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🧬 biologia

The necessity of data-driven optimization of the number of principal components in scRNA-seq analysis - examples on real and simulated data

Este estudo demonstra que, embora valores padrão fixos para o número de componentes principais frequentemente funcionem, a otimização baseada em dados é essencial para a análise de scRNA-seq devido aos intervalos ótimos variáveis entre diversos conjuntos de dados, e fornece recomendações práticas para selecionar esses métodos com base em uma avaliação abrangente de dados reais e simulados.

Manja Grønberg, Alisa Pavel, Line Clemmensen2026-10-23
🧬 biologia

The reassembly of plant-pollinator interactions along tropical forest succession

Embora a abundância de polinizadores e a estrutura da rede permaneçam resilientes e facilitem o fluxo de pólen através de paisagens agrícolas durante a recuperação de florestas tropicais, a restauração completa das interações especializadas entre plantas e polinizadores e da complexidade da rede de florestas primárias é significativamente retardada, levando décadas para se remontar.

Ugo Diniz, Alexander Keller, Gunnar Brehm, Claus Rasmussen, Katharina Veltman, Santiago Erazo, Santiago Burneo, Marco Ts (…)2026-10-23
🧬 biologia

Restoring the p53--Nrf2--SIRT3--TFAM Axis via Therapeutic Epigenetic Shielding Reverses Bioenergetic Collapse and Nucleoid-Phagy Failure in Long COVID

Este estudo propõe uma estrutura de biologia de sistemas demonstrando que o colapso bioenergético e a inflamação crônica da Long COVID derivam da supressão mediada por CD147 do eixo p53--Nrf2--SIRT3--TFAM, que prejudica a função mitocondrial e a nucleofagia, mas pode ser revertida através de blindagem epigenética terapêutica para restaurar esta cascata regulatória.

Boominathan Lakshmanane2026-10-23
🧬 biologia

Predicting Macroscopic Axon Topology from Microscopic Kinematics: An Interactive Tracking and Random Walk Pipeline for Substrate-Dependent Cortical Neurospheres

Este estudo introduz um pipeline de rastreamento interativo e caminhada aleatória que utiliza neuroesferas corticais de tamanho controlado para quantificar a cinemática axonal dependente do substrato, vinculando com sucesso a dinâmica de crescimento microscópica à topologia de rede macroscópica para prever a arquitetura de circuitos in vitro.

Chunghwan Kim, Myungbo Kim, Hanlin Cao, Tsung-yeh Hsieh, Yongjie Jessica Zhang, Tzahi Cohen-Karni, Victoria A. Webster-W (…)2026-10-23
🧬 biologia

Deep Learning and Computational Modeling for Epitope-Focused Immunogen Design Targeting Monkeypox

Este artigo apresenta um arcabouço computacional baseado em aprendizagem profunda que supera modelos tradicionais de aprendizagem de máquina na predição de epítopos de células T e células B do proteoma do vírus da varíola dos macacos, oferecendo uma estratégia escalável e adaptável para o design de imunógenos focados em epítopos contra variantes virais emergentes.

Gurudeeban Selvaraj, Satyavani Kaliamurthi, Gilles H Peslherbe, Dongqing Wei2026-10-23
🧬 biologia

IL-33 signaling uncouples pulmonary regulatory T-cell specialization from suppressive function during type 2 inflammation

O estudo revela que, durante a inflamação do tipo 2, a sinalização de IL-33 desacopla a especialização da função supressora das células T reguladoras pulmonares ao regular positivamente o IL-4Rα para impulsionar a sinalização de STAT6 dependente de glicólise, promovendo, assim, a memória TH2 patogênica enquanto simultaneamente prejudica o cerceamento imunológico mediado por TREG.

Ciriaco Piccirillo, Fernando Alvarez, Lydia Labrie, Tho-Alfakar Al-Aubodah, Roman Isotomine, Katherine Restori, Jörg Fri (…)2026-10-23
🧬 biologia

Farming system shapes the microbiota of Bactrocera oleae across Spanish olive regions: consequences for host fitness and pest management

Este estudo demonstra que as práticas agrícolas e a localização geográfica moldam conjuntamente o microbiota bacteriana da mosca-da-oliveira (*Bactrocera oleae*) em Espanha, onde os pomares orgânicos fomentam comunidades microbianas diversas e benéficas que aumentam o vigor do hospedeiro em comparação com sistemas convencionais, sugerindo novas vias para o manejo de pragas baseado no microbioma.

Imen Blibech, Francisco José Beitia, Manuel Ruiz Torres, Francisco José Cabrero Sañudo2026-10-23
🧬 biologia

Integrated metabolomic and genomic characterization of antifungal Streptomyces halstedii S14 from Melipona mondury larval food

Este estudo integra metabolômica espacial e mineração genômica para caracterizar a atividade antifúngica de *Streptomyces halstedii* S14 proveniente de alimento larval de *Melipona mondury*, revelando uma interação química espacialmente estruturada envolvendo compostos como caboxamicina e bafilomicina C1 sem atribuir o fenótipo a uma única molécula.

Yuri Ribeiro Diogo, Luciana Teresa Dias Cappelini, Keith Dayane Leite Lira, Ana Calheiros de Carvalho, Nubia Gonçalves d (…)2026-10-23
🧬 biologia

Replicator--Mutator Dynamics on Networks with Spatial Nonlocality: Theory and Applications

Este artigo introduz um modelo replicador-mutador generalizado incorporando interações não locais via Laplacianos de dd-caminho para demonstrar que a influência de longo alcance em redes reduz a intensidade de mutação necessária para a diversidade e pode desencadear transições abruptas de agrupamentos comportamentais para distribuições uniformes, promovendo, assim, tanto o aumento da diversidade efetiva quanto a homogeneidade das frequências comportamentais.

Porikshit Mondal, Ernesto Estrada2026-10-23
🧬 biologia

Gut microbiome differences in youth with perinatally acquired HIV and fatty liver disease: a multicentre study

Este estudo multicêntrico revela que, embora a infecção pelo HIV altere significativamente a diversidade e a composição do microbioma intestinal em jovens, a presença de doença hepática gordurosa associada à disfunção metabólica (MAFLD) está associada apenas a mudanças microbianas modestas, especificamente a uma redução na abundância de *Parabacteroides*, destacando a influência dominante do HIV no eixo intestino-fígado nesta população.

Germán Vallejo, Moreno Elena, María Luisa Montes, Antonio Oliveira, Maria Mercadal, Carmen Busca, Luis Escosa, Cristina (…)2026-10-23