biophysics 篇论文 | Gist.Science

生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。

Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。

以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。

本研究建立了一种在脂质模型膜中重组人源豆蔻酰化 GRASP65 和 GRASP55 的方案，揭示了这些蛋白通过其无序 SPR 结构域影响膜动力学的机制，从而填补了以往文献中对其脂质修饰作用的忽视。

该研究表明，染色质边界的功能并非仅由 CTCF 的占位情况决定，而是通过其 DNA 结合锌指结构域产生的动态构象系综（conformational ensemble）来概率性地调控 cohesin 的捕获。

本文介绍了美国国家同步辐射光源II（NSLS-II）生命科学X射线散射（LiX）光束线的最新方法学进展，该光束线通过高通量和半自动化的技术，为肌肉组织（包括人类及多种动物模型）的肌节蛋白研究及相关疾病分析提供高效的衍射实验支持。

本文提出了一种名为 DynMoCo 的新型深度学习框架，通过将分子动力学模拟建模为随时间演化的图，利用图卷积网络与循环模型的结合，实现对蛋白质动态社区（即协同运动的模块化子结构）的端到端检测与演化追踪，从而为理解复杂生物大分子的动态功能机制提供了一种可解释的新方法。

本文引入了一种基于马尔可夫状态模型（Markov State Model）的框架，该框架通过动态的“结合路径”而非静态口袋来表征小分子与无序蛋白质的相互作用，从而阐明识别机制并识别具有药物开发价值的区域，以促进针对此前难以成药靶点的药物研发。

本文介绍了 ST-Analyzer，这是一个免费、跨平台且开源的工具，它通过连接命令行和图形界面，为专家和非专家简化了高性能计算模拟轨迹的可重复性分析。

本文介绍了 CTMD，这是一种快速、基于物理且开源的元动力学协议，它利用可逆功估计量 c(t) 在虚拟筛选中实现稳健的早期富集，有效地填补了近似对接/人工智能方法与昂贵的自由能计算之间的空白，同时避免了近期人工智能共折叠方法中所观察到的记忆伪影和训练集偏差。

该论文介绍了 cisTEM 软件中的一项新功能“Unbend”，它利用 3D 三次样条模型来校正冷冻电镜图像中局部的束流诱导样品运动，在显著提高不同类型标本的颗粒检测率和信噪比的同时，引入了极小的额外畸变。

本研究通过提供来自罗氏罗氏菌（*Comamonas testosteroni*）的环置群 II 内含子的生化数据和高分辨率冷冻电镜结构，阐明了从分支途径到水解剪接途径的机制转换，揭示了使环状 RNA 产生成为可能的活性位点重排，并为治疗性工程设计提供了新策略。

本文揭示了 PETase 酶通过其活性位点的局部环境实现了酯水解的酸碱协同催化，该环境利用质子穿梭进行亲核试剂生成，并利用氢键进行过渡态稳定，从而为增强其塑料降解反应活性提供了特定的蛋白质工程策略。