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生物化学是探索生命分子语言的桥梁，它深入细胞内部，解析蛋白质、DNA 等微小分子如何协同运作，驱动我们从呼吸到思考的每一个生命过程。这一领域不仅揭示了疾病发生的根本机制，更为开发新药和定制疗法提供了关键线索，让抽象的微观世界变得具体可感。

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以下是该领域从 bioRxiv 精选的最新研究成果，欢迎查阅。

该研究通过整合计算模拟、化学合成与细胞生物学方法，揭示了多粘菌素与人体寡肽转运蛋白 hPepT2 的结构 - 相互作用关系，并证实通过修饰多粘菌素特定基团（如 Dab3）可显著降低其肾毒性同时保留抗菌活性，为开发更安全的多肽类抗生素提供了新策略。

该研究揭示了酵母线粒体中苹果酸脱氢酶与柠檬酸合酶形成的代谢酶复合物（metabolon）会随呼吸活性、线粒体基质酸化及氧化状态以及特定代谢物水平的变化而发生动态组装或解离，从而作为多因素调控代谢的关键机制。

该研究通过结构生物学与生化实验揭示了 GHKL ATP 酶（如 MutL 和 GyrB）中两个保守的酸性残基（谷氨酸和天冬氨酸）通过协同作用分别负责定位亲核水分子和激活其催化活性，从而修正了该家族 ATP 水解机制的传统认知，并为解析相关人类疾病突变提供了功能框架。

该研究利用 NucleaSeq 技术揭示 DNA 负超螺旋可显著加速 Cas9 的脱靶切割并改变切割位点，阐明了拓扑结构对 Cas9 特异性及 RuvC/HNH 结构域切割动力学的关键影响，从而为提升基因编辑的预测性和安全性提供了新见解。

该研究提出了一种结合机器学习与衰减全反射傅里叶变换红外光谱（ATR-FTIR）技术的无标记方法，实现了对包括 CA125 在内的多种肿瘤标志物的快速、无需试剂的定量检测，为资源受限环境下的癌症监测提供了具有潜力的床旁解决方案。

本文通过结合保留时间分析与色谱峰匹配，提出了一种识别质谱蛋白质组学中源内裂解（ISF）伪影肽的方法，揭示了其在半酶切肽和免疫肽组学等场景中的高 prevalence 及导致数据误判的风险，并建议采用该开源策略进行数据重注释以消除干扰。

该研究通过表面等离子体共振和冷冻电镜技术，解析了 SARS-CoV-2 刺突蛋白与神经细胞粘附蛋白 Contactin 1（CNTN1）的复合物结构，揭示了其纳米级亲和力及结合机制，阐明了病毒神经嗜性的分子基础，并发现刺突蛋白可同时结合 ACE2 和 CNTN1 等多种共受体。

该研究通过解析副溶血性弧菌 ToxS 周质结构域与胆盐（甘氨胆酸）的复合物晶体结构，揭示了胆盐诱导 ToxS 形成链交换同源二聚体并进而介导 ToxRS 系统异四聚化的分子机制，阐明了胆盐调控弧菌毒力基因表达的结构基础。

该研究通过多尺度模拟揭示了 OXA-48 变体中β5-β6 环的突变通过改变活性位点氢键网络及去酰化水分子的供/受体模式，进而调控结合亲和力与反应能垒，最终导致其水解亚胺培农活性差异的分子机制。

该研究通过整合跨物种代谢酶动力学数据发现，酶催化效率的演化并非遵循统一的复杂度趋势，而是呈现出酶特异性和途径依赖性的模式，表明其动力学特征主要由特定的代谢需求与选择压力而非生物体复杂度本身所决定。