Divide and Cluster: The DIVINE Framework for Deterministic Top-Down Analysis of Molecular Dynamics Trajectories
本文介绍了 DIVINE 框架，这是一种用于分子动力学轨迹的确定性自上而下聚类方法，它通过递归分裂避免计算全量距离矩阵，在提升计算效率与可重复性的同时，实现了与二分 K-means 相当甚至更优的聚类质量。
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biophysics
613 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
The Kinetic Intron Hypothesis
本文提出了“动力学内含子假说”，旨在通过研究内含子 RNA 的合成与降解动力学及其在细胞分裂中作为核苷酸资源库的潜在作用，来解释真核生物基因组中内含子长度巨大的现象。
A Modular Framework for Automated Segmentation and Analysis of AFM Imaging of Chromatin Organization
本文介绍了 DNAsight 这一模块化自动化分析框架，它通过整合机器学习分割与碱基对校准的量化方法，将原子力显微镜（AFM）成像转化为可重复的生物学指标，从而揭示了染色质在纳米尺度上的空间组织规律及多种相关蛋白的调控机制。
Kinetic hierarchy of Kai protein complex formation governs the cyanobacterial circadian oscillator
该研究通过整合分析超离心与小角散射技术，定量揭示了蓝细菌生物钟振荡器中 Kai 蛋白复合物形成的动力学层级机制，即快速且分级的 AC 交换、缓慢且具有状态选择性的 BC 形成，以及快速的 KaiA 重新分配共同调控了振荡循环。
Directional co-transcriptional folding and pausing create kinetic checkpoints for riboswitch-controlled gene expression
该研究利用单分子荧光显微镜揭示，GlyQS T 盒核糖开关通过方向性共转录折叠和转录暂停机制，动态捕获未负载 tRNA 并稳定复合物，从而建立将瞬时相互作用转化为确定性基因调控决策的动能检查点。
Architecture of the Gβγ-prefusion SNARE complex reveals the molecular mechanism of inhibition of vesicle fusion
该研究通过冷冻电镜解析了 Gβγ 与融合前 SNARE 复合物的结构，揭示了 Gβγ 通过结合 SNARE 复合物 C 端并阻碍 v-SNARE 完全组装，从而在分子层面抑制突触囊泡融合的机制。
ATP-independent unfolding of ubiquitin by Ufd1 initiates Cdc48/p97-mediated substrate processing
该研究揭示了 Ufd1 的 UT3 结构域通过同时结合两个 K48 连接的多聚泛素链，以不依赖 ATP 的方式展开其中一个泛素分子，从而启动 Cdc48/p97 对底物的加工过程。
Structural Insights into Biased Signaling at Chemokine Receptor CCR7
该研究通过冷冻电镜结构和分子动力学模拟揭示了 CCR7 受体与 CCL19 和 CCL21 结合时因配体结合构象差异导致胞内动态行为不同，从而阐明了 CCR7 偏向性信号转导的结构基础。
Prediction of biomolecule kinetics using physics-based Brownian dynamics to data-driven machine learning methods
本文综述了基于物理的布朗动力学模拟在预测生物分子（特别是酶 - 底物）结合动力学中的应用，探讨了其与数据驱动机器学习方法的结合，并提出了利用布朗动力学作为桥梁连接分子尺度模型与细胞尺度连续描述的多尺度研究路径。
Liquid-liquid phase separation of tau regulates client binding via a conformational relay
该研究结合多种实验与计算方法，揭示了tau蛋白在液 - 液相分离过程中通过静电驱动的构象压缩和瞬态寡聚化，特异性增强与BRICHOS的结合并竞争抑制其与微管蛋白的相互作用，从而阐明了相分离如何通过构象中继调控IDP的客户蛋白结合偏好。