💻 bioinformatics
PepCABO: Latent-space Bayesian optimization for peptide-MHC binding using contrastive alignment
本文提出了 PepCABO 框架，通过结合对比对齐的双变分自编码器与高斯过程代理模型，在潜在空间中实现跨等位基因的知识迁移，从而显著提升了在有限实验预算下针对特定 MHC 等位基因的肽段结合亲和力优化效率。
💻 Category
bioinformatics
1018 篇论文
生物信息学宛如一座连接生物学与计算机科学的桥梁，利用强大的算法和数据分析技术，将海量的生命遗传信息转化为可理解的科学发现。这一领域不再依赖显微镜下的观察，而是通过代码挖掘基因组的秘密，帮助科学家理解疾病机制、追踪病毒变异并推动精准医疗的发展。
作为 Gist.Science 的专属栏目，我们持续追踪来自 bioRxiv 的最新预印本论文，确保您能第一时间接触前沿动态。团队对每一篇新上传的预印本进行深度处理，不仅提供详尽的技术总结，更精心撰写通俗易懂的科普解读，让复杂的生物数据变得清晰易懂。
以下为您呈现该领域最新发表的几项重要研究成果，带您探索生命数字化的最新进展。
💻 bioinformatics
Introducing non-enzymatic crosslinks into atomistic simulations of collagen fibrils
本文介绍了 ColBuilder 框架的扩展，该扩展能够生成包含葡萄糖胺、戊糖苷和 MOLD 等非酶促晚期糖基化终产物（AGE）交联的原子级胶原原纤维模型，并通过分子动力学模拟揭示了 AGE 交联与酶促交联在力学响应上的显著差异，从而为研究胶原老化提供了新工具。
💻 bioinformatics
Scaling the PBWT for Long-Range Shared Ancestry Detection in Large Haplotype Panels
本文提出了 PBML 算法，该算法基于压缩 PBWT 索引，通过引入最小 haplotype 数量（k）和最小长度（L）阈值，实现了在大型多样化单倍型面板中高效、低内存地筛选具有生物学意义的长距离共享祖先片段，显著优于现有工具。
💻 bioinformatics
Bayesian AMMI-Based Simulation of Genotype x Environment Interactions
本文提出了一种基于贝叶斯 AMMI 模型的基因型与环境互作（GEI）模拟框架，该框架利用高通量环境协方差矩阵生成具有可解释方向结构的 GEI 效应，不仅成功捕捉了环境相关性与基因型特异性响应，还验证了其在复杂环境条件下支持基因组选择策略的有效性。
💻 bioinformatics
Efficient protein structure prediction fromcompact computers to datacenters withOpenFold-TRT
本文介绍了结合 OpenFold、TensorRT 及 MMseqs2-GPU 的加速方案，实现了从紧凑型计算机到数据中心在多种硬件架构上比 AlphaFold2 快达 131 倍且无损精度的蛋白质结构预测。
💻 bioinformatics
Resistance to Pyrethroids in Aedes aegypti: Insights into Transcriptomic Response to Different Insecticide Concentrations Transcriptomic responses of Aedes aegypti to insecticide concentrations
该研究通过转录组分析揭示，埃及伊蚊对不同类型的拟除虫菊酯（氯菊酯和高效氯氟氰菊酯）在不同浓度下会触发截然不同的分子抗性机制，其中前者主要依赖表皮增厚和代谢解毒，而后者则通过线粒体功能增强和氧化应激防御来维持稳态，表明在病媒控制中需同时考虑杀虫剂类型与浓度以优化抗性管理。
💻 bioinformatics
stMCP: Spatial Transcriptomics with a Model Context Protocol Server
本文提出了 stMCP 框架，通过本地执行的模型上下文协议（MCP）实现自然语言驱动的空间转录组分析，在保障数据隐私与降低成本的同时，显著提升了分析的可及性、可重复性及生物发现效率。
💻 bioinformatics
Evidence of off-target probe binding affecting 10x Genomics Xenium gene panels compromise accuracy of spatial transcriptomic profiling
该研究开发了 Off-target Probe Tracker (OPT) 工具，揭示了 10x Genomics Xenium 技术中探针脱靶结合会扭曲空间转录组数据的准确性，并通过多组学验证证实了部分基因的表达信号实为靶基因与脱靶基因信号的混合，从而提升了空间转录组数据的生物学可解释性与可重复性。
💻 bioinformatics
Limits of deep-learning-based RNA prediction methods
该研究通过独立基准测试指出，当前基于深度学习的 RNA 结构预测方法虽在特定条件下表现尚可，但其成功主要依赖于对已知结构的记忆而非泛化能力，且缺乏可靠的模型准确性评估手段，因此难以准确预测新颖的 RNA 结构。
💻 bioinformatics
Per-residue optimisation of protein structures: Rapid alternative to optimisation with constrained alpha carbons
本文提出了一种名为 PROPTIMUS RAPHAN 的蛋白质结构逐残基优化方法，通过将结构划分为重叠子结构进行独立优化，实现了计算时间随结构规模线性增长，并验证了结合 GFN-FF 力场的实现方案在显著缩短耗时的同时，能达到与约束α碳优化相当的结构质量。