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Genome-wide identification and characterization of the GH3 gene family in Rosa chinensis
本研究首次对月季（*Rosa chinensis*）中的 8 个 RcGH3 基因进行了全基因组鉴定和全面的生物信息学表征，阐明了它们的系统发育关系、基因组分布、保守基序及潜在的调控机制，为未来的功能研究奠定了基础。
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q-bio
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Communication-space representation of multicellular tissue organization
该论文介绍了 CommuSpace，这是一个通过将细胞映射到基于配体-受体相互作用的通信空间中来重新定义多细胞组织结构的计算框架，从而揭示了作为组织架构基本高阶层级的涌现性“通信生态系统”，这种层级超越了传统的细胞身份和空间生态位分类。
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Plant architecture reveals contrasting developmental strategies in two threatened West African timber species (Khaya senegalensisand Pterocarpus erinaceus): implications for conservation and sustainable forest management
本研究首次对受威胁的西非木材树种——非洲苏木（*Khaya senegalensis*）和非洲豆角树（*Pterocarpus erinaceus*）进行了全面的建筑形态特征表征，揭示了它们独特的发育模型以及对环境梯度的塑性响应，旨在为优化其保护、造林及可持续管理建立科学依据。
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EEG-to-Report: An Annotation and Feature–Text Framework for Training Language Models on Clinical EEG
本文介绍了 EEG-to-Report，这是一个基于浏览器的框架，通过整合多格式数据摄取、交互式可视化以及自动化特征提取，简化了临床 EEG 注释流程，从而生成用于训练多模态语言模型并起草自动化临床报告的结构化特征-文本对。
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A Consensus Multifeature Deviation Index for Specific Detection of Locomotor Perturbation From Individualized-Baseline Wearable Inertial Signals
本文引入了步态扰动负担（Gait Perturbation Burden, GPB），这是一种无监督的共识多特征指数，它利用个体化的可穿戴惯性基准来专门检测运动扰动，与单特征或仅基于幅值的方法相比，在正常行走期间显著降低了误报率。
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Phylogeny-associated codon evolution and conditional boundary dinucleotide structure in Platycerium plastomes
本研究表明，壶盖蕨属（*Platycerium*）质体基因组中的同义密码子使用在不同地理谱系中保留了系统发育信号，同时揭示了尽管在序列组成和密码子计数方面进行了严格控制，但在密码子边界处仍持续存在一种保守且具有进化意义的 CpG 二核苷酸缺失现象。
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Epigenetic Dysregulation and H19 Suppression in Psoriasis: An SEM Approach
本研究将结构方程模型（SEM）应用于银屑病转录组数据，揭示了表观遗传失调与疾病病理之间具有统计学意义的结构性关系，且该关系主要表现为长链非编码 RNA H19 的下调。
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Human Precursor microRNA Terminal Loop Regions Exhibit Distinct Sequence Characteristics and Motif Enrichment
本研究首次对人类前体 miRNA（pre-miRNA）末端环区进行了全面的表征，揭示了由特定的长度分布、位置核苷酸偏好性以及富集基序所定义的独特序列架构，这些特征可能影响 miRNA 的生物发生过程及蛋白质相互作用。
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Do Single-Cell Models Learn Real Biology? An Empirical Analysis of Physical Interaction Signal in Pretrained scGPT Gene Embeddings
这项实证研究表明，scGPT 模型的预训练基因标记嵌入（gene-token embeddings）本身就编码了物理蛋白质-蛋白质相互作用结构，这可以通过在多个数据库中，相互作用基因对之间的余弦相似度显著高于匹配的非相互作用对照组这一事实得到证实。
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Mechanistic Interpretability of Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of scGPT Gene-Embedding Geometry
本文通过实证研究表明，scGPT基础模型的静态基因-标记（gene-token）嵌入空间编码了关于已知物理蛋白质-蛋白质相互作用的可检测但程度中等的的信息，其证据在于相互作用基因对相比于非相互作用对照组具有显著更高的余弦相似度和相互作用预测指标。