Self-induced Dimensional Reduction and Scaling Transition of mRNA in Polysomes: A Multiscale Simulation Study
本研究通过大规模分子动力学模拟发现，高密度核糖体产生的排除体积效应促使 mRNA 链的标度指数从 0.59 显著增至约 0.7，从而在生物相关尺度上诱导其从三维无规线团发生自发的降维转变，形成准二维拉伸构象，揭示了核糖体几何拥挤是构建高级多聚核糖体结构的物理基础。
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biophysics
613 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
Mathematical Modeling of AA Amyloidosis: Coupling SAA-HDL Binding Dynamics with Path-Dependent Renal Aging
本研究构建了一个将 SAA-HDL 结合动力学与肾脏淀粉样变聚集动力学相结合的数学模型，通过量化 AA 寡聚体介导的累积细胞毒性，揭示了肾脏生物年龄不仅取决于当前疾病状态，更由患者既往炎症轨迹决定的“路径依赖性”特征。
Volume regulation of cancer cells during osmotic pressure variation
该研究通过实验与理论模型揭示，癌细胞在低渗冲击下表现出比正常细胞更缓慢的体积和牵引力恢复特性，这一差异由肌动蛋白皮层张力、肌球蛋白介导的收缩力及基质刚度共同调控，为理解癌症机制及开发新疗法提供了力学框架。
Transient cytoskeletal anisotropy encodes short-term mechanical memory
该研究揭示胶质母细胞瘤细胞通过负载诱导的肌动蛋白与波形蛋白细胞骨架各向异性重组，编码了能够短暂偏置后续力学响应的短期机械记忆，从而为癌细胞适应复杂微环境中的固体应力波动提供了结构基础。
3D-MINSTED nanoscopy and protein tracking in densely labelled living cells
该研究介绍了一种用于活细胞三维追踪的 3D-MINSTED 纳米显微镜技术，其定位精度优于 1 纳米，能够在高密度标记的拥挤细胞环境中成功追踪单个驱动蛋白-1 沿微管进行的 16 纳米步进运动。
A DNA deliverer-receiver mechanism for DNA recruitment in phase-separated transcriptional condensates
该研究通过大规模分子动力学模拟揭示，Nanog、Oct4 和 Sox2 在 DNA 存在下通过非加性的协同作用形成具有特定空间组织的转录凝聚体，其中 Nanog 和 Sox2 作为“递送者”促进 DNA 富集，而 Oct4 作为“接收者”在 DNA 富集的间质区域发挥功能，从而提出了一种超越经典转录因子-DNA 结合的新型基因表达调控机制。
A novel lipid-triggered allosteric site modulates LC3-LIR receptor binding activity
该研究揭示了一个由脂质结合触发的 LC3 变构位点，其通过诱导构象转变暴露功能口袋，从而调控自噬受体结合活性，并通过理性设计突变体证实了该机制对自噬调控的关键作用。
Early nascent polypeptide dynamics are coupled to the flexibility of the ribosomal tunnel constriction
该研究通过整合晶体结构分析与分子动力学模拟，揭示了大肠杆菌核糖体出口通道狭窄处具有动态构象变化特性，能根据新生肽链的存在发生适应性扩张，从而取代了以往将其视为静态结构的观点。
Saxiphilin is a broad-spectrum toxin sponge for C13-modified saxitoxins
该研究揭示了美洲牛蛙和喜马拉雅蟾蜍的 saxiphilin 蛋白能够作为广谱“毒素海绵”结合多种 C13 修饰的河豚毒素，并通过高分辨率晶体结构阐明了其依赖局部微环境的两种结合模式，展现了该蛋白对化学多样性毒素的卓越适应性及毒素构象的可塑性。
Structure and conformational dynamics of the Pseudomonas CbrA transceptor
该研究通过冷冻电镜技术解析了假单胞菌碳氮代谢关键调控因子 CbrA 的复合物结构，揭示了其作为“转运受体”识别组氨酸的分子机制、CbrX 肽段的稳定结合作用以及质子梯度驱动的构象变化，从而阐明了膜运输与下游信号传导偶联的结构基础。