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该研究发现，由铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、血链球菌和黑色素普雷沃菌组成的囊性纤维化患者常见多微生物群落分泌的细胞外囊泡，会显著增强人支气管上皮细胞的炎症反应并抑制 Trikafta 疗法对 CFTR 氯离子通道的激活作用，从而解释了为何该疗法无法完全消除慢性感染及肺部炎症环境。
本文介绍了一种名为 PALM 的准泊松回归框架，旨在通过控制假阳性、提升统计效力及计算效率，解决大规模微生物组研究及荟萃分析中关联发现复杂且难以复现的难题。
该研究通过分子鉴定确认了利用尼日利亚三种农业废弃物（吉贝木屑、油棕榈果渣和木薯皮）栽培的平菇（Pleurotus ostreatus）的物种身份，并发现其提取物具有显著的抗真菌（针对白色念珠菌和烟曲霉）及抗氧化活性，表明栽培基质类型显著影响其生物活性，使其成为开发新型抗真菌药物的可持续来源。
该研究发现聚磷酸盐（polyP）在蓝细菌中不仅是传统的储能物质，更作为一种空间架构调节因子，通过协调拟核组织、羧酶体定位及类囊体膜结构，从而维持光合作用效率与细胞生长。
该研究提出了一种名为 Termini 的生成式机器学习框架，通过显式设计肽链的 N 端和 C 端化学修饰，成功筛选并验证了具有广谱抗菌活性及体内疗效的高潜力抗菌肽，显著提升了新型抗生素的开发效率。
该研究利用印楝叶水提物生物合成了粒径约 74 纳米的球形银纳米颗粒，证实了其对多重耐药及产 ESBL 大肠杆菌具有显著抗菌活性，同时对正常人体细胞表现出低毒性。
这项针对多民族老年人群的研究证实，肠道菌群（特别是产短链脂肪酸的毛螺菌科和产生次级胆汁酸的梭菌属等）在高质量饮食（MIND 饮食）降低内脏脂肪、肝脏脂肪及代谢功能障碍相关脂肪性肝病风险的过程中起到了关键的中介作用。
该研究揭示了 IL-1 家族通过调控抗菌肽、IL-17 及中性粒细胞反应来启动黏膜免疫，从而限制白色念珠菌的局部感染并防止其在 neutropenic 条件下向全身（特别是肝脏）播散导致死亡。
本文提出了 LGTM 框架，该框架通过结合灵活的非线性纵向建模与可解释的主题表示，有效解决了纵向微生物组数据的高维、组成性及不规则采样等挑战，能够同时识别稳定的微生物亚群并量化其与宿主及环境协变量的动态关联。
该研究通过地中海草地的多年度降水操纵实验发现，降水减少虽未引起植物胁迫，却通过降低溶质运移能力限制了根际碳向周围土壤的扩散，导致根际微生物对根际碳的利用增加、空间隔离加剧以及种间生态互作增强，从而揭示了降水减少影响土壤有机碳稳定性的新机制。
该研究揭示了一种在人类肠道共生菌拟杆菌中保守的 M16 家族肽酶，它通过切割靶标蛋白调控 Cur 转录因子的活性，从而在宿主葡萄糖充足时抑制细菌的定植能力并改变其碳代谢与全局基因表达。
该研究通过结构引导的计算管道设计出一类新型肽类抑制剂，通过靶向抑制新型隐球菌的三种关键致病肽酶，在降低毒力、增强宿主免疫清除及克服耐药性的同时避免了宿主细胞毒性，为开发下一代抗真菌药物提供了理性设计框架。
该研究通过跨中国海岸线的多组学整合分析，揭示了受潮汐分带主导的沙滩生态系统拥有独特的微生物 - 病毒生物群，其中包含大量新物种并展现出随潮位变化的代谢策略及环境污染物转化潜力。
本研究开发了一种基于大豆和豌豆组织的宿主模拟培养基，证实了其在促进大豆相关尾孢菌属真菌孢子形成方面比传统人工培养基（如 PDA 和 V8 琼脂）更有效且更可靠。
该研究开发了一种 pooled 筛选方法，成功鉴定出假单胞菌中一类具有 Cache_3-Cache_2 结构域的新型化学受体，它们能够特异性识别短链 C3 羧酸，并通过结构分析揭示了其相较于甲酸盐受体识别更大配体的分子机制。
这项研究通过对 312 个加德纳菌基因组的综合分析，解决了该属的分类学模糊性并提出了包含 11 个物种和 15 个亚种的新命名体系，同时揭示了物种特异性的代谢与毒力特征、新型质粒及噬菌体，为细菌性阴道病的诊断和治疗提供了统一的框架。
该研究表明，将固氮菌*Azospirillum brasilense* Sp7 与番茄分泌物或胞苷结合处理，不仅能显著降低番茄受丁香假单胞菌侵染后的病害严重程度，还能通过改变根际和叶际微生物群落组成（特别是增加根际中其他固氮菌属的丰度）来增强植物的抗病性。
这项试点研究表明，在低产甲烷与高产甲烷奶牛之间进行瘤胃内容物完全交换后，宿主因素主导了微生物群的重建模式（低产甲烷者恢复原有菌群而高产甲烷者保留供体菌群），且奶牛的甲烷排放表型在交换后得以维持。
本研究成功开发了一种以植物乳杆菌和甜叶菊提取物为配料的合成益生菌酸奶，证实该产品在储存期间不仅保持了良好的微生物活性和理化特性，还显著提升了抗氧化能力、蛋白质含量及感官评分，是一种具有开发潜力的功能性乳制品。
本研究通过序列相似性网络与基因组邻域分析，系统揭示了 QueC 蛋白家族（PF06508）从 tRNA 修饰酶进化为抗噬菌体防御系统（如 QatC 和 Cap9）及其他生化途径（如辅因子合成）的广泛功能分化与保守机制。