bioinformatics artigos | Gist.Science

A bioinformática une biologia e computação para desvendar os mistérios da vida através de dados. Nesta área, pesquisadores transformam sequências genéticas complexas em informações compreensíveis, permitindo descobertas rápidas sobre doenças, evolução e tratamentos personalizados sem depender apenas de laboratórios físicos.

No Gist.Science, processamos diariamente cada novo pré-publicação na categoria de bioinformática enviada pelo bioRxiv. Nosso compromisso é tornar esse conhecimento acessível, oferecendo tanto resumos em linguagem simples para o público geral quanto análises técnicas detalhadas para especialistas, garantindo que ninguém fique de fora das últimas inovações científicas.

Abaixo, você encontrará as últimas pesquisas publicadas nesta área, organizadas para facilitar sua leitura e compreensão dos avanços recentes.

Condition-matched in silico prediction of drug transcriptional responses enables mechanism-guided screening and combination discovery

O artigo apresenta o DEPICT, um framework de aprendizado profundo que prevê com alta precisão respostas transcricionais induzidas por drogas em condições específicas a partir da expressão gênica basal, permitindo a triagem virtual e a descoberta de combinações terapêuticas para reutilização de fármacos, como demonstrado em um estudo de caso sobre câncer de pulmão não pequenas células.

Xiao, M., He, Y., Hu, J., Zou, F., Zou, B.2026-03-31💻 bioinformatics

eSIG-Net: Accurate prediction of single-mutation induced perturbations on protein interactions using a language model

O artigo apresenta o eSIG-Net, um novo modelo de linguagem baseado em sequências que utiliza embeddings de proteínas e aprendizado contrastivo para prever com alta precisão como mutações pontuais perturbam interações proteicas, superando os métodos atuais e identificando variantes causais de doenças.

Pan, X., Shrawat, A., Raghavan, S., Dong, C., Yang, Y., Li, Z., Zheng, W. J., Eckhardt, S. G., Wu, E., Fuxman Bass, J. I., Jarosz, D. F., Chen, S., McGrail, D. J., Sheynkman, G. M., Huang, J. H., Sahn (…)2026-03-31💻 bioinformatics

scTGCL: A Transformer-Based Graph Contrastive Learning Approach for Efficiently Clustering Single-Cell RNA-seq Data

O artigo apresenta o scTGCL, uma abordagem baseada em Transformer e aprendizado contrastivo de grafos que supera métodos existentes na clusterização de dados de RNA de célula única, oferecendo maior precisão, robustez e eficiência computacional ao lidar com ruído técnico e alta dimensionalidade.

Khan, M. S. A., Kabir, M. H., Faisal, M. M.2026-03-31💻 bioinformatics

Scalable computation of ultrabubbles in pangenomes by orienting bidirected graphs

Os autores apresentam um novo algoritmo de orientação linear que transforma grafos bidirecionados em grafos direcionados, permitindo a identificação eficiente de ultrabubbles em pangenomas com ganhos de velocidade de até 250 vezes em comparação com métodos existentes.

Harviainen, J., Sena, F., Moumard, C., Politov, A., Schmidt, S., Tomescu, A. I.2026-03-31💻 bioinformatics

Decoupling Topology from Geometry: Detecting Large-Scale Conformational Changes via Conformational Scanning

Este estudo apresenta um método de alta eficiência para minerar o PDB e identificar proteínas que compartilham a mesma topologia, mas exibem grandes mudanças conformacionais, superando as limitações dos algoritmos de alinhamento rígido ao desacoplar a conectividade topológica da rigidez geométrica.

Lin, R., Ahnert, S. E.2026-03-31💻 bioinformatics

DECODING SYNONYMOUS CODON SELECTION WITH A TRANSFORMER MODEL

Os autores desenvolveram um modelo baseado em transformers que prevê sequências de códons a partir de aminoácidos, superando a escassez de dados de códons raros ao capturar assinaturas de identidade de espécies, propriedades termodinâmicas do RNA e restrições de elongação, estabelecendo assim uma ligação entre a variação de sequência, a tradução e a função proteica.

Bret, H., Andre, I.2026-03-31💻 bioinformatics

LATTE for locus-specific quantification of transposable element expression across species

O artigo apresenta o LATTE, uma ferramenta computacional inovadora que quantifica com alta precisão a expressão de elementos transponíveis em nível de locus em múltiplas espécies, revelando que esses elementos possuem uma regulação distinta dos genes hospedeiros e contribuem significativamente para a arquitetura genética de fenótipos complexos, como demonstrado no caso do síndrome de Sjögren.

He, J., Peng, C., Zhang, Y., Wang, Z., Zhang, H., Fang, L., Zhao, P.2026-03-31💻 bioinformatics

Identifying Inheritance Patterns of Allelic Imbalance, using Integrative Modeling and Bayesian Inference

Este artigo apresenta uma abordagem bayesiana integrativa que realiza inferência conjunta em trios para melhorar a estimativa de desequilíbrio alélico, identificar seu padrão de herança e vincular essas variações a elementos regulatórios e variantes causais em estudos de RNA-seq e ATAC-seq.

Hoyt, S. H., Reddy, T. E., Gordan, R., Allen, A. S., Majoros, W. H.2026-03-31💻 bioinformatics

GraphBG: Fast Bayesian Domain Detection via Spectral Graph Convolutions for Multi-slice and Multi-modal Spatial Transcriptomics

O artigo apresenta o GraphBG, um framework escalável e unificado baseado em convoluções espectrais de grafos e modelos bayesianos variacionais para detecção precisa de domínios espaciais em dados de transcriptômica espacial multi-fatia e multi-modal, superando métodos existentes em coerência, velocidade e capacidade de integração de sinais diversos.

Do, V. H., Tran, T. P. L., Canzar, S.2026-03-31💻 bioinformatics

GRIMM-II: A Two-Stage Real-Time Algorithm for Nine-Locus HLA Imputation and Matching with Up to Three Mismatches

O artigo apresenta o GRIMM-II, um algoritmo em duas etapas que permite a imputação de HLA em nove loci e a identificação em tempo real de doadores com até três incompatibilidades, expandindo significativamente o pool de doadores compatíveis para transplantes de células-tronco hematopoiéticas com alta eficiência computacional.

Kirshenboim, O., Kabya, A., Yehezkel-Imra, R., Tshuva, Y., Maiers, M., Gragert, L., Bashyal, P., Israeli, S., Louzoun, Y.2026-03-31💻 bioinformatics

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