💻 生物信息学
From Lab Notes to Linked Data: MeSyTo for Ontology-Driven Metadata in Toxicological Omics
本文介绍了 MeSyTo，这是一个开源的、由本体驱动的框架，通过对多样化的报告标准进行语义对齐，实现转录组学、蛋白质组学和代谢组学的统一注释、自动验证以及互操作性数据交换，从而使毒理学组学研究中的元数据实现协调一致。
💻 Category
bioinformatics
1199 篇论文
生物信息学宛如一座连接生物学与计算机科学的桥梁，利用强大的算法和数据分析技术，将海量的生命遗传信息转化为可理解的科学发现。这一领域不再依赖显微镜下的观察，而是通过代码挖掘基因组的秘密，帮助科学家理解疾病机制、追踪病毒变异并推动精准医疗的发展。
作为 Gist.Science 的专属栏目，我们持续追踪来自 bioRxiv 的最新预印本论文，确保您能第一时间接触前沿动态。团队对每一篇新上传的预印本进行深度处理，不仅提供详尽的技术总结，更精心撰写通俗易懂的科普解读，让复杂的生物数据变得清晰易懂。
以下为您呈现该领域最新发表的几项重要研究成果，带您探索生命数字化的最新进展。
💻 生物信息学
Cross-Kingdom Multi-Omics Harmonization Uncovers Coordinated Host Defense and Vector Small RNA Regulatory Networks in Begomovirus Transmission
本研究整合了宿主转录组和媒介昆虫小 RNA 数据集，揭示了番茄抗病毒免疫、双生病毒 siRNA 积累以及烟白粉虱小 RNA 重塑之间紧密同步的三方分子相互作用，并确定了作为控制病毒传播的双效 RNA 干扰策略候选目标的特定跨界调节模块。
💻 生物信息学
Lacuna: Cryptic Binding Pocket Discovery via Conformational Ensemble Analysis
Lacuna 是一个开源 Python 工具，它通过从单个输入结构生成构象系综、在这些构象中检测口袋并对其进行排序，从而发现隐蔽的结合口袋，识别出在静态蛋白质结构中不可见的位点，同时在不需要高昂模拟预算的情况下保持高准确度和计算效率。
💻 生物信息学
AlphaConformers: Structure-guided sampling enables prediction of multiple protein conformations
该论文介绍了 AlphaConformers，这是一个利用来自蛋白质数据库的结构信息来引导 AlphaFold2 生成多种替代蛋白质构象的结构引导型流水线，其在模拟细微的配体诱导结构变化方面显著优于现有方法。
💻 生物信息学
Detecting and typing Chlamydia trachomatis strains in metagenomes using the MetaChlam pipeline
作者开发了 MetaChlam，这是一个自动化的 Nextflow 流水线，它整合了多种生物信息学工具，能够准确检测并对仅有 250 条序列的宏基因组样本中的衣原体（*Chlamydia trachomatis*）菌株进行分型，克服了传统基因分型方法的局限性，并揭示了非感染性数据集中意想不到的污染。
💻 生物信息学
Long-Read epigenetic clocks identify improved brain aging predictions
本研究通过利用涵盖不同非洲和欧洲血统队列中超过 2800 万个 CpG 位点的 Oxford Nanopore 长读段测序技术，引入了改进的脑老化预测模型，证明了这些长读段表观遗传钟的表现优于现有的基于芯片的方法，并强调了具有包容性、具备血统意识的训练数据集的重要性。
💻 生物信息学
Using GIS Dashboards to highlight AMR data disparities in Africa for Policy, Research, and Public Health
本研究将来自非洲私立、公立及学术机构的碎片化抗微生物药物耐药性（AMR）监测数据整合至交互式地理信息系统（GIS）仪表板中，以可视化呈现报告差异与基础设施分布情况，从而为指导政策、研究及公共卫生干预提供统一的证据基础。
💻 生物信息学
nf-sarcopipe enables integrative discovery of exercise-responsive miRNAs and miRNA/mRNA regulatory networks associated with skeletal muscle adaptation
本文介绍了 nf-sarcopipe，这是一个模块化的 Nextflow 流水线，它将从头发现（de novo）与参考指导的 miRNA 发现结合并整合了转录组分析，旨在鉴定参与骨骼肌适应的新型及已知运动响应性 miRNA 及其调控网络。
💻 生物信息学
Assessing Codon Language Models for Context-Aware Codon Optimization in Nucleic Acid-Based Medicines
本研究将三种专注于密码子的掩码语言模型与传统方法进行了基准测试，结果表明，虽然没有单一模型在所有任务中都占据主导地位，但它们能有效捕捉翻译上下文以生成具有更优表达性能的变体，这表明在多个模型之间进行采样是优化核酸类药物的一种极具前景的策略。
💻 生物信息学
A leakage-controlled benchmark shows apparent codon-language-model advantages in synonymous-variant prediction are evaluation artifacts
本文表明，先前报道的密码子语言模型在同义变异预测方面的优势是由于数据泄露导致的评估伪影，因为这些增益在像新发布的 CodonBench 这样严格控制泄露的基准测试下消失了。