🧬 Category

q-bio

1816 artigos

🧬 biology

Shotgun-NF: A reproducible Nextflow pipeline for end-to-end shotgun metagenomics analysis

O Shotgun-NF é um pipeline Nextflow portátil, modular e reprodutível que unifica um conjunto abrangente de ferramentas para análise de metagenômica shotgun de ponta a ponta, desde dados de sequenciamento brutos até insights comparativos em nível de linhagem, enquanto garante a consistência da execução através de diversos ambientes computacionais por meio de conteinerização e rastreamento automatizado de proveniência.

Fereshteh Izadi, Sepideh Mofidifar, Emily A. Wasson, Carla S. Möller-Levet, André P. Gerber2026-07-01
🧬 biology

Predicting Microbiologically Influenced Corrosion Risk from Quorum Sensing Biofilm Community Features: A Random Forest-SHAP Approach

Este estudo introduz uma estrutura de aprendizado de máquina Random Forest-SHAP que prevê com sucesso o risco de corrosão influenciada microbiologicamente ao integrar novos recursos de comunidades de biofilme de quorum sensing com parâmetros ambientais e microbianos tradicionais, alcançando um F1 score de 0,762 e demonstrando o valor preditivo de sinais de comunicação bacteriana na avaliação de corrosão.

Bipul Bhattarai, Naina Maharajan, Sulav Dahal2026-07-01
🧬 biology

AI-Based Pipeline for Vascularization Detection in Histological Images; low-cost solution Using Moderate Computing Resources

Este artigo apresenta um pipeline de IA de baixo custo e fácil utilização que combina o processamento simples de imagens com um método de busca de similaridade interativo e de autoaprendizado para permitir que patologistas detectem de forma rápida e precisa a vascularização em imagens histológicas utilizando recursos computacionais modestos e rotulagem manual mínima.

Jan Žídek, Bretislav Lipový, Veronika Pavliňáková, Martin Knoz, Jakub Holoubek, David Izsák, Vladimir Váňa, Jan Herudek (…)2026-07-01
🧬 biology

Ecological Inference Is Structured Empirical Risk Minimization: Generalization Across Space, Nested Units, and Niche Support

Este artigo argumenta que a falha frequente de modelos geográficos em generalizar entre sítios decorre de um desajuste fundamental de estimando em dados de pesquisa aninhados, demonstrando que a inferência ecológica é estruturalmente equivalente à minimização de risco empírico sob generalização de domínio e requer validação de retenção ao nível populacional, em vez da validação cruzada padrão ao nível individual, para garantir uma transferência espacial confiável.

R. Craig Stillwell2026-07-01
🧬 biology

BioGPT-ClinVar: Parameter-Efficient Fine-Tuning of a Biomedical LLM for Genomic Variant Interpretation

Este estudo apresenta o BioGPT-ClinVar, um framework de ajuste fino eficiente em parâmetros utilizando Adaptação de Baixo Rank (LoRA) para adaptar o modelo BioGPT de 150 milhões de parâmetros para a interpretação de variantes genômicas, demonstrando convergência eficaz em um conjunto de dados curado do ClinVar ao mesmo tempo em que fornece um pipeline de código aberto e reprodutível para futuras aplicações clínicas e de vigilância.

Sepideh Moafi2026-07-01
🧬 biology

Trained quantum Kolmogorov--Arnold networks can dequantize, and a discrete-logarithm encoding need not: a measurement-based map of where quantum advantage can live

Este artigo demonstra que, embora redes de Kolmogorov–Arnold quânticas treinadas sejam frequentemente simuláveis classicamente via redes de tensores de baixa dimensão de ligação, a vantagem quântica genuína pode ser preservada e tornada treinável ao empregar codificações de logaritmo discreto que incorporam dureza de teoria dos números sem sucumbir a platôs estéreis.

Hikaru Wakaura2026-07-01
🧬 biology

Xkr regulates phosphatidylserine transport via ER-PM contact sites to promote apoptotic cell clearance

Este estudo revela que a scramblase lipídica Xkr de Drosophila promove a depuração de células apoptóticas ao interagir com dORP9 em sítios de contato entre o RE e a membrana plasmática para facilitar o transporte não vesicular de fosfatidilserina para a superfície celular, servindo, assim, como uma via alternativa independente de caspase para a exposição do sinal "coma-me".

Qian Zheng, Xinyu Ma, Fuqiao Liu, Tong Xiao, Lei Yuan, Qing Yan, Hui Wang, Hui Xiao2026-07-01
🧬 biology

Analysis of Human Physiology in Simulated Lunar and Martian Hypogravity With and Without Virtual Reality

Este estudo demonstra que a hipogravidade simulada reduz a demanda cardiovascular durante a caminhada, enquanto a realidade virtual modula as respostas fisiológicas ao retardar o aumento da frequência cardíaca, confirmando a segurança e a eficácia da combinação de esteiras AlterG com RV para preparar tripulações para futuras missões lunares e marcianas.

Rosirene Pantaleão Gessinger, Juliana Silva Herbert, João de Carvalho Castro, Joana Figueira Godinho, Adrian Alberto Fer (…)2026-07-01