Traveler-based Genomic Surveillance: A Scalable Approach to Early Pathogen Detection and Global Biosecurity

美国疾控中心于2021年至2024年实施的旅行者基因组监测(TGS)计划,成功利用来自国际旅客的匿名鼻拭子样本和航空废水,实现了对SARS-CoV-2、流感和猴痘等全球性传染病威胁的早期、可扩展检测与基因组监测,从而在这些病原体在美国境内广泛传播之前加以识别。

原作者: Bart, S. M., Smith, T. C., Rothstein, A. P., Appiah, G. D., Loh, S. M., Gratalo, D., Simen, B. B., Philipson, C. W., Morfino, R. C., Guagliardo, S. A. J., Ruskey, I., Walker, A. T., Ward, P., Ernst, E
发布于 2026-04-29
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原作者: Bart, S. M., Smith, T. C., Rothstein, A. P., Appiah, G. D., Loh, S. M., Gratalo, D., Simen, B. B., Philipson, C. W., Morfino, R. C., Guagliardo, S. A. J., Ruskey, I., Walker, A. T., Ward, P., Ernst, E. T., Payne, D. C., Cetron, M. S., Friedman, C. R.

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想象一下,美国在其机场登机口建立了一个巨大的、无形的“预警系统”。这并非由检查护照的安保人员组成的系统,而是一支科学团队,旨在将无形病菌在扩散至普通人群之前加以识别。本文描述了美国疾病控制与预防中心(CDC)如何在 2021 年至 2024 年间建立并运行这一名为“基于旅行者的基因组监测(TGS)”的系统。

以下是其运作方式的简化说明:

1. 两个“传感器”:鼻子与下水道

该系统采用两种不同的方式来捕捉病菌,有点像在房子里安装两种不同类型的烟雾探测器。

  • 鼻子(志愿者拭子):想象一位友好的志愿者在机场询问旅客:“嘿,您介意快速做一个鼻拭子采样吗?这有助于我们保护大家的安全。”约有 70 万人表示愿意。他们无需患病,只需是乘坐国际航班抵达的旅客即可。

    • 运作方式:实验室将这些拭子样本分组混合(就像将 10 杯咖啡混合在一起以测试风味)。如果“混合杯”检测呈阳性(味道不好),他们就会对单个样本进行检测,以找出谁是那杯“坏咖啡”。
    • 优势:这能提供一份具体人员及其来源地的名单,但依赖于人们的自愿参与。
  • 下水道(废水):这是“非接触式”传感器。每当一架飞机降落,机组人员就可以从飞机厕所的排泄物中采集样本(或从收集多架飞机排泄物的机场主排污管中采集)。

    • 运作方式:这就像检查一家繁忙餐厅厨房的排水沟。你无法确切知道是谁使用了水槽,但你知道所有在那里用餐的人留下了什么。如果排水沟里有病菌,说明厨房已被感染。
    • 优势:这能捕捉到机上所有人的病菌,包括那些不愿接受拭子采样或不知道自己患病的人。

2. “超级扫描仪”(基因组测序)

一旦系统发现某种病菌(例如引起 COVID-19、流感或呼吸道合胞病毒的病毒),它不会仅仅报告“哦,这里有病毒”。它就像一个高科技指纹扫描仪。

它会读取病毒的基因代码,以确定其确切是哪种“版本”或“变异株”。这就像识别特定型号的汽车:是 2020 款的福特?还是搭载新引擎的 2024 款福特?这有助于科学家在某种新出现的、棘手的病毒变异株开始本地传播之前,就知晓其是否正从其他国家传入。

3. 他们的发现

该论文报告了三年的数据:

  • 反应迅速:从样本采集到向公众通报新的病毒变异株,仅需约 11 天。
  • 捕捉到了大浪潮:他们观察到不同版本的 COVID-19(如 Delta、Omicron 及其众多亚型)随着全球范围内的变化,几乎同步抵达美国。
  • 捕捉到了其他病原体:他们不仅寻找 COVID-19,还在废水中发现了流感、呼吸道合胞病毒(RSV,一种常见的呼吸道病毒)以及胃肠道病毒。
  • 充当了麻烦的雷达
    • 中国的激增(2022 年):当中国突然解除严格封锁并出现病例激增时,美国缺乏来自中国内部的大量数据。TGS 系统充当了一扇窗口,在世界其他地区知晓之前,向美国展示了从中国传出的确切病毒版本。
    • 猴痘与肺炎:当非洲或中国出现令人担忧的新疫情报告时,该系统迅速调整其“传感器”以寻找这些特定病菌。他们在废水中未发现猴痘,这是一个好消息。

4. 为何这很重要

该论文认为,该系统是未来的蓝图

  • 自愿优于强制:他们证明,无需强迫人们接受检测也能获得高质量的数据。人们乐于自愿提供帮助。
  • 填补盲区:许多国家在疫情高峰后停止了对病毒的检测。该系统充当了全球的“倒车影像”,在其他国家不再关注的地方捕捉病菌。
  • 速度:由于他们关注的是旅行者,因此能在病菌冲击本地社区之前发现它们,使公共卫生官员能够抢占先机。

局限性(细则)

作者诚实地说明了该系统无法做到的事情:

  • 它不是人口普查。它无法告知整个国家究竟有多少人患病,只能反映抵达机场的情况。
  • 它无法将特定的患病者追溯至其家庭住址(因为鼻拭子是匿名的)。
  • 只有当航空公司和机场合作允许其采集废水样本时,该系统才能运作。

简而言之:本文描述了一项成功的实验,美国利用志愿者鼻拭子和飞机厕所废水,在其机场建立了一个“病菌雷达”。该系统成功发现了来自世界各地的新病毒变异株和疫情爆发,证明这种“预警”系统是可行、快速且有效的,且无需强迫任何人参与。

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