INTerrupting prolifERation of Carbapenem resistance in Indonesia: clinical and genomic Evaluation of Pathways of Transmission (INTERCEPT) : a Study Protocol
INTERCEPT 研究方案概述了一项英国-印尼的多学科合作，该合作整合了基因组监测、数学建模和定性研究，覆盖中爪哇地区，旨在识别碳青霉烯类耐药细菌的传播途径，并共同设计针对特定情境的干预措施以阻断其传播。
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在全球各地的医院中，一场无声的危机正在上演。细菌正在进化，以求在医生手中最强大的抗生素面前生存下来，使曾经可治愈的感染变成了危及生命的紧急情况。在这些最危险的细菌中，碳青霉烯类耐药微生物是最具威胁性的。碳青霉烯类是一类强大的抗生素，通常作为其他药物失效时的最后一道防线。当细菌获得中和这些药物的能力时，它们就变成了致命威胁，能够导致严重的疾病和死亡，且几乎没有剩余的治疗选择。这一问题在低收入国家尤为严重，因为这些国家的医疗系统面临着巨大的压力，且获取替代药物的机会有限。了解这些超级细菌如何在人与人之间移动，以及它们如何传播其抗性基因，是阻止它们的唯一途径。
在印度尼西亚，这个拥有庞大且多样化医疗体系的国家，这些耐药细菌正变得越来越普遍。尽管国家层面已努力控制其传播，但耐药率仍在持续上升。为了了解原因，来自印度尼西亚和英国的研究小组发起了一项名为 INTERCEPT 的全面调查研究。这项研究不仅仅关注生病的患者；它将整个医院及其周边社区视为一个单一且相互连接的生态系统。研究人员希望精确绘制出这些危险细菌如何在患者、医护人员、医院环境以及更广泛的社区（包括携带医院废弃物的污水系统）之间传播的路径。
该研究由三个相互协作的部分组成。首先，团队追踪了细菌在医院及其附近社区的移动。他们采集了入住重症监护室和普通病房的患者样本，以及负责护理他们的工作人员的样本。他们的研究并未止步于人；他们还擦拭了门把手和水槽等高频接触表面，收集了水槽和马桶中的水，甚至采集了医院污水系统的样本。为了观察这些细菌在医院围墙之外的表现，他们还对医院周边社区的人群进行了采样。通过在数月内进行采样，并覆盖旱季和雨季，研究人员可以观察定植（即细菌存在但未必引起活动性疾病的状态）如何随时间变化以及如何在不同群体之间移动。
其次，团队将重点放在了最严重的病例上：由这些耐药细菌引起的血流感染患者。他们查阅了医疗记录，以了解这些感染是如何治疗的、患者住院时间多长以及治疗结果如何。这部分研究清晰地展示了这些耐药感染对患者健康的实际影响。第三，研究人员与医院中负责决策和执行日常任务的人员进行了交流。他们采访了医生、护士、药剂师和医院管理人员，以了解他们在预防感染或管理抗生素使用时所面临的挑战。他们观察了这些专业人员在日常工作中是如何运作的，以识别阻碍有效措施落实的具体障碍。
为了理清所有这些数据，研究人员使用了先进的基因测序技术。他们读取了样本中细菌的遗传密码，以查看究竟存在哪些菌株以及它们之间的亲缘关系。这使得他们能够以极高的精度追踪传播路径，确定水槽中发现的细菌是否与患者或医生手上发现的是同一种。他们将这些遗传信息与数学模型相结合，以模拟细菌的传播过程。这些模拟有助于他们估算有多少传播源于人与人之间的接触，又有多少源于环境或污水。
该研究的设计初衷不仅是观察，更旨在测试解决方案。在收集完初始数据后，团队将与当地利益相关者合作，设计针对印度尼西亚国情的特定干预措施。这些干预措施将被测试九个月，以观察其是否能成功中断这些耐药细菌的传播。研究人员计划在干预措施实施后再次评估情况，以观察传播速度是否有所减缓。
这种方法之所以独特，是因为它同时从各个角度审视问题。它不再仅仅关注引起感染的细菌本身，而是考察整个传播链——从细菌内部的基因到医院内人员的行为。该研究承认其局限性在于仅限于爪哇中部的三家医院，因此研究结果可能无法代表全国所有情况。然而，通过结合基因分析、数学建模和人类观察，INTERCEPT 研究提供了一份关于这些危险细菌如何移动的详细地图。它提供了一个蓝图，教我们如何停止它们，而不仅仅是通过治疗病人，更是通过理解并切断最初允许耐药性传播的路径。
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