biophysics 篇论文 | Gist.Science

生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。

Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。

以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。

本文引入了一种基于马尔可夫状态模型（Markov State Model）的框架，该框架通过动态的“结合路径”而非静态口袋来表征小分子与无序蛋白质的相互作用，从而阐明识别机制并识别具有药物开发价值的区域，以促进针对此前难以成药靶点的药物研发。

本文介绍了 ST-Analyzer，这是一个免费、跨平台且开源的工具，它通过连接命令行和图形界面，为专家和非专家简化了高性能计算模拟轨迹的可重复性分析。

本文介绍了 CTMD，这是一种快速、基于物理且开源的元动力学协议，它利用可逆功估计量 c(t) 在虚拟筛选中实现稳健的早期富集，有效地填补了近似对接/人工智能方法与昂贵的自由能计算之间的空白，同时避免了近期人工智能共折叠方法中所观察到的记忆伪影和训练集偏差。

该论文介绍了 cisTEM 软件中的一项新功能“Unbend”，它利用 3D 三次样条模型来校正冷冻电镜图像中局部的束流诱导样品运动，在显著提高不同类型标本的颗粒检测率和信噪比的同时，引入了极小的额外畸变。

本研究通过提供来自罗氏罗氏菌（*Comamonas testosteroni*）的环置群 II 内含子的生化数据和高分辨率冷冻电镜结构，阐明了从分支途径到水解剪接途径的机制转换，揭示了使环状 RNA 产生成为可能的活性位点重排，并为治疗性工程设计提供了新策略。

本文揭示了 PETase 酶通过其活性位点的局部环境实现了酯水解的酸碱协同催化，该环境利用质子穿梭进行亲核试剂生成，并利用氢键进行过渡态稳定，从而为增强其塑料降解反应活性提供了特定的蛋白质工程策略。

本文介绍了在 Diamond Light Source 的 VMXi 光束线上进行的原型实验，这些实验证明了将液滴点滴式带驱动样品输送技术与 X 射线发射光谱学（XES）相结合，用于在第三代同步辐射光源上进行时间分辨序列晶体学研究的可行性，而该方法此前仅限于 X 射线自由电子激光器（XFEL）。

本文介绍了一种改进的“扩展相位映射”方法，该方法能够显式地检测并解释由传导阻滞或解剖边界引起的相位缺陷，从而消除误报，并在模拟、实验及临床数据集中，为心律失常中旋转驱动源提供更可靠且符合生理一致性的表征。

通过广泛的模拟和先进的分析，本研究表明，Aβ42 与 Aβ40 之间不同的聚集倾向是在单体层面通过 Aβ42 更高的 β 结构倾向、更延展的构象以及更大的疏水暴露（特别是在 C 端区域）而被编码的。

本研究利用对分离脂滴进行的无标记拉曼光谱技术，揭示了在接受大麻二酚处理、电离辐射及其联合治疗后，正常施万细胞与恶性恶性外周神经鞘瘤（MPNST）细胞之间截然不同的、具有治疗特异性的代谢重塑与脂质异质性，从而为研究脂质介导的放射增敏机制建立了一个全新的平台。