Benchmarking cell type annotation in spatial transcriptomics: resolving cellular hierarchies, biological fidelity, and dynamic cell states
本研究对 20 种最先进的细胞类型注释方法在多种空间转录组学技术和生物学背景下进行了全面的基准测试,结果表明,尽管 scANVI、Seurat 和 TACCO 等工具整体表现良好,但准确的细粒度和动态状态注释仍然具有挑战性且高度依赖于上下文,这凸显了未来方法需要更好地处理开集识别、空间整合以及稀有细胞群体。