Estimation of Absolute Protein-DNA Binding Free Energy using Streamlined Geometric Formalism
该研究利用简化的几何形式，以适中的计算成本实现了三种蛋白质 -DNA 复合物绝对结合自由能的高精度计算，并分析了其中的氢键、静电、范德华力及疏水相互作用。
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biophysics
613 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
Self-consistent automatic retrieval of single cell rotation enables highly reliable holo-tomographic flow cytometry
该研究提出了一种基于迭代重投影优化的自洽自动方法，用于精确获取流动单细胞的旋转角度，从而显著提升了全息层析流式细胞术的自动化水平、重建精度及可扩展性。
A Dynamic NMR Lineshape Simulation Framework for Lipid Diffusion and Membrane Thinning in Bicelles and Nanodiscs
本文提出了一种综合理论框架，通过模拟脂质扩散、取向分布及膜变薄等耦合效应，实现了对双分子层盘和纳米盘中各向异性 NMR 谱线的精确动态模拟，从而为定量解析膜结构、动力学及生物分子相互作用提供了统一的物理基础。
Decoding the Allosteric Paradox: A Dual Framework Integrating AI Cofolding Models with Landscape-Guided Interpretable AI Framework of Ligand-Protein Binding
本研究提出了一种结合 AI 共折叠模型与能量景观引导的可解释性框架，揭示了现有 AI 模型在预测变构结合时普遍失效的根本原因在于变构位点缺乏像正构位点那样的主导能量漏斗和局部挫折淬灭机制，从而将 AI 的预测盲点转化为对变构调控生物物理约束的深刻洞察。
Counteraction of HMGB1 at ss-dsDNA junctions maintains liquidity of protamine-DNA co-condensates
该研究通过单分子实验证实，HMGB1 蛋白利用其酸性 C 端尾部结合在单双链 DNA 交界处，通过阻止精蛋白诱导的 DNA 缠结并维持其液滴状液态，从而确保精子核内 DNA 修复机器的有效招募以恢复双链结构。
Exploring Conformational Transitions of RNA Dimers via Machine Learning Potentials
本研究利用基于 MACE 架构的机器学习势函数，结合量子力学数据对腺嘌呤二核苷酸（ApA）二聚体进行了参数化，成功克服了传统力场的局限性，实现了对 RNA 构象转变（如碱基堆积和糖环褶皱）更准确且广泛的采样。
The influence of cell morphology on the dynamics and stability of model bacterial communities
该研究通过模拟与数学建模发现，细菌的细胞形态（如球菌与杆菌）通过机械相互作用显著影响双种群在受限微通道中的竞争动态与群落稳定性，其中球菌更具入侵优势，而杆菌则倾向于形成稳定的共存状态。
Rational design of disordered proteins for systematic sequence-to-function investigation
该研究提出了名为 GOOSE 的综合计算框架，实现了无序蛋白区域的理性设计，通过高通量筛选揭示了序列 - 系综 - 功能关系，并成功设计出能响应细胞体积变化、组装特定客户蛋白及抗脱水的功能性无序蛋白。
A Cryptic Binding Pocket Regulates the Metal-Dependent Activity of Cas9
该研究通过分子模拟、生化及核磁共振实验，发现位于 HNH-RuvC 界面处的动态二价金属结合口袋（DBP）是调控 Cas9 金属依赖性活性的关键，其结合 Mg²⁺、Ca²⁺或 Co²⁺可激活 HNH 结构域并促进 Cas9 的构象激活与催化功能，从而为优化不同细胞环境下的基因编辑效率提供了重要依据。
CryoWriter: A Robotic Solution for Improved Cryo-EM Grid Preparation
本文介绍了一种名为 CryoWriter 的无 blotting 微流控机器人，它通过毛细管书写技术实现了从微量样品制备高质量冷冻电镜网格，不仅获得了近原子分辨率结构，还通过可编程沉积模式有效解决了取向偏好问题并支持原位生化反应。