A Phase-field Model for Apoptotic Cell Death

Este trabalho propõe um modelo de campo de fase para simular a apoptose celular induzida por um campo de ativação, explorando as condições para iniciar ou reduzir o processo e demonstrando transições morfológicas como encolhimento e fragmentação que são validadas por comparação com imagens de microscopia eletrônica.

Daniel A. Vaughan, Anna M. Piccinini, Mischa Zelzer, Etienne Farcot, Bindi S. Brook, Kris Van-der-Zee, Luis EspathThu, 12 Ma🧬 q-bio

Technological folie à deux: Feedback Loops Between AI Chatbots and Mental Illness

O artigo alerta que a interação entre chatbots de IA e usuários com condições de saúde mental pode criar ciclos de feedback perigosos que exacerbam a desestabilização de crenças e o isolamento social, exigindo uma resposta coordenada entre práticas clínicas, desenvolvimento de IA e regulamentação para mitigar esses riscos emergentes de saúde pública.

Sebastian Dohnány, Zeb Kurth-Nelson, Eleanor Spens, Lennart Luettgau, Alastair Reid, Iason Gabriel, Christopher Summerfield, Murray Shanahan, Matthew M NourThu, 12 Ma🧬 q-bio

Multi-factor modeling of chlorophyll-a in South China's subtropical reservoirs using long-term monitoring data for quantitative analysis

Este estudo utiliza dados de monitoramento de longo prazo de três reservatórios no sul da China para desenvolver um modelo hidroecológico dinâmico que quantifica como o nitrogênio total e a temperatura da água interagem sinergicamente para impulsionar o crescimento de clorofila-a, revelando que o nitrogênio é o fator limitante mais influente nesses ecossistemas subtropicais.

Haizhao Guan, Yiyuan Niu, Chuanjin Zu, Ju KangThu, 12 Ma🧬 q-bio

Trade-offs between structural richness and communication efficiency in music network representations

Este estudo demonstra que a escolha da codificação de características em representações de redes musicais cria um compromisso fundamental entre a riqueza estrutural e a eficiência comunicativa, onde representações simples geram maior incerteza descritiva mas menor erro de modelo, enquanto representações ricas preservam distinções finas mas aumentam o erro ao expandir o espaço de estados.

Lluc Bono Rosselló, Robert Jankowski, Hugues Bersini, Marián Boguñá, M. Ángeles SerranoThu, 12 Ma🧬 q-bio

Uncovering Semantic Selectivity of Latent Groups in Higher Visual Cortex with Mutual Information-Guided Diffusion

O artigo apresenta o MIG-Vis, um método que utiliza modelos de difusão guiados por informação mútua para visualizar e validar que grupos de neurônios no córtex visual superior de macacos codificam informações visuais-semanticas estruturadas e seletivas, como pose de objetos e transformações inter e intra-categoriais.

Yule Wang, Joseph Yu, Chengrui Li, Weihan Li, Anqi WuThu, 12 Ma🧬 q-bio

pHapCompass: Probabilistic Assembly and Uncertainty Quantification of Polyploid Haplotype Phase

O artigo apresenta o pHapCompass, um algoritmo probabilístico inovador para a montagem de haplótipos em genomas poliploides que modela explicitamente a ambiguidade na atribuição de leituras para quantificar a incerteza da fase, ao mesmo tempo em que oferece um fluxo de trabalho de simulação realista e métricas de avaliação generalizadas para superar as limitações das abordagens anteriores.

Marjan Hosseini (School of Computing, University of Connecticut), Ella Veiner (School of Computing, University of Connecticut), Thomas Bergendahl (School of Computing, University of Connecticut), Tala Yasenpoor (School of Computing, University of Connecticut), Zane Smith (Department of Entomology and Plant Pathology, University of Tennessee), Margaret Staton (Department of Entomology and Plant Pathology, University of Tennessee), Derek Aguiar (School of Computing, University of Connecticut, Institute for Systems Genomics, University of Connecticut)Thu, 12 Ma🧬 q-bio

Equivariant Asynchronous Diffusion: An Adaptive Denoising Schedule for Accelerated Molecular Conformation Generation

O artigo apresenta o Equivariant Asynchronous Diffusion (EAD), um novo modelo de difusão que combina agendamento assíncrono e mecanismos de agendamento dinâmico para superar as limitações dos métodos existentes e alcançar desempenho state-of-the-art na geração de conformações moleculares 3D.

Junyi An, Chao Qu, Yun-Fei Shi, Zhijian Zhou, Fenglei Cao, Yuan QiThu, 12 Ma🧬 q-bio

SDSR: A Spectral Divide-and-Conquer Approach for Species Tree Reconstruction

O artigo apresenta o SDSR, um método escalável de dividir-e-conquistar baseado em teoria espectral de grafos para reconstrução de árvores filogenéticas, que oferece ganhos significativos de velocidade sem comprometer a precisão ao lidar com grandes conjuntos de dados e discordância genética.

Ortal Reshef (Hebrew University of Jerusalem), Ofer Glassman (Weizmann Institute of Science), Or Zuk (Hebrew University of Jerusalem), Yariv Aizenbud (Tel Aviv University), Boaz Nadler (Weizmann Institute of Science), Ariel Jaffe (Hebrew University of Jerusalem)Thu, 12 Ma🧬 q-bio

How to make the most of your masked language model for protein engineering

Este artigo propõe e valida experimentalmente um método de amostragem flexível e eficaz, baseado em busca estocástica em feixe, para otimizar modelos de linguagem mascarados (MLMs) na engenharia de proteínas, demonstrando que a escolha do método de amostragem é tão impactante quanto a seleção do modelo em campanhas de desenvolvimento de anticorpos terapêuticos.

Calvin McCarter, Nick Bhattacharya, Sebastian W. Ober, Hunter ElliottThu, 12 Ma🧬 q-bio

ATP Level and Phosphorylation Free Energy Regulate Trigger-Wave Speed and Critical Nucleus Size in Cellular Biochemical Systems

Este estudo demonstra que o estado energético intracelular, especificamente a concentração de ATP e a energia livre de fosforilação, regula a velocidade de propagação e o tamanho crítico do núcleo de ondas de gatilho em sistemas bioquímicos celulares, conectando assim as condições metabólicas à dinâmica espacial de processos de decisão celular.

Jianwei Li, Kai Meng, Xuewen Shen, Fangting LiThu, 12 Ma🧬 q-bio

SNPgen: Phenotype-Supervised Genotype Representation and Synthetic Data Generation via Latent Diffusion

O artigo apresenta o SNPgen, um framework de difusão latente condicional que gera dados genotípicos sintéticos supervisionados por fenótipos, demonstrando que modelos treinados nesses dados preservam a estrutura genética e alcançam desempenho preditivo comparável ao de dados reais, oferecendo assim uma alternativa viável e privada para pesquisas genômicas.

Andrea Lampis, Michela Carlotta Massi, Nicola Pirastu, Francesca Ieva, Matteo Matteucci, Emanuele Di AngelantonioThu, 12 Ma🧬 q-bio

Macroscopic Dominance from Microscopic Extremes: Symmetry Breaking in Spatial Competition

O artigo apresenta um modelo estocástico que demonstra como a quebra de simetria inicial na competição espacial, regida pela estatística de valores extremos, exige uma população exponencialmente maior para superar desvantagens, mas que a dominância macroscópica robusta só é alcançada através de um viés de interação não recíproco que estabiliza flutuações locais.

Stuti Guha, Shawn D. Ryan, Bhargav R. KaramchedThu, 12 Ma🧬 q-bio