Structural insight into sodium-dependent bile acid transport by members of the SLC10 family
该研究通过解析 SLC10 家族钠依赖性胆酸转运蛋白（ASBT）的多种构象晶体结构并结合分子动力学模拟，揭示了其通过 TM6 柔性螺旋封闭出口从而避免形成贯穿孔道的转运机制，并阐明了膜脂与疏水甾醇基团的相互作用在底物结合与转运中的关键作用。
⚗️ Category
biochemistry
388 篇论文
Magnesium as a Conformational Gatekeeper of KRAS: Structural Dynamics and Therapeutic Implications
该研究通过多种技术证实镁离子作为 KRAS 构象的“守门人”，通过稳定关键结构域（特别是 Switch I）来调控其构象动态并抑制核苷酸交换，而 SOS1 或 S17E 突变通过破坏镁离子配位导致蛋白去稳定化，从而揭示了镁离子敏感热点作为下一代 KRAS 疗法靶点的潜力。
Rapid Histone Post-Translational Modification Analysis Using Alternative Proteases and Tandem Mass Tags
该研究开发了名为 RIPUP 的快速组蛋白翻译后修饰分析平台，通过结合 Arg-C Ultra 和 r-胰蛋白酶等替代蛋白酶与 TMT 标记技术，将样本制备时间从数天缩短至数小时，显著提升了 PTM 的覆盖范围（特别是揭示了以往难以检测的琥珀酰化和戊二酰化位点）及定量准确性，并成功应用于大鼠海马组织样本以加速表观遗传机制的发现和药物靶点验证。
Are hyaluronic acid synthases widely encoded in fungi?
该研究通过全面的生物信息学分析，在真菌界（主要是担子菌门）中发现了 68 种此前未被认知的透明质酸合酶，揭示了其独特的结构特征（如仅含 3 个跨膜螺旋的孔道和特殊的门控环构象）及与细菌、动物和病毒 HAS 不同的进化分支，表明真菌 HAS 可能具有独特的调控机制并影响其合成透明质酸的尺寸与功能。
A Global Ligandability Map of Tryptoline Butynamide Stereoprobes Identifies Covalent Inhibitors of the Actin Maturation Protease ACTMAP
该研究通过比较基于共同色氨酸核心的立体异构丙烯酰胺和丁炔酰胺探针，揭示了丁炔酰胺虽反应性较低但能优先结合包括 ACTMAP 在内的多种蛋白，并证实特定立体构型的丁炔酰胺可共价抑制 ACTMAP 从而阻断肌动蛋白成熟，证明了丁炔酰胺作为差异化亲电试剂在拓展人类蛋白质组配体库中的潜力。
Towards crystal structures of filament forming proteins
该论文指出，针对如 TasA 和 Camelysins 等因易自聚和多分散性而难以结晶或进行核磁共振研究的丝状蛋白，通过截除柔性末端或添加 N 端延伸等序列工程手段来抑制其纤维化，是成功获取其晶体结构的关键策略。
A conserved archaeal ribosome-associated factor linking bacterial hibernation and eukaryotic energy sensing
该研究鉴定了一种广泛保守的古菌核糖体相关因子 AHA，其通过双结构域介导核糖体休眠以应对胁迫，并揭示了其 C 端结构域与细菌休眠促进因子同源、N 端结构域与真核能量传感器 AMPKγ同源，从而建立了原核翻译沉默与真核能量感应之间的进化联系。
Regulation of mitochondrial DNA homeostasis by a mitochondrial microprotein
该研究鉴定出一种由替代开放阅读框编码的保守微蛋白 AltSLC35A4，它通过与肌动蛋白 - 肌球蛋白系统相互作用，在独立于 mtDNA 复制和线粒体膜电位的情况下调控线粒体 DNA 的拷贝数及核小体的空间分布。
Self-S-sulfonation in a bacterial persulfide dioxygenase mediates thiol persulfide detoxification
该研究揭示了金黄色葡萄球菌 CstB 酶通过其独特动态环上的 C201 位点在 Fe(II) 和氧气依赖下发生自 S-磺酸化，并将生成的硫基团经静电导向传递至约 27 埃外的硫转移酶结构域 C408 位点，从而将两分子硫醇多硫化物直接转化为硫代硫酸盐，实现了对活性硫物种的高效解毒。
Linking biochemical and cellular efficacy of MERS coronavirus main protease inhibitors
该研究通过比较三种数据分析方法，发现采用包含二聚化和配体结合机制的酶动力学模型能最准确地预测 MERS 冠状病毒主蛋白酶抑制剂在细胞内的效力，从而为抗病毒药物研发提供了更可靠的数据分析策略。
Unleashed condensation by recurrent mutations of an epigenetic regulator promotes cancer
该研究揭示 ASXL1 基因在无序区发生的截短突变通过解除自身负电荷对相分离的抑制，促使突变蛋白形成核内生物分子凝聚体，进而增强 BAP1 去泛素化活性并激活致癌转录程序，最终驱动骨髓恶性肿瘤的发生。
Integrated Multi-Omics Enabled by Sequential Extraction for Comprehensive Molecular Profiling of Small Extracellular Vesicles
该研究开发了一种基于顺序提取和质谱技术的集成多组学平台，实现了从单个小细胞外囊泡样本中同步深度表征蛋白质、脂质和代谢物，有效解决了低样本量分析难题并揭示了不同分离方法对分子谱的影响。
The promoter-poised Rpd3 HDAC complex orchestrates global chromatin reprogramming upon nutrient transition
该研究揭示了酿酒酵母中 Rpd3 组蛋白去乙酰化酶复合物（尤其是 Rpd3L）作为代谢守门人，通过营养信号动态调控启动子处的组蛋白去乙酰化与转录重编程，从而确保细胞在代谢转换过程中维持转录保真度并解决 HDAC 富集于活跃启动子的长期悖论。
Identification of 4,5,6,7-Tetrabromo-1H-benzotriazole (TBB) as a Small Molecule MESH1 Inhibitor that Suppresses Ferroptosis
本研究鉴定出 4,5,6,7-四溴 -1H-苯并三唑（TBB）是一种特异性抑制 MESH1 的小分子化合物，其通过阻断 MESH1 活性有效抑制铁死亡，并在体外细胞模型及阿尔茨海默病脑切片模型中展现出神经保护作用。
Structural basis of metalloid transport by the arsenite efflux pump ArsB
该研究通过解析耐砷细菌 Leptospirillum ferriphilum 中砷泵 ArsB 的高分辨率冷冻电镜结构，揭示了其识别砷/锑金属loid 的分子机制及质子偶联的逆向转运模式，阐明了细菌通过 ArsB 进行金属loid 外排解毒的结构基础。
PXL: a Nucleic Acid-Binding Module of Promyelocytic Leukemia Protein
该研究通过解析晶体结构及多项生化与细胞分析，发现促髓系白血病蛋白（PML-1）含有一种能特异性结合富含鸟嘌呤的单链核酸并调控转录组的新型结构域 PXL，从而揭示了其在核组织与基因调控中的分子机制。
Mechanistic machine learning enables interpretable and generalizable prediction of prime editing outcomes
该研究提出了基于 Prime 编辑机制的可解释机器学习模型 OptiPrime，该模型不仅实现了编辑效率的精准预测与泛化，还能指导优化 pegRNA 设计以规避错配修复，从而在多种治疗场景及小鼠脑内疾病模型中显著提升了 Prime 编辑的疗效。
Seamless workflow of hydroxy acid-modified metal oxide chromatography for rapid and sensitive phosphoproteomics sample preparation
本研究提出了一种名为 Rapid HAMMOC 的改进型二氧化钛富集工作流程，通过优化缓冲体系、采用 SAX-SDB 双膜 StageTip 直接脱盐以及添加 LMNG 抑制非特异性吸附，显著提升了低输入量样本磷蛋白组分析的灵敏度与通量，实现了从微量细胞裂解物中快速鉴定数千个磷酸化位点及单日内完成新生多肽的磷酸化谱分析。
Cryo-EM of ATP-driven dynamics and itraconazole binding of the fungal drug efflux ABC pump Candida glabrata Cdr1
该研究通过高分辨率冷冻电镜技术解析了真菌药物外排泵 Cdr1 在 ATP 驱动下的动态构象变化及伊曲康唑结合机制，揭示了其从 ATP 水解到药物排出的完整分子运动过程，为理解唑类耐药性提供了结构基础。
Structural basis for regulation of Frizzled-4 signaling by the co-receptor Tetraspanin-12
该研究通过冷冻电镜解析了 Tetraspanin-12 与 Frizzled-4 复合物的 3.4 埃结构，揭示了 Tspan12 通过直接结合促进 FZD4 细胞表面转运并增强 Norrin 亲和力，从而作为核心组分调控视网膜血管生成信号通路的分子机制。