PhagePickr: A bacteria-centric computational tool for designing resistance-aware phage cocktails
PhagePickr 是一种新颖的、以细菌为中心的计算流水线,通过基于细菌表面受体相似性和基因组多样性来选择噬菌体,从而设计出具有抗性意识的噬菌体鸡尾酒组合,以最大限度地降低宿主抗性演化的风险。
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微生物学探索着肉眼看不见的生命世界,从维持人体健康的肠道菌群到影响全球气候的海洋细菌,这些微小生命体塑造着地球运转的基石。在这里,我们聚焦于这一充满活力的领域,致力于揭示微观生命如何驱动宏观变化,让复杂的科学发现变得触手可及。
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PhagePickr 是一种新颖的、以细菌为中心的计算流水线,通过基于细菌表面受体相似性和基因组多样性来选择噬菌体,从而设计出具有抗性意识的噬菌体鸡尾酒组合,以最大限度地降低宿主抗性演化的风险。
该论文建议在现有生物安全等级(Biosafety Levels)的基础上,通过引入新的社会安全等级(Societal Safety Levels, SSLs)进行补充,该等级通过量化预期的公众死亡人数,以确保高风险流行病病原体研究能够达到与其他危险工业相媲美的可执行安全阈值,从而更好地保护非自愿参与的公众免受潜在实验室泄漏的影响。
这项研究揭示,母体肠道质粒(尤其是那些与拟杆菌属相关且富含移动性和稳定性基因的质粒)在出生后的前三个月内频繁地与婴儿共享,无论分娩方式如何,但这种传递在12个月时会逐渐减少。
尽管在适应小麦和适应大麦的柄锈菌(*Puccia striiformis*)之间存在显著的宿主特化和全基因组分化,但在替代宿主小檗(*Berberis vulgaris*)上保守的四极配对系统使得能够进行产生具有新颖、重组宿主相互作用谱系的生命力后代的有性杂交。
先前暴露于家蚕潜伏病毒(BmLV)通过抑制关键宿主抗病毒基因的诱导,从而增强随后发生的家蚕核多角体病毒(BmNPV)感染,进而增加病毒复制和蛋白质表达。
本研究报告了在极端微生物 *Anaerocellum bescii* 中首次成功实现耐热型 CRISPR-Cas9 系统,从而实现了高效的基因缺失,并构建了一个色氨酸营养缺陷型菌株,以改进载体的选择与维持。
这项研究表明,与 Ashdown 增菌法或直接培养相比,将 ACER 肉汤预增菌与 qPCR 结合使用,能显著提高对泰国自然污染土壤中类鼻疽伯克霍尔德菌(*Burkholderia pseudomallei*)的检测能力,尽管即使经过增菌处理,培养法在灵敏度上仍低于分子技术。
本研究表明,中链脂肪酸(MCFAs)作为一种有效的佐剂,能够与噬菌体产生协同作用,通过增强对多种革兰氏阳性及革兰氏阴性病原体的杀灭能力、破坏生物膜并防止噬菌体抗性的出现,从而提升其效力。
本研究确定了 LolB 蛋白上特定的正电荷残基(R34、K45 和 R49),这些残基对于其与 LolA 伴侣蛋白上互补的负电荷残基的相互作用至关重要,从而证明了静电作用力介导了外膜运输过程中关键的脂蛋白转移过程。
通过将南非和美国肺炎球菌分离株中血清型与谱系的独立效应进行解构,本研究识别出了特定的遗传决定因素(如 *hk11* 和 *bgaA*),这些因素驱动了 GPSC1 谱系相对于其近缘谱系 GPSC21 而言出人意料的高侵袭性。