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Does RNA-seq Add Prognostic Value Beyond Clinical Variables Under Site-Held-Out Validation in TCGA-KIRC?

Em uma coorte TCGA-KIRC, um ganho prognóstico modesto ao adicionar dados de RNA-seq às variáveis clínicas não foi atenuado quando sítios inteiros de origem de tecido foram retidos durante a validação, sugerindo que a variação correlacionada ao sítio não explica totalmente as melhorias de desempenho relatadas, embora os achados sejam limitados pelo desenho de coorte única e pelas escolhas específicas de modelagem do estudo.

Vikhram S2026-10-07

🧬 biologia

FreeSolvE: Solvent-Mediated Differentiable Pose Refinement and Ultra-Fast Biophysical Inductive Bias for Molecular Generation and Docking

O FreeSolvE é um novo motor diferenciável ultra-rápido que preenche a lacuna entre a IA generativa e a biofísica física ao utilizar solvatação implícita e cinemática articulada para resolver choques estéricos em poses de ancoragem molecular com alta precisão e overhead computacional mínimo.

Arjun subbaraman2026-10-07

🧬 biologia

Transcriptomic Prediction of Bone Metastasis in Breast Cancer: A Methodological Investigation Revealing Limited Generalizability of Machine Learning Models

Este estudo demonstra que modelos de aprendizado de máquina treinados em dados transcriptômicos falham em generalizar para conjuntos de teste independentes para a predição de metástase óssea de câncer de mama, destacando a importância crítica de protocolos de avaliação rigorosos e livres de vazamento sobre resultados otimistas de validação cruzada.

Shunxin Yao2026-10-07

🧬 biologia

Patient-level coronary artery disease classification from cardiac MRI using out-of-fold heart segmentation and same-slice region controls

Este estudo demonstra que as representações de região de interesse cardíaca fora da dobra (out-of-fold) derivadas de ressonância magnética cardíaca superam significativamente a imagem completa e os controles extracardíacos na classificação de doença arterial coronariana em nível de paciente, embora os achados permaneçam uma prova de conceito metodológica limitada por uma coorte pequena e restrições de conjunto de dados.

David Vlad Marghidan2026-10-07

🧬 biologia

Comparative genome and protein analysis of Deinococcus radiodurans on heavy metal and radiation resistance

Este estudo emprega uma abordagem de genômica comparativa integrada, incluindo sequenciamento de rRNA 16S, análise filogenética e identidade de nucleotídeos média (ANI), para caracterizar o genoma e o proteoma de *Deinococcus radiodurans* R1 DSM 20539T, revelando sua estreita relação filogenética com *D. wulumuqiensis* R12T e identificando genes associados à resistência a metais pesados e radiação.

Minde Hailu, Seid Mohammed2026-10-07

🧬 biologia

Kat6a functions to protect lower jaw patterning during cellular stress

Este estudo revela que estressores celulares como o etanol exacerbam defeitos na mandíbula inferior em mutantes e heterozigotos de *kat6a* ao interromper seletivamente a expressão de *mef2ca* no primeiro arco branquial, desvendando assim uma ligação crítica entre os mecanismos de padronização anteroposterior e dorsoventral durante o desenvolvimento craniofacial.

Johann Eberhart, Ritika Ghosal, Mary Swartz, Joanna Liu, Anushree Patel2026-10-06

🧬 biologia

Mental health problems in pregnancy link maternal history of childhood maltreatment to altered newborn amygdala connectivity

Este estudo demonstra que problemas de saúde mental materna pré-natal, particularmente questões de sono e angústia específica da gravidez, medeiam a ligação entre o histórico de maus-tratos na infância de uma mãe e a conectividade alterada entre a amígdala e o córtex pré-frontal em recém-nascidos, com padrões distintos observados de acordo com o sexo.

Vanessa Babineau, Seonjoo Lee, Zhijun Zhang, Zheshu Jiang, Elizabeth Werner, Jay Ginrich, Jonathan Posner, Bradley Peter (…)2026-10-06

🧬 biologia

Gastric cancer-specific neuroinflammation-related genes with prognostic significance: scRNA-seq with bulk RNA-seq data and experimental validation

Este estudo integra dados de sequenciamento de RNA de bulk e de célula única com validação experimental para identificar uma assinatura de cinco genes relacionados à neuroinflamação (GRIA3, NGF, SLC17A7, TGFB2 e TGFB3) que serve como um biomarcador prognóstico robusto para o câncer gástrico, vinculando esses genes à remodelação do microambiente tumoral, infiltração imune e desfechos clínicos.

Xuemei Tao, Yuqing Zhou, Shunying YU, Xiaoyi Kuai, Chunli Zhou, Huiyu Wang2026-10-06

🧬 biologia

CD4+ T cell–T cell interactions preserve clonal diversity to recognize antigen variants

Este estudo demonstra que as interações entre células T CD4+ específicas para antígenos, mediadas pela inibição da proliferação dependente de SOCS1, preservam a diversidade clonal e amplas faixas de avidez para aumentar a adaptabilidade do sistema imunológico à variação antigênica.

Olivier Lantz, Hugo Roux, Vadim Karnaukhov, Sol-Yanel Nunez, rafael Paiva, Morgane Ducastel, Aurelie Darbois, Anastasia (…)2026-10-06

🧬 biologia

Allometry of intraspecific combat: Observations in extant terrestrial mammals and implications for sauropod dinosaurs

Ao analisar comportamentos de combate em 34 espécies de mamíferos terrestres, este estudo demonstra que restrições alométricas na massa corporal limitam as técnicas de combate em animais grandes, sugerindo que os dinossauros saurópodes provavelmente dependiam de empurrar com o corpo inteiro e luta de pescoço em vez de chutes bipedais ou investidas baseadas em momentum.

Sebastian Ziehm, Andreas Christian2026-10-06

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