The Portal Project: a long-term study of a Chihuahuan desert ecosystem
这篇数据论文介绍了位于美国亚利桑那州东南部的“门户项目”（Portal Project）——一项针对啮齿动物、植物和蚂蚁的长期奇瓦瓦沙漠生态系统研究，概述了研究方法、数据结构及其相互关系，并指出该论文为动态更新文档，所有数据及相关协议均存档于指定 DOI 链接。
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ecology
403 篇论文
Mosquito population dynamics are shaped by interactions among larval density, temperature, and humidity
该研究通过在雅典进行的半野外实验表明，忽略幼虫密度与温度、湿度等微气候因子之间的交互作用，会降低预测蚊媒种群动态及疾病传播模型的准确性，而基于微气候变量的模型能更精准地解释亚洲虎蚊的种群特征。
Co-limitation by stable, dynamic and directional habitat features shapes climate vulnerability in an alpine specialist
该研究通过结合静态悬崖、动态积雪和长期植被演替三种时间尺度的栖息地限制因素，揭示了内华达山脉灰冠红嘴雀种群密度对气候变化的脆弱性及其监测框架。
Drone Survey Reveals a Severe Chinstrap Penguin Decline and a Novel Gentoo Colony in an Antarctic Specially Protected Area
该研究利用无人机在纳尔逊岛南极特别保护区开展调查，揭示了哈莫尼角地区帽带企鹅种群自 20 世纪 90 年代以来锐减 57%，而巴布亚企鹅数量稳定并发现一新的大型繁殖地，同时南极鸬鹚数量显著增加，为评估南极环境变化对海鸟群落的影响提供了关键基线数据。
WildAlert: A Real-Time, AI-Driven Early Warning System for Wildlife Health and Ecological Threat Detection
本文介绍了 WildAlert，这是一个基于人工智能的实时早期预警系统，它通过整合自然语言处理与异常检测技术，将野生动物康复临床数据转化为可操作情报，从而在多种疾病爆发和环境威胁被确认前实现跨物种、跨区域的快速监测与预警。
Contrasting patterns of seascape genetics in Acropora cf. tenuis and their symbiotic algae.
该研究通过对菲律宾中部珊瑚礁的密集采样发现，造礁珊瑚*Acropora cf. tenuis*与其共生藻类（*Cladocopium*属）呈现出截然不同的遗传格局：珊瑚表现出长距离扩散特征，而共生藻则显示出受纬度和深度影响的精细尺度遗传结构，这种差异可能有助于宿主获取适应当地环境的共生藻。
Vertical Variation of the Caterpillar Community in Oak (Quercus robur) Canopies
该研究通过对英国威瑟姆林地 34 棵成熟夏栎树冠层连续三年的直接采样发现，毛毛虫群落并未表现出一致的垂直分层模式，而是主要受年际变化和单株树木差异的驱动，且地面监测方法（特别是粪尿陷阱）与树冠群落的相关性存在显著差异，表明整合针对性树冠采样与可扩展的地面代理指标对于提升林生鳞翅目昆虫监测及理解森林生态韧性至关重要。
Ecology of metagenomes: incorporating genotype-to-phenotype maps into ecological models
该研究通过将线性基因型 - 表型映射纳入经典生态模型（如广义 Lotka-Volterra 模型），构建了“宏基因组生态学”框架，揭示了基因间的生态相互作用如何导致“宏基因组搭车”现象并促进同种菌株的稳定共存，从而为理解微生物生态系统提供了新的理论视角。
Nitrogen fertilization outweighs plant species loss in shaping bacterial belowground diversity in an alpine meadow on the central Tibetan Plateau
在青藏高原高寒草甸中，为期七年的实验表明，尿素施肥引起的土壤酸化对土壤细菌多样性的负面影响超过了植物物种丧失的作用。
Ecological predictability emerges at the population level in phytoplankton communities
该研究通过海洋浮游植物实验表明，尽管群落动态可基于单种或双种培养测得的人口学参数进行准确预测，但这些参数无法通过细胞大小等简单性状推导，从而证明生态可预测性在种群水平涌现，而非更基础的性状水平。
Humans as predator of the biosphere: technological modulation of consumer/resource dynamics and its implications for sustainability
该研究通过构建人类作为消费者与生物圈作为资源的生态模型，结合百余年数据发现，尽管当前人类 - 生物圈系统处于稳定振荡状态，但技术对承载力和消耗率的调制正推动系统向不可持续的消耗轨迹演变，若不及时调整技术与增长及消耗的关系，将面临生物圈枯竭及人口崩溃的风险。
Exploring Warming Effects on lower food-web dynamics in the plankton of the River Elbe Estuarine Ecosystem in summer: Insights from a Mesocosm Experiment
该研究通过易北河河口夏季浮游生物的室内中宇宙实验发现，尽管升温对群落结构有细微影响，但浮游生物群落动态主要受中后生动物对低营养级的强顶向下控制、营养盐再矿化及氧气变化等生物相互作用和环境因素的驱动，而非升温单独作用。
Behavioural plasticity at the spatial-social interface: Predation risk modulates density-dependent breeding dispersion
该研究利用北方凤头麦鸡的长期监测数据发现，其繁殖空间分布并非由被动栖息地过滤决定，而是受捕食风险调节的密度依赖性行为可塑性主导：低捕食风险下个体随密度增加而扩散以缓解竞争，高捕食风险下则在高密度时聚集以进行集体防御、低密度时扩散以降低巢穴被发现概率，且暖冬通过迫使个体进入受限微生境加剧了空间聚集，表明松散社会性物种的空间策略具有高度情境依赖性，这对理解气候变化下阿利效应及种群存续至关重要。
Topography structures of arthropod communities revealed by leaf-derived environmental DNA on Oahu, Hawaii
该研究利用叶片来源的环境 DNA 结合 NIClassify 分类器，揭示了夏威夷欧胡岛节肢动物群落随海拔升高而呈现原生种增加、外来种减少的分布格局，并阐明了山脊地形对群落结构的驱动作用及植物物种效应的背景依赖性。
Assessment of Leaf-Litter Invertebrate Biodiversity Using High Throughput Sequencing
该研究通过比较不同 DNA 提取方案，证实了基于高通量测序的 DNA 宏条形码技术能有效克服传统形态学鉴定的局限，为温带森林与田野交错带的叶落层无脊椎动物生物多样性评估提供了一种高效、经济且准确的替代方法。
Exposure to herbivore-induced plant volatiles directly induces jasmonic acid and primes chemical defences in cotton plants
该研究揭示棉花通过暴露于植食性昆虫诱导的植物挥发物（HIPVs）直接提升茉莉酸水平以启动防御，并在此“ priming"（激发）状态下，当遭受不同食性叶虫侵害时能迅速大量合成有毒萜类化合物并释放挥发性倍半萜，从而阐明了一种兼具诱导与激发机制的通用植物通讯策略。
Population collapse of the Egyptian fruit bat on Cyprus (2005-2022) was likely driven by roost disturbance and declining food availability linked to climate change
该研究指出，2005 至 2022 年间塞浦路斯埃及果蝠种群崩溃了约 85.4%，其主要驱动因素是栖息地干扰以及气候变化导致的食物资源减少。
Towards a standard approach to investigating the Thermal Load Sensitivity of photosystem II via chlorophyll fluorescence
本文通过五项跨物种实验，阐明了光照、叶片处理及恢复时间等关键方法学因素对光系统 II 热负荷敏感性评估的影响，并提出了一套整合温度强度与暴露时长的标准化协议，以克服传统单次热暴露方法的局限并推动热耐受性研究的标准化。
Active microbial communities and their extrachromosomal elements link organic matter degradation to methane cycling in anoxic sediments
这项研究通过整合湖 Cadagno 缺氧沉积物的宏基因组与宏转录组数据，揭示了 VadinHA17 拟杆菌类群及其携带的质粒和病毒在复杂有机物降解及产甲烷过程中的核心作用，阐明了从初级发酵到产甲烷的微生物网络机制。
Moisture reduces saproxylic bee, wasp, and parasitoid diversity in lying and standing deadwood
该研究发现，在亚热带森林中，湿度而非蚂蚁活动是筛选树栖蜂、黄蜂及其寄生蜂群落的主要机制，且接触地面的倒木因湿度较高导致生物多样性低于立木，因此建议保留和增加立木以保护这些重要的生态昆虫。