1504 篇论文
这项实证研究表明，scGPT 模型的预训练基因标记嵌入（gene-token embeddings）本身就编码了物理蛋白质-蛋白质相互作用结构，这可以通过在多个数据库中，相互作用基因对之间的余弦相似度显著高于匹配的非相互作用对照组这一事实得到证实。
本文通过实证研究表明，scGPT基础模型的静态基因-标记（gene-token）嵌入空间编码了关于已知物理蛋白质-蛋白质相互作用的可检测但程度中等的的信息，其证据在于相互作用基因对相比于非相互作用对照组具有显著更高的余弦相似度和相互作用预测指标。
对人类胰腺单细胞 RNA 测序数据的实证分析表明，对于丰度高的经典细胞类型，细胞类型注释模型在通过留一供者法进行评估时，与随机拆分相比仅表现出轻微的性能下降，从而证明了在声称从单细胞数据中提取知识时，明确阐明其群体和技术范围的必要性。
这项基于模拟的研究表明，单细胞基础模型在标签稀缺的注释任务（每类仅 1–5 个标记细胞）中显著优于经典的 PCA 流水线，但在有充足标签可用或预测对新扰动的响应时，相比简单的线性基准模型几乎没有优势。
这项实证研究表明，在单细胞 RNA 测序中，固定表达值分箱法在测序深度损失下的细胞分类表现优于语料库中位数秩编码，从而揭示了对库大小乘法的不变性并不保证对随机分子丢失的鲁棒性。
这项实证分析表明，在基因调控网络基准测试中限制候选空间会显著使跨组织方法的排名发生不稳定，这表明候选定义选择可能会改变比较结论，因此应当随结果一同报告，而非将其视为中性因素。
这项研究揭示了硫还原地杆菌（*Geobacter sulfurreducens*）利用一种顺序性的两阶段胞外电子传递策略，即通过孔道-细胞色素复合物 Om(abc)B 首先实现高耗能的 OmcS 纳米线合成，从而使细胞能够从无线模式切换到有线模式，从而极大地扩大了其获取用于复制的 Fe(III) 的范围。
通过对165个基因组的整合基因组学和网络分析，本研究揭示了聚集泛Pantoea（*Pantoea agglomerans*）拥有由水平基因转移驱动的开放式泛基因组，这种转移主要由质粒介导，并受到以聚合泛Pantoea（*Pantoea vagans*）为关键供体的生态位聚类的影响。
本研究表明，来源于*Bacteroides acidifaciens*的代谢物十五碳酸，通过激活JNK-JUN-NCOA4信号通路使衰老的巨噬细胞对铁死亡更加敏感，从而促进其清除并减轻代谢相关脂肪性肝病（MAFLD），进而缓解该疾病。
这项研究表明，与对照组播客不同，15分钟的快速呼吸微休有助于受雇知识工作者维持注意力定向和神经任务参与，因为它防止了指示脱离状态的课后注意力捕获和阿尔法波功率的增加。