Identification and characterization of bacterial repeat-in-toxin adhesins using long-read genome analysis
该研究利用长读长基因组测序技术结合 AlphaFold3 结构建模，成功克服重复序列带来的组装难题，对七种革兰氏阴性菌中的 35 种 RTX 粘附素进行了系统鉴定与表征，揭示了其多样化的结构特征，为开发阻断细菌定植和生物膜形成的新型抗感染策略奠定了基础。
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388 篇论文
Fine-tuning STEAP1 protein expression and purification to preserve its conformation and function
本研究通过优化人 STEAP1 蛋白的表达与纯化条件，成功促进了其功能性同源三聚体的生产及辅因子结合，并证实稳定表达系统在提升蛋白质量、促进血红素整合及确保正确膜取向方面优于瞬时表达系统，为 STEAP 家族蛋白的重组生产及前列腺癌治疗研究提供了有效策略。
In vivo deuteration reveals pronounced variation in myelin lipid turnover rates and reduced myelin renewal with ageing
该研究通过体内氘标记结合高分辨率脂质组学技术，揭示了小鼠脑髓鞘脂质更新速率存在显著的异质性与区域差异，且其更新过程受脂质类别、疏水性及 ApoE 依赖性运输调控，并随年龄增长而显著减缓。
pH-dependent allosteric remodeling of a bacterial riboswitch couples alkaline activation to metal sensing
该研究揭示了大肠杆菌 alx 核糖开关通过 pH 值调控其适配体构象采样，利用特定环区的质子化状态变构调节锰离子结合能力，从而将碱性环境信号与金属离子感应耦合以实现组合式环境感知。
Non-enzymatic assimilation of organosulfur compounds at the interface of geochemistry and biochemistry
该研究揭示了光热等地球化学因素可通过非酶促氧化机制将二甲基硫醚和二甲基亚砜转化为微生物可利用的含硫和含碳物质，从而证明代谢途径不一定依赖酶驱动，暗示了地球化学与生物化学过渡阶段可能存在古老的非酶促反应网络。
Interkingdom glycine conjugates of indole-3-carboxylates are Ah receptor ligands
该研究揭示了植物、微生物与人类之间通过甘氨酸结合形成的吲哚 -3-羧酸类代谢物（如 IAA-甘氨酸）作为内源性芳香烃受体（AHR）配体的关键作用，阐明了跨物种代谢物在人类生理中的潜在功能。
Age-related Delays in Osteochondral Remodeling of Fracture Healing Illustrated by Mass Spectrometry Imaging
该研究利用质谱成像技术对年轻与老龄小鼠骨折愈合组织进行空间蛋白质组学分析，揭示了老龄动物因软骨向硬骨转化延迟及基质重塑障碍，导致骨折愈合进程显著滞后于年轻动物的分子机制。
Two Distinct Binding Modes Govern High-Affinity Ligand Interactions with Amyloid Fibrils
该研究揭示了淀粉样纤维高亲和力配体结合存在两种拓扑结构不同的模式，阐明了其区分特征，并据此指导设计出了结合力更强且荧光响应独特的新型配体，为神经退行性疾病相关纤维的靶向药物设计确立了新原则。
Multi-Omic Analyses of Dietary Fatty Acid-Microbe-Host Interactions Reveal Metaorganismal Lipid Metabolic Crosstalk Impacting Cardiometabolic Disease
该研究通过对比无菌与常规饲养小鼠的多组学分析，揭示了膳食脂肪酸与肠道微生物的相互作用如何独特地调控宿主脂质代谢及炎症介质水平，进而影响心脏代谢疾病。
Decoding the Mechanism of Action of a Parasite TGFβAntagonist Inspires the Creation of Cell-type-specific TGFβ Modulators
该研究通过解析寄生虫 TGFβ拮抗剂 TGM6 的作用机制（发现其依赖 LRP1 和 betaglycan 共受体并特异性结合小鼠 TGFBR2），成功设计出能够根据共受体表达情况在特定细胞类型中精准调控 TGFβ信号通路的可编程嵌合分子及融合蛋白。
Structural modification of oxazolidinone antibiotics alters nascent peptide stalling preference and peptide trajectory through the ribosome
该研究揭示了通过结构修饰改变噁唑烷酮类抗生素（如替地唑利和德尔帕唑利）可显著调节其诱导新生肽链在核糖体上停滞的氨基酸偏好性及肽链构象，表明此类药物的抑制特异性可通过化学修饰进行调控。
Absence of 8-HDF and MTHF Antenna Chromophore Binding in ErCRY4a Suggests a Possible Flavin-Only Cofactor State: Insights from Biochemical and Computational Analyses
本研究通过生化与计算分析证实，欧洲知更鸟的隐花色素蛋白 ErCRY4a 不结合 8-HDF 或 MTHF 天线色素，表明其仅含有 FAD 这一种光敏辅因子，暗示其具有区别于大多数光裂合酶的功能特异性。
AlphaFast: High-throughput AlphaFold 3 via GPU-accelerated MSA construction
本文介绍了 AlphaFast，这是一个通过集成 GPU 加速的 MMseqs2 序列搜索来消除 AlphaFold 3 中 CPU 瓶颈的即插即用框架，在保持结构预测精度的同时显著提升了运行速度并降低了成本。
Breaking β-sheets in FUS prion-like domain preserves phase separation and function but prevents aggregation and toxicity
该研究通过引入脯氨酸残基破坏 FUS 蛋白低复杂度结构域中的β-折叠，成功在保留其生理性相分离与功能的同时，阻断了病理性聚集及液 - 固转变，从而显著降低了果蝇模型中的神经毒性，揭示了β-折叠是驱动 FUS 相关神经退行性疾病的关键因素及潜在治疗靶点。
Reconstitution of Ras-PI3Kγ membrane communication and feedback using light-induced signaling inputs
该研究通过在支持膜上光控重构 Ras-PI3Kγ 信号系统，揭示了正反馈回路如何克服全局抑制作用，驱动 Ras 激活与 PIP3 生成的局部放大及跨膜传播波，从而阐明了扩散系数与反馈架构在决定膜信号时空动态中的关键作用。
Unique pore architecture underlies constitutive gating of human retinalTRPM1
该研究首次解析了人类 TRPM1 通道在导通状态下的冷冻电镜结构，揭示了其独特的顺时针结构域交换孔模块构象及广泛的 S5-P-S6 模块重塑，阐明了该通道组成性激活的结构基础及其在视网膜信号传导和先天性夜盲症中的机制。
Engineering a cytochrome P450 O-demethylase for the bioconversion of hardwood lignin
该研究通过解析来自红球菌的细胞色素 P450 酶 AgcA 的晶体结构并指导理性改造，成功构建了能同时高效催化木质素衍生物 4-丙基愈创木酚和 4-丙基丁香酚 O-去甲基化的工程酶，并将其整合至细菌生物催化剂中，从而推动了木质素生物转化技术的发展。
A sequence-encoded promoter proximal super pause stabilizes an offline RNA polymerase II state
该研究通过开发 GATO-seq 技术并结合冷冻电镜结构分析，发现了一种由特定核苷酸序列编码的、能被苏氨酸口袋稳定且无法被 TFIIIS 解救的 RNA 聚合酶 II“超级暂停”状态，揭示了序列特异性如何诱导并锁定聚合酶的离线构象以调控转录。
A Structural Code for Assembly Specificity in GID/CTLH-Type E3 Ligases
该研究通过解析晶体结构和定量结合分析，揭示了 GID/CTLH 型 E3 连接酶亚基组装的特异性分子编码，证明通过靶向修饰关键界面特征即可重编程亚基配对偏好，从而为重构此类环状 E3 连接酶提供了理论基础。
Chemiluminescent probes allow for the rapid identification of colibactin-producing bacteria
本研究开发了一种针对关键酶 ClbP 的高灵敏度化学发光探针，能够快速、特异性地检测复杂粪便样本中产生致癌物大肠杆菌素（colibactin）的细菌，其性能优于既往的荧光探针。