Characterizing the Conformational Dynamics of an Intrinsically Disordered Localization Sequence
该研究通过实验与增强采样模拟相结合，揭示了线粒体定位肽中单个氨基酸残基的替换虽不改变其整体无序状态，却能微妙地重塑局部构象偏好并影响自由能景观，从而为理解序列变异如何调节靶向效率提供了新见解。
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biophysics
301 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
Dissecting Gap Junctional and Ephaptic Contributions to Electrical Conduction in a Novel Cardiomyocyte Pair Model
该研究通过建立新型单细胞配对模型并结合计算模拟，证实了心脏细胞间电传导中缝隙连接电流与基于纳米级间隙的突触旁（ephaptic）机制的相对贡献随细胞外钠离子浓度变化而动态转换，揭示了钠通道富集的闰盘结构在生理条件下通过电场耦合支持细胞间激活的关键作用。
Conformational Variability of HIV-1 Env Trimer and Viral Vulnerability
本研究通过构建全原子分子动力学模拟模型，揭示了 HIV-1 Env 三聚体在完整膜环境中呈现出“胞外域刚性稳定而 MPER 区域固有柔性”的构象特征，阐明了跨膜区关键残基 R696 对膜环境的扰动作用，并展示了如何利用模拟轨迹评估抗体表位的可及性，从而深化了对病毒融合机制及疫苗靶点设计的理解。
Validating folding energy estimates as a method for variant interpretation
该研究通过大规模实验数据与自动化 FoldX 流程的系统分析，证明了尽管折叠能量预测的绝对相关性有限，但通过聚合多结构估算并识别异常残基，可有效提升预测精度并识别低置信度变异，从而为利用 FoldX 进行变异解读提供了可靠框架。
Social Information Quality and Environmental Volatility Shape Collective Foraging Behavior
该研究通过多智能体强化学习模型发现，社会信息的质量与环境波动性共同决定了集体觅食行为：低质量信息仅在稳定环境中有效，而高质量信息则能促使个体根据环境变化灵活调整策略，从而形成多样化的集体行为模式。
Robust ciliary flows protect early Xenopus embryos from pathogens independent of multiciliated cell patterning
该研究通过实验与计算模拟发现，早期 Xenopus 胚胎表面的纤毛流能形成稳健的液体屏障以有效清除病原体，且这种保护功能主要取决于纤毛的整体流速，对多纤毛细胞的密度和空间分布变化具有高度鲁棒性。
G-screen: Scalable Receptor-Aware Virtual Screening through Flexible Ligand Alignment
本文提出了一种名为 G-screen 的可扩展受体感知虚拟筛选框架，该框架通过灵活的全局配体对齐算法结合受体感知药效团评估，在保持毫秒级单分子处理速度的同时，成功兼顾了配体基础方法的效率与基于受体结构的相互作用建模能力，从而实现了在超大规模化学库筛选中兼具高计算效率与优异富集性能的目标。
A framework for testing structural hypotheses of protein dynamics against experimental HDX-MS data
该论文提出了名为 ValDX 的验证框架，通过引入“做功”（Work Done）等新颖指标和不确定性量化方法，解决了利用氢氘交换质谱（HDX-MS）数据推断蛋白质结构系综时缺乏严格验证的难题，从而将蛋白质动力学研究转化为可定量检验的结构假设问题。
A simple method for computationally unstructuring proteins: some findings
该论文介绍了一种蛋白质计算去折叠方法，并发现其效果受折叠拓扑结构影响，其中α螺旋结构较为稳定，去折叠通常始于暴露的链末端，且拓扑结构不同的同工酶（如磷酸果糖激酶-1 和 -2）表现出显著差异。
Quantifying the effects of cell death and agar density on yeast colony biofilms using an extensional-flow mathematical model
该研究结合实验、数学建模与参数估计，证实了琼脂浓度增加会提高酵母菌落生物膜的底物粘附力并降低营养摄取，从而显著影响其生长形态。