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bioinformatics

1018 artigos

A bioinformática une biologia e computação para desvendar os mistérios da vida através de dados. Nesta área, pesquisadores transformam sequências genéticas complexas em informações compreensíveis, permitindo descobertas rápidas sobre doenças, evolução e tratamentos personalizados sem depender apenas de laboratórios físicos.

No Gist.Science, processamos diariamente cada novo pré-publicação na categoria de bioinformática enviada pelo bioRxiv. Nosso compromisso é tornar esse conhecimento acessível, oferecendo tanto resumos em linguagem simples para o público geral quanto análises técnicas detalhadas para especialistas, garantindo que ninguém fique de fora das últimas inovações científicas.

Abaixo, você encontrará as últimas pesquisas publicadas nesta área, organizadas para facilitar sua leitura e compreensão dos avanços recentes.

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A run-length-compressed skiplist data structure for dynamic GBWTs supports time and space efficient pangenome operations over syncmers

Este artigo apresenta uma estrutura de dados de lista de pulos (skiplist) comprimida por comprimento de execução para GBWTs dinâmicos, que permite operações eficientes de tempo e espaço para manipulação de pan-genomas baseados em syncmers, demonstrando a construção rápida de uma representação de 5,8 GB de 92 genomas humanos completos e uma taxa de busca de 1 Gbp a cada 10 segundos por thread.

Durbin, R.2026-03-29
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Open-source, Hardware-Independent GPU Acceleration for Scalable Nanopore Basecalling with Slorado and Openfish

O artigo apresenta o Openfish e o Slorado, uma solução de código aberto e independente de hardware que oferece aceleração por GPU para basecalling de sequenciamento nanopore com precisão equivalente à proprietária Dorado, eliminando as restrições de hardware e promovendo a acessibilidade e escalabilidade em diversos ambientes computacionais.

Wong, B., Singh, G., Javaid, H., Denolf, K., Liyanage, K., Samarakoon, H., Deveson, I. W., Gamaarachchi, H.2026-03-28
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Strain-specific structural variant landscapes shape mutation retention following mutagenesis in Caenorhabditis elegans

Este estudo demonstra que, em *Caenorhabditis elegans*, a arquitetura de variantes estruturais específicas de cada linhagem influencia a retenção de mutações após mutagênese, revelando que linhagens com maior propensão a cruzamentos podem acumular mais variantes estruturais e reter mais mutações do que o previsto pelas teorias clássicas focadas apenas em polimorfismos de nucleotídeo único.

Kapila, R., Saber, S., Verma, R. K., Blanco, G., Eggers, V. K., Fierst, J.2026-03-27
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The Tiling Algorithm - A general method for structural characterization of accurate long DNA sequence reads: application to AAV genome sequences.

O artigo apresenta o algoritmo "Tiling", um método geral para caracterizar a estrutura de leituras longas e precisas de DNA, demonstrando sua eficácia na análise de genomas do vírus adeno-associado (AAV) ao superar desafios como rearranjos estruturais, repetições e contaminação, permitindo a identificação precisa de todas as espécies presentes na amostra.

Bruccoleri, R. E., Rouleau, D., Slater, C., Lata, D., Phillion, C., Adjei, S., Adhikari, K., Dollive, S.2026-03-27
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RNApdbee 3.0: A unified web server for comprehensive RNA secondary structure annotation from 3D coordinates

O RNApdbee 3.0 é um servidor web unificado que oferece anotação abrangente da estrutura secundária de RNA a partir de coordenadas 3D, integrando múltiplos esquemas de classificação de interações, lidando com resíduos incompletos ou modificados e padronizando os dados de entrada para fornecer resultados em formatos diversos e visualizações gráficas detalhadas.

Pielesiak, J., Niznik, K., Snioszek, P., Wachowski, G., Zurawski, M., Antczak, M., Szachniuk, M., Zok, T.2026-03-27
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KyDab - a comprehensive database of antibody discovery selection campaigns.

O artigo apresenta o KyDab, um banco de dados abrangente e curado que registra dados completos de campanhas de descoberta de anticorpos gerados na plataforma Kymouse, incluindo mais de 120.000 sequências e resultados experimentais, visando apoiar o desenvolvimento e a avaliação de modelos de inteligência artificial para a descoberta de anticorpos.

Zhou, Q., Chomicz, D., Melvin, D., Griffiths, M., Yahiya, S., Reece, S., Le Pannerer, M.-M., Krawczyk, K.2026-03-27
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Teaching Diffusion Models Physics: Reinforcement Learning for Physically Valid Diffusion-Based Docking

Os autores propõem um quadro de aprendizado por reforço para ajustar modelos de difusão de docking molecular, permitindo que eles aprendam diretamente com objetivos não diferenciáveis e gerem poses fisicamente válidas e estruturalmente precisas sem aumentar o custo computacional na inferência.

Broster, J. H., Popovic, B., Kondinskaia, D., Deane, C. M., Imrie, F.2026-03-27
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Horse, not zebra: accounting for lineage abundance in maximum likelihood phylogenetics

Este artigo apresenta dois métodos implementados no software MAPLE que incorporam a abundância das linhagens na inferência filogenética de máxima verossimilhança, demonstrando que priorizar linhagens comuns ("cavalos") em vez de raras ("zebras") melhora drasticamente a precisão e reduz a incerteza em cenários de genômica epidemiológica, como no caso do SARS-CoV-2.

De Maio, N.2026-03-27
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Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads

O artigo apresenta o Amaranth, um novo montador de transcriptoma de célula única que utiliza modelagem discriminativa das propriedades distintas das leituras UMI e internas para superar as limitações dos métodos atuais e melhorar significativamente a precisão na reconstrução de isoformas completas.

Zang, X. C., Zahin, T., Khan, I. M., Shi, Q., Xing, Y., Shao, M.2026-03-26