Biophysical fitness landscape design traps viral evolution
该研究提出了一种基于生物物理原理的“适应性景观设计”方法，通过算法优化抗体组合来定量重塑病毒适应性景观，从而在逃逸突变出现前主动抑制其进化路径，为前瞻性疫苗设计提供了新策略。
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biophysics
609 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
How Well Do Molecular Dynamics Force Fields Model Peptides? A Systematic Benchmark Across Diverse Folding Behaviors
本研究通过模拟十二种具有不同折叠行为的肽段，系统评估了十二种主流固定电荷力场的性能，揭示了当前力场在平衡无序与二级结构方面的局限性，并为肽段建模及未来力场开发提供了实践指导与基准框架。
Mass photometry reveals stoichiometry and binding dynamics of bispecific tetravalent anti-VEGF-PD-1 antibody ivonescimab
该研究利用质量光度法结合动力学建模，揭示了双特异性抗体 ivonescimab 在 VEGF 诱导下主要形成稳定的 2:2 二聚体复合物，并精确量化了其结合 VEGF 与 PD-1 的亲和力及结合动力学特征。
Intermittent attachments form three-dimensional cell aggregates with emergent fluid properties
该研究通过建立基于活性间歇粘附的最小化细胞模型，阐明了细胞如何从稀疏群体转变为具有表面张力等涌现流体特性的三维聚集体，并解释了其在癌症细胞去润湿、形态波动及集体趋化运动中的物理机制。
How Well Can AI and Physics-Based Simulations Predict the Probability a Cryptic Pocket Is Open?
该研究通过基准测试发现，尽管多种 AI 方法和物理模拟能准确预测突变对 Ebola VP35 和 TEM β-内酰胺酶隐口袋开放概率的相对影响，但在预测绝对开放概率（尤其是低于 1% 的稀有状态）时仍存在显著局限，表明当前技术虽有前景但仍需改进以实现稳健预测。
PLCβs are recruited to the plasma membrane in macrophages by both Gβγ and Gαq
该研究利用巨噬细胞模型，通过钙动员和超高分辨率显微成像技术证实，Gβγ和Gαq均能独立将PLCβ招募至细胞膜并激活其活性，从而更新了G蛋白调控PLCβ的机制模型。
Closed Kinematic Chain Biomechanics and Cycling: Linking Biomechanical Variables to Knee Joint Loading
该研究利用 OpenSim 对 16 名骑行者的闭链运动学数据进行分析，揭示了膝关节负荷与肌肉激活的显著个体差异，从而支持在骑行训练与康复中采用个性化策略。
A rugged binding landscape unifies static and dynamic paradigms in protein-protein interactions
该研究通过纳米抗体 - 抗原复合物模型揭示了蛋白质相互作用中存在“静态”与“动态”两种结合范式，指出局部能量景观的粗糙度（即局部挫折）决定了界面动力学特征，从而统一了仅靠晶体结构评分与需依赖分子动力学系综采样来预测结合亲和力的不同策略。
The cytoplasmic lattice in mammalian eggs sequesters ubiquitination machinery and tubulin in reserve
该研究利用冷冻电镜技术解析了哺乳动物卵细胞中细胞质晶格（CPL）的高分辨率原生结构，揭示了其作为母体效应蛋白、非活性泛素化酶系及 GTP 结合态微管蛋白的有序储备库，在调控泛素介导的蛋白降解和细胞骨架重塑以支持胚胎早期发育中的关键作用。
Domain-Specific Agonist Binding Affinities Explain Structural and Functional Regulation of TRPM2
该研究通过定量测定结合亲和力与功能分析，揭示了 TRPM2 通道的激活主要由 MHR1/2 结构域对 ADPR 的高亲和力结合驱动，而 NUDT9H 结构域则主要起维持通道结构完整性的作用。