💻 Category

bioinformatics

1197 artigos

A bioinformática une biologia e computação para desvendar os mistérios da vida através de dados. Nesta área, pesquisadores transformam sequências genéticas complexas em informações compreensíveis, permitindo descobertas rápidas sobre doenças, evolução e tratamentos personalizados sem depender apenas de laboratórios físicos.

No Gist.Science, processamos diariamente cada novo pré-publicação na categoria de bioinformática enviada pelo bioRxiv. Nosso compromisso é tornar esse conhecimento acessível, oferecendo tanto resumos em linguagem simples para o público geral quanto análises técnicas detalhadas para especialistas, garantindo que ninguém fique de fora das últimas inovações científicas.

Abaixo, você encontrará as últimas pesquisas publicadas nesta área, organizadas para facilitar sua leitura e compreensão dos avanços recentes.

💻 bioinformática

Expression trajectories in the aging male mouse colon transcriptome

Este estudo utiliza dados de RNA-Seq de alta resolução temporal do cólon de camundongos machos em envelhecimento para revelar que as mudanças transcriptômicas são dominadas por trajetórias complexas e não monotônicas e por um colapso da resposta a proteínas mal dobradas do meio para o final da vida, ao mesmo tempo em que possibilita a construção de um relógio transcriptômico compacto de três genes para rastrear com precisão a idade cronológica.

Olecka, M., Riege, K., Haase, M., Schwarz, R., Wang, C., Best, L., Witte, O., Kaleta, C., Frahm, C., Hoffmann, S.2026-10-08
💻 bioinformática

MOSAIC: Learning Graph Node Embeddings from Spectrally Isolated Dominant Subspaces of Accumulated Diffusion Operators

O MOSAIC é um framework não supervisionado que aprende embeddings de nós de grafos analisando o comportamento de convergência de operadores de difusão acumulados via análise de subespaço de Krylov, alcançando um desempenho superior em tarefas de classificação de nós e predição de links em comparação com métodos existentes como Node2Vec e GraphSAGE, conforme demonstrado em um grafo de conhecimento biomédico de larga escala.

Mohseni Ahooyi, T., Stear, B., Zhang, Y., Lahiri, A., Terry, J., Zhang, S., Simmons, J. A., Corbett, R., Sullivan, P., C (…)2026-10-06
💻 bioinformática

digestome: a licence-clean marker-gene panel for functional profiling of anaerobic digestion microbiomes

O artigo apresenta o "digestome", um painel de genes marcadores e uma estrutura de pontuação comercialmente isentos de licenciamento para o perfil funcional de microbiomas de digestão anaeróbica, que demonstra alta especificidade na identificação de vias de metanogênese e hidrólise, ao mesmo tempo em que contabiliza explicitamente os vieses de medição para permitir a análise de prestação de serviços para operadores de biogás.

Päll, T.2026-10-06
💻 bioinformática

Enrich.AI: An Agentic AI Platform for Interactive GeneSet Enrichment Analysis and Biological Interpretation

O Enrich.AI é uma plataforma de IA agêntica que integra análise de enriquecimento estatístico com busca automatizada de literatura e raciocínio baseado em LLM para fornecer interpretações biológicas interativas e fundamentadas em evidências de listas de genes por meio de uma interface conversacional.

Koumadorakis, D. E., Exarchos, T. P., Vlamos, P., Vrahatis, A. G.2026-10-06
💻 bioinformática

Refining Protein Co-Membership in Reactome: A Weighted Scoring Approach Based on Hierarchy and Sequences of Patwhays

Este artigo introduz um método de pontuação de co-membro de via ponderada que incorpora as estruturas de vias hierárquicas e sequenciais do Reactome para gerar redes de proteínas biologicamente informadas, demonstrando desempenho superior na priorização de genes de câncer em comparação com abordagens de última geração.

Beust, C., Dameron, O., Theret, N., Becker, E.2026-10-06
💻 bioinformática

pre-miRBench: a multispecies benchmark and reference model for animal precursor microRNA prediction

O artigo apresenta o pre-miRBench, um benchmark multiespécie padronizado e um modelo de referência projetado para permitir a comparação justa de preditores de microRNA precursores animais através de diversas espécies e famílias de miRNA, demonstrando que seu modelo de ensemble alcança um desempenho geral superior ao mesmo tempo em que fornece recursos reprodutíveis para pesquisas futuras.

Tzimotoudis, D., Chatzitolios, V. K., Alexiou, P., Georgakilas, G.2026-10-06
💻 bioinformática

Extreme conservation and rare evolutionary deviations in mammalian NOTCH3 inform the interpretation of CADASIL pathogenicity

Ao analisar sequências de NOTCH3 em 113 espécies de mamíferos, este estudo revela desvios evolutivos raros que desafiam padrões de conservação estritos e estabelecem um arcabouço dependente de contexto para interpretar a patogenicidade da CADASIL com base em fatores estruturais, de dissulfeto e proteolíticos além da simples contagem de cisteína.

Siddiqui, K. S., Ertan, H., Ren, Y., Plojak, A., Jayasena, T., Sachdev, P. S.2026-10-05
💻 bioinformática

Pervasive Backdoor Vulnerabilities in Genomic Foundation Models

Este artigo demonstra que modelos de fundação genômica são altamente suscetíveis a ataques de backdoor onipresentes via envenenamento de dados em pequena escala com motivos curtos de DNA durante o ajuste fino, ao mesmo tempo em que permanecem robustos em tarefas limpas, e propõe um novo framework de auditoria em dois estágios para detectar tais ameaças sem conhecimento prévio dos gatilhos.

Ni, S., Wang, Q., Wei, C., Ni, X., Li, S., Zhao, Z., Li, H., Ji, R., Xu, R., Alinejad-Rokny, H., Wang, T., Yang, M.2026-10-05
💻 bioinformática

Verification Debt in Automated Biological Research Workflows: A Proof-of-Concept

Este estudo caracteriza empiricamente a "dívida de verificação" inerente aos fluxos de trabalho de pesquisa biológica automatizados usando a plataforma de agentes Biomni, propondo um novo framework VERIFY e um conjunto de métricas para avaliar a rastreabilidade e a validade das decisões científicas impulsionadas por IA através de diversos domínios biológicos.

Gopalan, S., Narayanan, S.2026-10-05