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Do Single-Cell Models Learn Real Biology? An Empirical Analysis of Physical Interaction Signal in Pretrained scGPT Gene Embeddings

Este estudo empírico demonstra que os embeddings de tokens de genes pré-treinados do modelo scGPT codificam inerentemente estruturas físicas de interação proteína-proteína, conforme evidenciado por uma similaridade de cosseno significativamente maior entre pares de genes que interagem em comparação com controles não interagentes correspondentes através de múltiplas bases de dados.

Liu Chen2026-07-24
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Mechanistic Interpretability of Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of scGPT Gene-Embedding Geometry

Este artigo demonstra empiricamente que o espaço de incorporação estática de gene-token do modelo de fundação scGPT codifica informações detectáveis, embora moderadas, sobre interações proteína-proteína físicas conhecidas, conforme evidenciado por similaridades de cosseno e métricas de predição de interação significativamente mais altas para pares de genes interagentes em comparação com controles não interagentes.

Liu Chen2026-07-24
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What Knowledge Can Be Extracted from Single-Cell Data? An Empirical Analysis of Donor-Robust Cell-Type Annotation

Uma análise empírica de dados de sequenciamento de RNA de célula única do pâncreas humano demonstra que, para tipos celulares canônicos e abundantes, modelos de anotação de tipos celulares generalizam de forma robusta entre doadores com apenas quedas modestas de desempenho quando avaliados via exclusão de um doador em comparação com a divisão aleatória, ressaltando a necessidade de declarar explicitamente o escopo populacional e técnico ao reivindicar conhecimento extraído de dados de célula única.

Liu Chen2026-07-24
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When Do Single-Cell Foundation Models Beat PCA? A Simulation-Based Empirical Analysis of Label Scarcity and Perturbation Generalization

Este estudo baseado em simulação demonstra que modelos de fundação de célula única superam significativamente os pipelines clássicos de PCA em tarefas de anotação com escassez de rótulos (1–5 células rotuladas por classe), mas oferecem pouca ou nenhuma vantagem sobre linhas de base lineares simples quando rótulos suficientes estão disponíveis ou ao prever respostas a novas perturbações.

Liu Chen2026-07-24
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Rank or Value? An Empirical Analysis of Single-Cell Transformer Tokenization under Sequencing-Depth Loss

Este estudo empírico demonstra que, em sequenciamento de RNA de célula única, o agrupamento por valores de expressão fixos supera a codificação por ranking de mediana do corpus para classificação de células sob perda de profundidade de sequenciamento, revelando que a invariância à multiplicação do tamanho da biblioteca não garante robustez à perda estocástica de moléculas.

Liu Chen2026-07-24
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Does Candidate-Space Restriction Destabilize Cross-Tissue Gene Regulatory Network Benchmark Rankings? An Empirical Analysis of Analytic Flexibility in Computational Biology

Esta análise empírica demonstra que restringir os espaços de candidatos em benchmarks de redes de regulação gênica desestabiliza significativamente os rankings de métodos entre tecidos, indicando que as escolhas de definição de candidatos podem alterar conclusões comparativas e devem ser relatadas juntamente com os resultados, em vez de serem tratadas como neutras.

Liu Chen2026-07-24
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Bacteria getting wired: The porin-cytochrome complex Om(abc)B kickstarts extracellular electron transfer and nanowire formation

Este estudo revela que a *Geobacter sulfurreducens* utiliza uma estratégia de transferência de elétrons extracelulares sequencial de dois estágios, onde o complexo porina-citocromo Om(abc)B primeiro possibilita a síntese intensiva em energia de nanofios de OmcS, permitindo que as células alternem de um modo sem fio para um modo com fio que expande dramaticamente seu acesso ao Fe(III) para replicação.

Nikhil Malvankar, Joseph Erwin, Kejue Jia, Cong Shen, Vanessa Saldivar, Aldo Salazar Morales, Vasilije Pentalic, Fadel S (…)2026-07-24
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Integrative genomic and network analyses map horizontal gene transfer dynamics in Pantoea agglomerans

Através de análises genômicas e de rede integrativas de 165 genomas, este estudo revela que a *Pantoea agglomerans* possui um pangenoma aberto impulsionado pela transferência horizontal de genes, mediada principalmente por plasmídeos e influenciada pelo agrupamento de nichos ecológicos com a *Pantoea vagans* como um doador fundamental.

Muhammad Sulman, Antonet M. Svircev, James T. Tambong, Walid Ellouze2026-07-24
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Bacteroides acidifaciens derived pentadecanoic acid alleviates MAFLD by sensitizing senescent macrophages to ferroptosis via JNK-JUN-NCOA4 pathway

Este estudo demonstra que o ácido pentadecanoico, um metabólito derivado de *Bacteroides acidifaciens*, alivia a MAFLD ao sensibilizar macrófagos senescentes à ferroptose através da ativação da via de sinalização JNK-JUN-NCOA4, promovendo assim sua depuração e reduzindo a esteatose hepática.

Rui Kong, Huiyu Wang, Nan Wang, Chunli Zhou, Yuqing Zhou2026-07-24
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Fast-Paced Breathwork as a Workplace Microbreak Preserves Attentional Orienting and Neural Task Engagement

Este estudo demonstra que uma micropausa de 15 minutos de respiração acelerada ajuda trabalhadores do conhecimento empregados a manter o orientamento atencional e o engajamento neural na tarefa, ao contrário de um podcast de controle, ao prevenir o aumento pós-pausa na captura atencional e no poder alfa indicativos de desengajamento.

Nele Dael, Austin Lokey, H. Steven Scholte, Alyson Meister2026-07-24