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Reading Mechanism off Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of Genomic Neighborhood Structure in scGPT Gene Embeddings

Este estudo empírico demonstra que o modelo de fundação biológica scGPT exibe uma associação pequena, porém reproduzível, entre a geometria de seu embedding estático de genes e a vizinhança genômica linear, revelando que genes localizados próximos uns dos outros no mesmo cromossomo são mais semelhantes na representação do modelo do que genes distantes, embora essa informação espacial não tenha sido explicitamente fornecida durante o treinamento.

Liu Chen2026-07-27
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The effect of dietary fiber based on fermentability and viscosity on the gut microbiome composition in chronic kidney disease: a systematic review of experimental and clinical trials

Esta revisão sistemática de 22 ensaios experimentais e clínicos conclui que intervenções isoladas com fibras dietéticas produzem efeitos variáveis e amplamente inconsistentes na composição da microbiota intestinal em pacientes com doença renal crônica, sem que um padrão claro emerja baseando-se apenas na fermentabilidade ou viscosidade das fibras.

Seyedeh Nooshan Mirmohammadali, Claudia Carrillo, Jason B. Reed, Brandon M. Kistler, Hannah E. Wilson, Bruce Hamaker, Sh (…)2026-07-27
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Regional sequence and embedding divergence among five grass OsNAC25-like proteins

Este estudo analisa cinco proteínas do tipo OsNAC25 em gramíneas para demonstrar que, embora a identidade de sequência e a confiança da predição estrutural mostrem consistentemente uma maior conservação no domínio de ligação ao DNA N-terminal em comparação com a região C-terminal, os embeddings de modelos de linguagem de proteínas são significativamente influenciados pela identidade específica do candidato, destacando a sequência do milhete-dedo como uma prioridade para investigação filogenética adicional.

Neil Sumanth2026-07-27
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Natural Language Processing Psychometrics

Este artigo introduz o "NLP Psychometrics", uma estrutura que utiliza personas de Modelos de Linguagem de Grande Escala e técnicas de IA interpretáveis para vincular pontuações de predição psicológica a características linguísticas específicas, demonstrando que, embora os dados sintéticos possam expor eficazmente vieses e prever resultados de saúde mental como depressão e satisfação com a vida, eles não podem substituir a validação humana.

Edoardo Sebastiano De Duro, Emma Franchino, Massimo Stella2026-07-27
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Comparative Transcriptomics Reveals a Conserved Antibacterial Immune Program with Pathogen-Specific Remodeling of Macrophage Cellular Functions

Este estudo utiliza a transcriptômica comparativa de quatro infecções bacterianas distintas para revelar que a imunidade antibacteriana dos macrófagos é organizada em torno de um núcleo inflamatório conservado, o qual é sobreposto por uma remodelagem patógeno-específica de funções celulares, como o metabolismo e a regulação do ciclo celular.

Umama Shahid, Sonia Dangi2026-07-27
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Compartment Mismatch Produces Near-Perfect Apparent Discrimination in Blood-Referenced DNA-Methylation Classifiers: A Public-Cohort Reanalysis of Hematologic-Malignancy Series

Este estudo demonstra que os classificadores de metilação de DNA baseados em sangue frequentemente alcançam uma discriminação aparente quase perfeita em coortes de malignidades hematológicas não devido à detecção da doença, mas por causa de incompatibilidades não contabilizadas entre os compartimentos celulares das referências saudáveis e das amostras doentes, tornando tais validações não corrigidas interpretáveis.

Frederic Scheer2026-07-27
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Biases, blind spots and signals in public One Health genome data for carbapenemase-producing Enterobacterales

Uma análise de quase 140.000 registros genômicos públicos revela que, embora os dados de Enterobacterales produtores de carbapenemase exibam padrões distintos específicos de cada fonte, a dominância esmagadora de amostras clínicas destaca um ponto cego de vigilância significativo nos setores ambiental, animal e alimentar, indicando que a composição do repositório, em vez da prevalência real, impulsiona a visibilidade atual.

Georgios Miliotis2026-07-27
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Real-time Visualization of Spliceosome Assembly Reveals Basic Principles of 3’ Splice Site Selection

Ao desenvolver um modelo cinético baseado em imagem de molécula única, este estudo revela que o spliceossomo alcança uma alta fidelidade na seleção do sítio de splicing 3' através de um mecanismo de prova de leitura cinética parcial envolvendo DDX42, onde o comprometimento ocorre após a ligação de U2AF, e não durante a interação inicial.

Dan Larson, Benjamin Donovan, Bixuan Wang, Gloria Garcia, Stephen Mount2026-07-27
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Evolving genetic landscapes of Plasmodium falciparum Kelch-13 polymorphisms in Nigeria: A systematic review and meta-analysis

Esta revisão sistemática e metanálise revela que os polimorfismos de *Plasmodium falciparum* Kelch-13 na Nigéria são altamente diversos e emergem de forma independente em vez de serem dominados por uma única mutação, ressaltando a necessidade urgente de vigilância genômica contínua para prevenir a propagação da resistência à artemisinina.

Aaron Onyebuchi Nwana, Emmanuel Afolabi Bakare, Isaac Segun Oyedeji, Happiness Oluwatosin Ismail2026-07-27