421 artigos
A biofísica revela como as leis da física explicam os mistérios da vida, desde o movimento de moléculas até o funcionamento de células inteiras. Neste espaço, exploramos descobertas que unem biologia e física para desvendar mecanismos vitais de forma clara e fascinante.
No Gist.Science, processamos cada novo pré-publicação desta categoria diretamente do bioRxiv. Nossa equipe transforma esses estudos complexos em resumos técnicos detalhados e explicações em linguagem simples, garantindo que qualquer pessoa possa compreender as últimas inovações sem barreiras acadêmicas.
Abaixo, você encontrará as mais recentes contribuições em biofísica, prontas para serem lidas e compreendidas.
Este estudo utiliza o tofu como um modelo mínimo para investigar a mecânica de sólidos macios hidratados, demonstrando que redes de características orientadas pela física podem identificar leis constitutivas não lineares precisas que revelam uma dependência altamente não linear das propriedades elásticas e inelásticas em relação ao teor de água.
Este artigo apresenta um modelo dinâmico multistável de variáveis rápidas e lentas, fundamentado no eixo HPA, que demonstra como a desregulação circadiana e perturbações estocásticas podem induzir transições de variações de humor fisiológicas para estados patológicos extremos, como depressão e mania.
Este estudo apresenta um protocolo de reconstituição de GRASP65 e GRASP55 humanos miristoilados em membranas lipídicas, demonstrando que essas proteínas ancoradas influenciam a dinâmica da membrana, possivelmente mediada pelo seu domínio SPR desordenado.
A função de fronteira da cromatina é governada não apenas pela ocupação do CTCF, mas por um conjunto dinâmico e ajustável de conformações de DNA que regulam probabilisticamente a captura da coesina.
Este artigo relata os avanços metodológicos no beamline LiX do NSLS-II para realizar experimentos de difração de raios X em tecidos musculares esqueléticos e cardíacos de forma rápida e automatizada, visando acelerar a pesquisa sobre proteínas sarcoméricas e miopatias.
O DynMoCo é um novo framework de aprendizado profundo que utiliza detecção de comunidades em grafos temporais para identificar e rastrear subestruturas modulares e movimentos coordenados em simulações de dinâmica molecular, transformando dados complexos em representações interpretáveis da função proteica.
Este artigo introduz uma estrutura baseada em Modelo de Estados de Markov que caracteriza as interações de pequenas moléculas com proteínas desordenadas através de "caminhos de ligação" dinâmicos em vez de bolsões estáticos, racionalizando, assim, os mecanismos de reconhecimento e identificando regiões druggáveis para facilitar a descoberta de fármacos para alvos anteriormente intratáveis.
O artigo apresenta o ST-Analyzer, uma ferramenta de código aberto, multiplataforma e gratuita que faz a ponte entre interfaces de linha de comando e gráficas para simplificar a análise reprodutível de trajetórias de simulações de computação de alto desempenho tanto para especialistas quanto para não especialistas.
Este artigo apresenta o CTMD, um protocolo de metadinâmica rápido, baseado em física e de código aberto que utiliza o estimador de trabalho reversível c(t) para alcançar um enriquecimento precoce robusto em triagem virtual, estabelecendo efetivamente a ponte entre métodos aproximados de docking/IA e cálculos de energia livre dispendiosos, ao mesmo tempo em que evita os artefatos de memorização e os vieses de conjuntos de treinamento observados em abordagens recentes de co-dobramento por IA.
O artigo apresenta o "Unbend", um novo recurso no software cisTEM que utiliza um modelo de spline cúbica 3D para corrigir o movimento localizado da amostra induzido pelo feixe em imagens de criomicroscopia eletrônica (cryo-EM), melhorando significativamente as taxas de detecção de partículas e as relações sinal-ruído em diversos tipos de espécimes, ao mesmo tempo em que introduz distorção adicional mínima.