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Epigenetic Dysregulation and H19 Suppression in Psoriasis: An SEM Approach
本研究将结构方程模型（SEM）应用于银屑病转录组数据，揭示了表观遗传失调与疾病病理之间具有统计学意义的结构性关系，且该关系主要表现为长链非编码 RNA H19 的下调。
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Habitat Structural Complexity Mediates Coral Reef Resilience and Biodiversity Loss Across Anthropogenic Disturbance Gradients
本研究表明，生境结构复杂性作为一种关键的生态缓冲机制，增强了珊瑚礁的韧性与生物多样性，从而缓解了局部人为压力与气候变化所带来的复合负面影响。
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Human Precursor microRNA Terminal Loop Regions Exhibit Distinct Sequence Characteristics and Motif Enrichment
本研究首次对人类前体 miRNA（pre-miRNA）末端环区进行了全面的表征，揭示了由特定的长度分布、位置核苷酸偏好性以及富集基序所定义的独特序列架构，这些特征可能影响 miRNA 的生物发生过程及蛋白质相互作用。
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Establishing Lethal and Growth Reduction Doses of Fast Neutron Irradiated Cowpea [Vigna Unguiculata (L.) Walp.]
本研究确定了两种豇豆品种在快中子辐照下的半数致死剂量（LD₅₀）和半数生长抑制剂量（GR₅₀），结果表明 SAMPEA 21 比 SAMPEA 20T 更具辐射敏感性，并为优化诱变育种方案提供了必要的基因型特异性基准。
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Do Single-Cell Models Learn Real Biology? An Empirical Analysis of Physical Interaction Signal in Pretrained scGPT Gene Embeddings
这项实证研究表明，scGPT 模型的预训练基因标记嵌入（gene-token embeddings）本身就编码了物理蛋白质-蛋白质相互作用结构，这可以通过在多个数据库中，相互作用基因对之间的余弦相似度显著高于匹配的非相互作用对照组这一事实得到证实。
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Mechanistic Interpretability of Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of scGPT Gene-Embedding Geometry
本文通过实证研究表明，scGPT基础模型的静态基因-标记（gene-token）嵌入空间编码了关于已知物理蛋白质-蛋白质相互作用的可检测但程度中等的的信息，其证据在于相互作用基因对相比于非相互作用对照组具有显著更高的余弦相似度和相互作用预测指标。
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What Knowledge Can Be Extracted from Single-Cell Data? An Empirical Analysis of Donor-Robust Cell-Type Annotation
对人类胰腺单细胞 RNA 测序数据的实证分析表明，对于丰度高的经典细胞类型，细胞类型注释模型在通过留一供者法进行评估时，与随机拆分相比仅表现出轻微的性能下降，从而证明了在声称从单细胞数据中提取知识时，明确阐明其群体和技术范围的必要性。
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When Do Single-Cell Foundation Models Beat PCA? A Simulation-Based Empirical Analysis of Label Scarcity and Perturbation Generalization
这项基于模拟的研究表明，单细胞基础模型在标签稀缺的注释任务（每类仅 1–5 个标记细胞）中显著优于经典的 PCA 流水线，但在有充足标签可用或预测对新扰动的响应时，相比简单的线性基准模型几乎没有优势。
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Rank or Value? An Empirical Analysis of Single-Cell Transformer Tokenization under Sequencing-Depth Loss
这项实证研究表明，在单细胞 RNA 测序中，固定表达值分箱法在测序深度损失下的细胞分类表现优于语料库中位数秩编码，从而揭示了对库大小乘法的不变性并不保证对随机分子丢失的鲁棒性。
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Does Candidate-Space Restriction Destabilize Cross-Tissue Gene Regulatory Network Benchmark Rankings? An Empirical Analysis of Analytic Flexibility in Computational Biology
这项实证分析表明，在基因调控网络基准测试中限制候选空间会显著使跨组织方法的排名发生不稳定，这表明候选定义选择可能会改变比较结论，因此应当随结果一同报告，而非将其视为中性因素。