatiegehalte corrigeren.
Deze empirische studie toont aan dat voor de voorspelling van biologische leeftijd over diverse verouderingscohorten heen, pre-transformer modellen (zoals gepenaliseerde regressie en gradient boosting) over het algemeen beter presteren dan of gelijk zijn aan aandacht-gebaseerde transformers wat betreft nauwkeurigheid, data-efficiëntie, cross-cohort transfer en mortaliteitsrisicostratificatie, waarmee zij worden gevestigd als de rationele standaard voor longevity science, terwijl zij transformers positioneren als een gespecialiseerde tool die alleen levensvatbaar is bij uitzonderlijk grote datasets.
Deze empirische studie toont aan dat voor op bloed gebaseerde verouderingsklokken de keuze van het voorspellingsdoel (op mortaliteit gebaseerde fenotypische leeftijd versus chronologische leeftijd) de geldigheid van biomarkers en de associatie met mortaliteit overweldigend bepaalt, waardoor verhogingen in de capaciteit van deep learning-modellen grotendeels ineffectief zijn voor het verbeteren van deze kritieke uitkomsten.
Deze studie stelt voor dat de ziekte van Alzheimer het resultaat is van de aberrante epigenetische reactivatie van gesilenceerde embryonale actine-myosine oscillerende paden in verouderende neuronen en glia, wat een mechanische instabiliteit creëert die axonaal "dying-back" en synaptische retractie aandrijft in plaats van eenvoudige passieve proteotoxiciteit.
Dit artikel is door de auteurs ingetrokken om te voldoen aan een institutioneel preprintbeleid, en zij verzoeken expliciet dat het werk niet wordt geciteerd.