biophysics 篇论文 | Gist.Science

生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。

Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。

以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。

该研究表明，食用色素酒石黄（Tartrazine）能够在高达 1.41 的折射率及高渗透压条件下有效清除活体哺乳动物细胞并维持其短期存活，从而克服了现有活体组织透明化技术在折射率优化和细胞毒性方面的局限。

这项研究通过对大规模纵向健康队列的分析，证实了基于傅里叶变换红外光谱的血清分子图谱具有高度的个体特异性和时间稳定性，且其信息含量优于常规临床检测指标，两者结合能显著提升个体识别能力，从而为个性化医疗中的多模态数据整合提供了基于信息理论的新框架。

该研究通过引入“通量驱动分子动力学”（FD-MD）模拟框架，揭示了生物分子凝聚体界面如何通过降低取向熵成本、结合序列编码的刚性特征以及非平衡分子通量，显著促进淀粉样蛋白的成核并调控其生长形态与老化轨迹。

该研究利用溶液核磁共振技术揭示了人类 TSPO 蛋白的构象动态特征，发现疾病相关 A14V 突变通过引入短程接触和重分布骨架动力学，在保持整体折叠的同时局部稳定了 N 端跨膜螺旋，从而调节其与 VDAC 相互作用界面的动态特性。

该研究利用 AI 辅助对接技术揭示了黄原胶糖基转移酶 GumK 的供体底物选择性取决于其结合口袋的构象状态（开放或闭合），表明底物特异性源于底物化学性质与结合位点可塑性之间的相互作用，而非单一的刚性结合模式。

本研究利用 FragLite 技术绘制了 Cyclin T2 的配体结合图谱，不仅验证了已知结合位点，还结合生物物理分析与 AlphaFold3 建模成功鉴定并解析了此前未知的 BRD4 招募位点，为开发靶向 P-TEFb 的选择性调节剂提供了关键结构基础。

该研究通过结合高分辨率先验结构与二维模板匹配技术，显著提升了小分子量（<50 kDa）复合物（如 43 kDa 蛋白激酶）的冷冻电镜重构质量，为解析药物结合复合物提供了新途径。

本文介绍了一种名为 RNASCAPE 的深度学习框架，它仅需三个时间点的 EGFP 表达数据和四个 LNP 参数即可准确量化 mRNA 的胞质逃逸效率，从而克服了现有方法的局限性并推动了核酸治疗递送系统的理性设计。

该研究通过整合分子动力学模拟产生的结构、能量及接触描述符与机器学习算法，成功构建了预测 KRAS 突变（如 G12C/Y96 系列）诱导药物耐药性的计算框架，揭示了溶剂可及表面积变异性等构象与溶剂暴露变化是耐药性的关键驱动因素。

本文开发了首个兼容 MARTINI 3 框架的聚肽（polypeptoid）粗粒度力场，通过结合全原子参考模拟与直接玻尔兹曼反演方法，实现了对 19 种常见残基的高效、准确建模，并集成至 martinize2 工具中以促进聚肽材料的大尺度模拟与理性设计。