CITS: Nonparametric Statistical Causal Modeling for High-Resolution Neural Time Series

本文提出了名为 CITS 的非参数统计因果建模框架,通过结合任意马尔可夫阶的结构因果模型与滞后条件独立性检验,有效克服了现有方法在处理高分辨率神经时间序列数据时的局限性,并在模拟基准及小鼠大脑大规模记录中验证了其在识别刺激特异性因果通路和区域层级结构方面的卓越性能。

Rahul Biswas, SuryaNarayana Sripada, Somabha Mukherjee + 1 more2026-03-10🧬 q-bio

DeeDeeExperiment: Building an infrastructure for integrating and managing omics data analysis results in R/Bioconductor

本文介绍了 DeeDeeExperiment,这是一个基于 Bioconductor 生态系统的新型 S4 类,旨在通过扩展 SingleCellExperiment 对象并引入专门的差异表达和功能富集分析结果存储槽,来解决多组学实验结果缺乏标准化数据结构的问题,从而实现分析结果的统一管理、可重复性提升及高效共享。

Najla Abassi, Lea Schwarz, Edoardo Filippi + 1 more2026-03-10🧬 q-bio

Benchmarking 80 binary phenotypes from the openSNP dataset using deep learning algorithms and polygenic risk score tools

该研究利用 openSNP 数据集中的 80 种二元表型,系统评估了 29 种机器学习算法、80 种深度学习算法及 3 种多基因风险评分工具的性能,发现机器学习在 44 种表型上表现更优,而多基因风险评分工具在 36 种表型上更具优势,从而为不同表型下的预测方法选择提供了重要参考。

Muhammad Muneeb, David B. Ascher, YooChan Myung + 2 more2026-03-10🧬 q-bio

Preservation Constraints on aDNA Information Generation and the HSF Posterior Sourcing Framework: A First-Principles Critique of Conventional Methods

该论文通过第一性原理分析揭示了古 DNA 保存的复杂性并批判了传统二分类方法的偏差,进而提出了 HSF 后验溯源框架,通过以片段为基本单位、最大化来源多样性及结合保存特征评估,显著提升了混合信号样本中古 DNA 的真实性鉴定与来源判别能力。

Wan-Qian Zhao, Shu-Jie Zhang, Zhan-Yong Guo + 1 more2026-03-10🧬 q-bio