Experimental Data Driven AI Framework for Flexible Protein Conformational Reconstruction
本文提出了名为 AlphaSAXS 的端到端框架，通过将小角 X 射线散射（SAXS）实验数据直接整合到 AlphaFold 架构中，实现了对蛋白质动态构象集合的实验引导式重建，有效解决了仅依赖序列的模型在捕捉特定构象状态和异质性方面的局限性。
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biophysics
609 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
Advanced Optical Microscopy Reveals Spatio-Temporal Dynamics of Cervix Remodeling during Gestation
该研究利用偏振分辨二次谐波生成显微镜揭示了小鼠妊娠期宫颈胶原重塑的时空动态，发现胶原无序化始于妊娠第 12 天的宫颈下部并逐渐扩展至整个宫颈，同时证实了临床可部署的穆勒矩阵成像技术也能有效追踪这一过程，从而为早产等妊娠相关问题的诊断提供了新见解。
A light-weight, data-driven segmentation method for multi-state Brownian trajectories
本文提出了一种基于优化高斯滤波与高斯混合模型自动拟合的轻量级数据驱动方法，用于准确分割多态布朗轨迹并估算扩散系数，该方法在合成与实验数据中均表现出高精度，且相比深度学习或隐马尔可夫模型具有显著更低的计算负载，适用于单粒子轨迹的实时处理。
Wnt signaling modulates tissue mechanics, actin order, and regeneration in Hydra vulgaris
该研究通过药理学调控水螅的 Wnt 信号通路，揭示了 Wnt 激活会抑制再生、软化组织并破坏肌动蛋白的取向有序性，而 Wnt 抑制则部分阻碍再生并减少肌动蛋白含量但保留其排列，从而证实 Wnt 信号通过调节组织力学和细胞骨架有序性在水螅体轴模式形成中发挥关键作用。
Protein Diffusion Models as Statistical Potentials
该论文提出了名为 ProteinEBM 的能量基模型，旨在解决蛋白质结构预测中缺乏进化信息、构象景观建模及突变热力学等挑战，并在结构评估、突变效应预测、构象采样及折叠模拟等任务中展现出媲美或超越现有方法的性能。
Nearest Neighbour Interactions between Amino Acid Residues in Short Peptides and Coil Libraries
本文通过对比 GXYG 短肽与 Ting 等人卷曲库中 XY 二聚体的 Ramachandran 图，发现两者存在显著差异，表明仅依赖卷曲库可能不足以准确描述内在无序蛋白及其区域的统计卷曲特征。
Compositional memory matters for early molecular systems
该研究通过构建包含分子复制子与寄生虫共进化及具有部分混合特性的瞬态区室化动力学框架，并结合实验验证，揭示了在生命起源早期系统中，能够积累成分记忆的瞬态区室化机制对于避免错误灾难和维持系统稳定演化的关键作用。
Impact of music on running fatigue: Distraction effect from lyrics could further delay running fatigue compared to synchronous effect from tempo
该研究表明，在匹配跑步节奏的视觉节拍基础上，加入具有激励性的歌词内容能进一步降低躯干加速度波动，从而比单纯依靠节奏同步更有效地延缓跑步疲劳。
Open Blink: Low-cost TIRF microscopy for super-resolutionimaging via μManager
本文介绍了名为 Open Blink 的紧凑型开源 TIRF 显微镜，它利用现成组件和μManager 软件实现了低成本（约 7 万欧元）、高稳定性及高精度的多色超分辨率成像，显著降低了单分子定位显微镜的技术门槛与使用成本。
Three Dimensional Dynamics of Epithelial Monolayers
该研究通过结合定量相位成像与三维折射率层析技术，首次系统揭示了上皮单层在集体迁移中高度、体积及干质量的三维动态变化，发现细胞干质量密度受严格调控且细胞体积变化主要由面积而非高度主导，从而推翻了传统“2.5 维”模型中关于体积守恒和棱柱状几何的假设，强调了在组织动力学模型中纳入干质量调控与三维细胞形态的重要性。