🧬 biology
Somatic PIK3CA Mutation Status and Gene Expression in Cervical Cancer: A TCGA-CESC Reanalysis
这项针对 TCGA-CESC 的重新分析表明，宫颈癌中的 PIK3CA 体细胞突变与一种广泛的转录特征相关，该特征富集于细胞外基质和局灶粘附通路，而非经典的 PI3K-AKT 信号通路，同时也强调了在纤毛和鞭毛过程方面存在尚未解决的富集现象。
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q-bio
4120 篇论文
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Context-aware LLM extraction and controlled-vocabulary normalization of GEO transcriptomic sample metadata
本文提出了一种可本地部署的大型语言模型流水线，该流水线能够将非结构化的 GEO 转录组学元数据提取并归一化为组织、疾病状态和处理方法的结构化受控词表标签，实现了高准确度，并显著优于确定性匹配方法。
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Associations between bacteriome and chemical pollutants in indoor dust from Czech households
本研究通过分析来自88个捷克家庭的室内灰尘，揭示了特定细菌属（如*Methylobacterium-Methylorubrum*和*Sphingomonas*）与多种化学污染物（如PAHs和PBDEs）之间的显著关联，表明生物与化学污染物之间的相互作用可能会改变室内健康风险，尽管仍需进一步的机制研究来建立因果关系。
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Comprehensive Comparative Evaluation and Consensus Strategy for CRISPR/Cas9 gRNA Design Targeting the TaDREB1 Gene in Bread Wheat (Triticum aestivum)
本研究通过对比针对 TaDREB1 基因的五种预测工具，旨在确定一种高度可靠的引导序列并揭示当前算法输出中的关键局限性，从而建立了一套适用于普通小麦中 CRISPR/Cas9 gRNA 设计的稳健共识策略。
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A Computationally De-Risked CD47 Inhibitor for Glioblastoma
本研究展示了一个由计算驱动的药物发现流程，该流程鉴定并工程化了一种新型的、非 Fc 分泌的头足类蛋白质 AOA_UR2_F7P_M16C，其作为一种强效且去免疫原性的 CD47 抑制剂，在治疗胶质母细胞瘤方面具有巨大潜力，同时避免了以往抗体疗法的血液毒性和免疫原性。
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Skinteractome: An online atlas of neuro-immune-stromal interactions in the human skin microenvironment
本文介绍了 Skinteractome，这是一个交互式在线图谱，利用单细胞转录组学技术，在健康和炎症状态下，对人类皮肤微环境中的神经-免疫-基质细胞间通讯网络进行制图与可视化。
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Study on the mechanism of type 2 diabetes mellitus on tendon repair based on bioinformatics analysis combined with machine learning models
本研究整合了孟德尔随机化、生物信息学和机器学习技术，旨在建立 2 型糖尿病与腱修复受损之间的因果联系，并确定了 MYL2、MYL3 和 TTN 为关键枢纽基因，这些基因可能通过细胞骨架功能障碍和巨噬细胞介导的免疫改变来破坏愈合过程。
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3D µEFPocket for Multimodal Communications with Brain Organoids
本文介绍了一种名为 µEFPocket 的共形超薄微流控生物界面，该界面由聚对二甲苯 C 制成，能够实现人类大脑类器官中化学与电刺激的同时、高分辨率时空控制，以及光学与电信号的同步记录，从而克服了 3D 复杂性的挑战，以促进多模态功能分析和闭环研究。
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Exploration of Evolutionary Dynamics and Genomic Architecture in Acinetobacter baumannii
本研究整合了泛基因组、系统发育基因组学及组成分析，揭示了全球优势菌株鲍曼不动杆菌 ST2 系型依赖于一种开放的基因组架构，其中水平获取的抗生素耐药基因稳定地维持在基因岛内，强调了通过对染色体、质粒和噬菌体进行全面基因组监测以应对碳青霉烯类耐药性的紧迫性。
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Long-read RNA-seq resolves isoform-level and context-specific regulatory architecture of complex traits in cattle
本研究利用来自432头奶牛的群体规模长读段RNA-seq和多组学数据构建了一个全面的牛转录组图谱，揭示了数以千计的新型异构体和上下文特异性调控变异，显著提高了复杂性状遗传学的分辨率，并填补了传统短读段方法留下的“缺失调控”空白。