Simulating Neutron Protein Crystallography Experiments: Applications to the Development of the NMX Instrument at ESS
本文利用 McStas 软件对欧洲散裂源 NMX 仪器进行了中子蛋白质晶体学实验的蒙特卡洛射线追踪模拟，通过引入射线分裂技术和新型加权储层采样方法，并结合 DIALS 处理流程，有效提升了事件生成效率并评估了空气与光束阻挡器散射对模拟数据的影响。
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biophysics
609 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
The limits of scaling in aggregation-driven patterning of cell collectives
该研究结合实验与连续介质模型，揭示了细胞聚集驱动的从头模式形成受发育时间限制，表明小系统能实现快速稳健的尺度缩放，而大系统因粗化动力学延迟导致缩放能力受限，从而确立了聚集驱动模式形成中的发育时间与系统尺寸之间的权衡关系。
Neurofilament Light Disordered Tail Mutations Reshape Its Self-Assembled Network Structure
该研究结合小角 X 射线散射、显微成像及深度学习构象分析，揭示了神经丝轻链（NFL）无序尾部突变通过诱导病理性的水凝胶致密化、破坏丝状向列序并改变水合动力学，从而重塑其自组装网络结构并导致神经元完整性受损的分子机制。
Analysis of motor-based transport in primary cilia by dynamic mode decomposition of live-cell imaging data
该研究结合活细胞成像与动态模式分解（DMD）分析技术，揭示了 KIF13B 马达蛋白在初级纤毛中的定位特征，并发现其缺失虽不影响稳态纤毛内运输（IFT），但在抑制逆向运输时会特异性地阻止 IFT 速度的下降，从而阐明了 KIF13B 在调节纤毛运输中的独特作用。
MartiniSurf: Automated Simulations of Surface-Immobilized Biomolecular Systems with Martini
本文介绍了 MartiniSurf，这是一个开源命令行框架，旨在通过自动化构建、粗粒化建模及灵活的锚定策略，简化基于 Martini 力场的表面固定化生物分子（如蛋白质和 DNA）体系的模拟准备工作，从而推动对表面固定化策略的理性设计与高通量研究。
Topology-aware multiscale modeling of viral genomes reveals stability determinants in circoviruses
该研究通过结合 AI 结构预测、晶格蒙特卡洛模拟及多尺度分子动力学，构建了猪圆环病毒 2 型（PCV2）的三维拓扑模型，揭示了尽管病毒颗粒外部形态一致，但其内部基因组的不同排列方式会导致显著的内部应力分布差异及稳定性变化，从而阐明了病毒稳定性与感染性的关键决定因素。
Protein Electrostatic Properties are Finetuned Through Evolution
该研究提出了基于蛋白质语言模型的 KaML-ESMs 神经网络，通过合成数据增强显著提升了蛋白质 pKa 预测精度并超越传统结构方法，揭示了蛋白质静电性质在进化过程中被编码于序列中的新范式，为生物探索、药物设计及蛋白质工程提供了端到端平台。
Why structural divergence varies among residues in enzyme evolution: contributions of mutation, stability, and activity constraints
该研究通过结合突变 - 稳定性 - 活性（MSA）模型与线性强制弹性网络模型，分析了 34 个酶家族，揭示了酶进化中残基结构差异的分布模式是由突变、稳定性及活性约束共同塑造的，且不同酶家族中这三者的相对贡献存在显著差异，表明结构差异谱不仅编码了酶的结构信息，还反映了其特定的选择压力。
Pattern dynamics on mass-conserved reaction-diffusion compartment model
本文通过引入基于多区间和边界扩散耦合的反应 - 扩散隔室模型，推导并分析了描述质量守恒系统中条纹图案演化的常微分方程，揭示了图案通量驱动的瞬态动力学机制，并发现通过调节参数可稳定原系统中无法存在的条纹图案。
A shared rephasing compass reveals structured local mismatch placement during hyperthermal sarcomeric oscillations
该研究通过构建共享重相位罗盘，揭示了超热肌节振荡中局部失配并非随机分布，而是呈现出沿肌节链边缘偏置的有序结构，表明相邻肌节共享一种可被局部失配位置所表征的重相位顺序。