EnzySeek: Efficient Exploration of Enzyme Reaction Pathways Using AI Agents
本文介绍了 EnzySeek，这是一个利用大语言模型和智能体技术、结合领域知识库与 MCP 接口，能够自主执行从蛋白结构预测到 QM/MM 计算等全流程酶催化模拟，并通过人机协同验证实现高效自动化研究的 AI 系统。
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388 篇论文
Serum Bile Acid Dysregulation in Polycystic Ovary Syndrome: Quantitative Insights from Mass Spectrometry-Based Profiling
该研究通过靶向液相色谱 - 质谱联用技术发现，多囊卵巢综合征（PCOS）患者血清中存在特征性的胆汁酸代谢重编程，表现为结合型胆汁酸水平升高及肝肠转化失衡，且这些代谢改变与雄激素水平及生殖内分泌指标显著相关，揭示了胆汁酸作为连接内分泌与代谢功能障碍的关键信号分子在 PCOS 病理机制中的潜在作用。
Chemical Probing of Diacylglycerol Dynamics at Lipid Droplets
该研究开发了一种名为 DONDI 的溶致变色荧光探针家族（特别是 DONDI-5），用于在活细胞中稳定追踪二酰甘油（DAG）在脂滴中的动态分布，从而证实了 DAG 可在未经转化为三酰甘油的情况下被转运并暂时储存于脂滴中。
Nitro Reduction-Based RNA Control and Ultrafast Release
该研究开发了一种基于硝基还原机制的 RNA 可控修饰策略，通过引入氧化还原响应基团实现 RNA 功能的可逆抑制与超快速释放，为科研及生物技术应用中的 RNA 活性时空调控提供了通用工具。
The structured hairpin region of the bacterial ESCRT-III protein IM30 orchestrates stress-induced condensate formation
该研究揭示了细菌 ESCRT-III 蛋白 IM30 通过其结构化的 1-3 螺旋发夹结构域，在环境胁迫诱导的局部酸化条件下发生液 - 液相分离，形成具有流体特性的应激响应生物分子凝聚体，从而为细菌适应环境压力提供了新的分子机制。
Structural basis of RNA-guided transcription by a dCas12f-σE-RNAP complex
该研究通过解析来自 Flagellimonas taeanensis 的 dCas12f-σE-RNAP 复合物的高分辨率冷冻电镜结构，揭示了 RNA 引导的转录起始新机制，即 dCas12f 通过 R-loop 介导的 DNA 结合招募σE-RNAP，并利用非典型的堆积相互作用稳定 -10 区，从而取代传统的 -35 区识别模式来激活基因表达。
The deubiquitinating enzyme Otu1 releases substrates from the conserved initiation complex of the Cdc48/p97 ATPase for proteasomal degradation
该研究揭示了去泛素化酶 Otu1（哺乳动物中为 Yod1）通过修剪底物的泛素链，使其从 Cdc48/p97 ATP 酶复合物中释放并转移至蛋白酶体进行降解，从而避免了底物在 ATP 酶孔道中的无效循环，且该机制在真核生物中高度保守。
Is Protein Quantification and Physical Normalization Always Necessary in Proteomics?
该研究表明，在应用计算归一化策略后，许多定量蛋白质组学实验可以省略耗时耗力的蛋白质定量和物理归一化步骤，而不会导致测量变异性不可接受地增加，从而显著优化工作流程并节省成本。
Metabolomic Profiling of Serum Biomarkers in Women with Polycystic Ovary Syndrome: Insights from an Untargeted Approach
该研究利用非靶向代谢组学技术分析了多囊卵巢综合征（PCOS）女性血清样本，鉴定出多种差异代谢物及其相关代谢通路，揭示了该病与胰岛素抵抗、炎症及线粒体功能障碍的密切关联，为早期诊断和靶向治疗提供了新的生物标志物线索。
Phytochemical Characterization and In Vitro Antidiabetic Activity of Aruncus dioicus from Vietnam
该研究对越南产绣线菊进行了植物化学表征，成功分离鉴定出 11 种化合物，并证实其中对羟基苯甲酸和肉桂酸等酚类衍生物在体外对 PTP1B 和α-葡萄糖苷酶表现出显著抑制活性，表明其具有开发为抗糖尿病药物的潜力。
Interactions between Submicron Carbon Particles, Escherichia coli and Humic acid with Plastic Surfaces
该研究表明，在低离子强度条件下， pristine 热塑性塑料表面对有机物的固有亲和力极低，其保留行为主要由颗粒自身的尺寸和表面电荷主导，而非塑料的疏水性或粗糙度等表面特性，且经典 XDLVO 理论难以准确预测此类相互作用。
A Hidden Binding Pocket in the β- ketoacyl-ACP Synthase FabB
该研究通过解析大肠杆菌 FabB 和 FabF 的突变效应与晶体结构，揭示了 FabB 中存在一个此前未被发现的次级结合口袋，该口袋能以替代构象结合中长链酰基，从而缓冲突变影响并促进功能多样化，而 FabF 因缺乏此稳定口袋导致长链结合能力受损。
PRMT1/Hmt1 drives α-synuclein aggregate dissolution through a catalysis-independent pathway
该研究发现，在氧化应激条件下，缺乏精氨酸的α-突触核蛋白聚集体的溶解与毒性清除是由PRMT1/Hmt1通过不依赖其经典甲基化催化活性的非经典机制介导的，这一发现为神经退行性疾病的治疗提供了新方向。
ASCH Domain-Containing Proteins Act as tRNA N4-acetylcytidine Erasers
该研究证实，ASCH 结构域蛋白家族在细菌、古菌和人类中均具有保守的 tRNA N4-乙酰胞苷（ac4C）去乙酰化酶活性，从而揭示了 ac4C 修饰动态调控中一类此前未被认识的关键“擦除”酶。
The structure and catalytic mechanism of new cellular and viral HDV ribozymes
该研究解析了线虫和病毒来源的两种新型 HDV 核酶晶体结构，揭示了其双假结折叠及通过 C75 作为广义酸、金属离子作为路易斯酸进行催化的独特机制，从而区别于大多数依赖广义碱催化的核酸酶核酶。
Membrane Proteome Remodeling in Female APP Mice Following Muscarinic Acetylcholine Receptor M1 Modulation Revealed by Peptidisc Enabled DIA-MS.
该研究利用肽盘辅助的数据非依赖性采集质谱技术，揭示了阿尔茨海默病模型小鼠皮层膜蛋白组的显著重塑特征，并证实 M1 毒蕈碱受体正向变构调节剂 VU0486846 能特异性地调控疾病状态下与神经元运输及突触可塑性相关的膜蛋白网络，而非在野生型小鼠中引起广泛变化。
A RAD18 SAP domain PIP motif enables PCNA mono-ubiquitination and USP1-BRCA1 synthetic lethality
该研究鉴定了 RAD18 中一个关键的 SAP 结构域 PIP 基序，阐明了其介导 PCNA 单泛素化及 USP1 抑制剂与 BRCA1 缺陷细胞产生合成致死效应的结构机制，并揭示了 RAD18 水平下调是细胞对 USP1 靶向治疗产生耐药性的关键机制。
Herring roe PLs promote SPM biosynthesis in macrophages and a keratinocyte/fibroblast co-culture as model of psoriasis
该研究表明，鲱鱼卵磷脂通过促进 IFN-γ/LPS 刺激的巨噬细胞及 IL-17A 刺激的角质形成细胞/成纤维细胞共培养体系中特异性促消退介质（SPMs）的生物合成，特别是上调 RvE2、RvE3 等关键介质，从而推动炎症消退并可能改善银屑病症状。
Synthesis and Assembly of a New-generation Bifunctional Lipid Nanoparticle for Selective Delivery of mRNA to Antigen Presenting Cells
该研究合成并组装了一种新型双功能脂质纳米颗粒 mRNA-BLNP3，其通过结合靶向 CD1d 和甘露糖受体的特异性配体，实现了对抗原呈递细胞的高效选择性递送，从而在体内展现出优于前代产品的淋巴结靶向性、更低的肝脏蓄积以及显著增强的体液与细胞免疫应答。
A druggable redox switch on SHP1 controls macrophage inflammation
该研究利用深度氧化还原蛋白质组学鉴定了免疫蛋白上的氧化还原调控半胱氨酸位点，并发现并开发了靶向SHP1蛋白Cys102的高选择性共价激动剂SCA，通过解除其自抑制状态来抑制巨噬细胞炎症反应，从而揭示了控制巨噬细胞细胞因子反应的可成药氧化还原开关。