Per-residue optimisation of protein structures: Rapid alternative to optimisation with constrained alpha carbons
本文提出了一种名为 PROPTIMUS RAPHAN 的蛋白质结构逐残基优化方法，通过将结构划分为重叠子结构进行独立优化，实现了计算时间随结构规模线性增长，并验证了结合 GFN-FF 力场的实现方案在显著缩短耗时的同时，能达到与约束α碳优化相当的结构质量。
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生物信息学宛如一座连接生物学与计算机科学的桥梁，利用强大的算法和数据分析技术，将海量的生命遗传信息转化为可理解的科学发现。这一领域不再依赖显微镜下的观察，而是通过代码挖掘基因组的秘密，帮助科学家理解疾病机制、追踪病毒变异并推动精准医疗的发展。
作为 Gist.Science 的专属栏目，我们持续追踪来自 bioRxiv 的最新预印本论文，确保您能第一时间接触前沿动态。团队对每一篇新上传的预印本进行深度处理，不仅提供详尽的技术总结，更精心撰写通俗易懂的科普解读，让复杂的生物数据变得清晰易懂。
以下为您呈现该领域最新发表的几项重要研究成果，带您探索生命数字化的最新进展。
Fast, accurate construction of multiple sequence alignments from protein language embeddings
本文提出了名为 ARIES 的新算法，利用蛋白质语言模型生成的氨基酸嵌入和窗口互反加权相似度指标，实现了在低同源性区域表现更优且具备线性扩展能力的快速、高精度多序列比对。
scprocess: a pipeline for processing, integrating and visualising atlas-scale single cell data
本文介绍了 scprocess，这是一个专为 10x Genomics 技术生成的百万级单细胞数据而设计的 Snakemake 自动化流程，旨在通过统一的命令行接口解决大规模数据集在管理、效率及可重复性方面的挑战，实现从原始测序文件到标准化分析结果的端到端处理。
Expression-based annotation identifies and enables quantification of small vault RNAs (svtRNAs) in human cells
该研究通过开发基于表达量的注释策略，构建了标准化的人类小 Vault RNA（svtRNAs）注释资源，实现了对其在多种细胞系中的系统性检测与定量，并揭示了其作为人类小 RNA 景观中丰富且具潜在调控功能的重要组分。
An explainable boosting machine model for identifying artifacts caused by formalin-fixed paraffin embedding
该研究利用 90 对配对样本构建了真实变异与 FFPE 伪变异的基准数据集，并提出了一种基于可解释提升机（EBM）的新型过滤工具 FIFA，通过引入局部上下文特征显著提升了 FFPE 样本中体细胞突变伪影的过滤性能，从而有效增强了利用海量 FFPE 存档样本进行回顾性癌症基因组学研究的能力。
EnsAgent: a tool-ensemble multiple Agent system for robust annotation in spatial transcriptomics
EnsAgent 是一种基于多智能体工具集成的空间转录组学自动注释框架，它通过解耦结构分区与语义标注、引入多模型共识及多专家反馈机制，显著提升了复杂组织微环境注释的鲁棒性、准确性与可解释性。
Descriptron-GBIF Annotator: A browser-based platform for crowdsourced morphological annotation of biodiversity images to help accelerate morphology based biodiversity data
本文介绍了"Descriptron-GBIF Annotator"，这是一款基于浏览器的零安装众包工具，利用 AI 辅助和受控词汇表对来自 GBIF 的生物多样性图像进行形态学标注，旨在通过公民科学模式加速结构化形态数据的生成，并与专业工作平台形成互补反馈循环以应对生物多样性危机。
STEVE: Single-cell Transcriptomics Expression Visualization and Evaluation
本文介绍了 STEVE，这是一个旨在通过集成子采样评估、新细胞类型检测和基准测试等模块，系统性量化单细胞转录组数据中细胞类型注释准确性、鲁棒性及可重复性的综合评估框架。
Immune Transcriptional Signatures Across Human Cardiomyopathy Subtypes: A Multi-Cohort Integrative Computational Analysis
该研究通过整合分析五个公共数据集的 1068 个心脏组织样本，利用多组学计算方法鉴定出一种可重复的免疫 - 纤维化转录特征，揭示了铁死亡相关基因 HMOX2 作为核心致病机制，并构建了一个具有高诊断效能的九基因生物标志物面板。
Multimodal spatial alignment and morphology mapping with MOSAICField
本文介绍了 MOSAICField，这是一种利用深度神经网络进行非线性形变场估计的统一框架，能够整合多模态空间组学数据，实现跨切片物理对齐与形态结构映射，从而构建高精度的三维组织模型并提升多模态分析能力。