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🧬 biology

Single-Cell Foundation Models in Biotechnology: A Scoping Review and Bibliometric Analysis of Multimodal AI for Cell-State, Perturbation, and Biomarker Prediction

Diese Scoping Review und bibliometrische Analyse von 1.042 Studien zeigt, dass sich Single-Cell-Foundation-Modelle in der Biotechnologie zwar rasant ausweiten, das Feld jedoch unter inkonsistenter Reproduzierbarkeit, mangelnder Benchmark-Strenge und einem Mangel an offenen Ressourcen leidet, wobei einfache Baselines oft eine wettbewerbsfähige Leistung gegenüber komplexen Architekturen erbringen.

Behin Omidi, Mohammmad Mahdi Hemati Aalm, Arshia Farmahini Farahani, Amir Reza Hassan Poor Barkadehi2026-06-30
🧬 biology

Identification of Differentially Expressed Genes Related to UFMylation Modifications in Periodontitis: Integrated Insights from Transcriptomics and Clinical Experiments

Diese Studie integriert transkriptomische Analyse, maschinelles Lernen und klinische Validierung, um C4A, GANAB und TUBA4A als entscheidende UFMylierungs-bezogene diagnostische Biomarker für Parodontitis zu identifizieren, deren Rollen in Immun- und Stoffwechselwegen aufzuklären und potenzielle therapeutische Zielstrukturen vorzuschlagen.

Changqing Mu, Juan Liu, Kaining Liu, Xiaofeng Huang2026-06-30
🧬 biology

Timing of menstrual cups to prevent transition from optimal to not optimal vaginal microbiome community state type: Results from a 6.5-year prospective observational cohort

In einer 6,5-jährigen prospektiven Kohortenstudie an kenianischen Sekundarschülerinnen reduzierte die Verwendung von Menstruationstassen das Risiko eines Übergangs von einem optimalen, *L. crispatus*-dominanten Vaginalmikrobiom in einen nicht-optimalen Zustand signifikant, was darauf hindeutet, dass die Bereitstellung von Tassen vor dem ersten Geschlechtsverkehr entscheidend für die Aufrechterhaltung der vaginalen Gesundheit ist.

Supriya Mehta2026-06-30
🧬 biology

Ethnicity-Stratified Inflammatory Phenotyping Using GMM Clustering and XGBoost Regression: A Cross-Ethnicity Nearest-Neighbour Framework for Precision CRP Estimation in NHANES 2017–2023

Diese Studie nutzt ein zweistufiges maschinelles Lernverfahren, das GMM-Clustering und XGBoost-Regression auf NHANES 2017–2023-Daten kombiniert, um aufzuzeigen, dass die durch Makronährstoffe getriebenen CRP-Reaktionen je nach metabolischem Phänotyp und Ethnie signifikant variieren, wobei ein „Ballaststoff-Resilienz-Paradoxon“ in nicht-hispanischen schwarzen Populationen hervorgehoben und für einen stratifizierten Präzisionsernährungsansatz plädiert wird.

Anshul Iyer, Vania Sharma2026-06-30
🧬 biology

EEG Signal Variance as a Biomarker for Ictal State Classification: Subject-Level Validation of a Random Forest Classifier using the University of Bonn Dataset

Diese Studie zeigt, dass die Varianz des EEG-Signals ein robuster Biomarker zur Unterscheidung von iktalen Zuständen ist und validiert, dass ein Random-Forest-Klassifikator, der mit dem Datensatz der Universität Bonn unter strikter subjektbezogener Datenpartitionierung zur Vermeidung von Leakage trainiert wurde, eine hohe Genauigkeit (96,2 %) und Sensitivität (98,3 %) bei der Anfallerkennung erreicht.

Md. Ahasanul Al Hasib Ayon2026-06-30
🧬 biology

Differential Signaling in Adaptive Immunity: Deciphering the Mechanism to Identify the Physical and Evolutionary Bases of Non‑Self

Dieses Paper schlägt ein mechanophysikalisches Framework vor, das die differenzielle mechanische Auslenkung als die fundamentale Variable identifiziert, welche es adaptive Immunrezeptoren ermöglicht, Selbst von Nicht-Selbst durch die Messung abrupter Abweichungen in physikalischen Kraftfeldern auf Aminosäure-Ebene zu diskriminieren, wodurch humorale und zelluläre Erkennung durch eine progressive Entscheidungskaskade vereinheitlicht wird, die langjährige Paradoxien der Immun-Spezifität auflöst.

Yasir Arafat Maassoom2026-06-30
🧬 biology

Fungal diversity in forest's soil: Moderate-term post-thinning effect of a Mediterranean mature Pinus halepensis forest.

Eine Studie eines mediterranen *Pinus halepensis*-Waldes in Israel zeigt, dass, während eine moderate Durchforstung die gesamte Pilzdiversität leicht reduziert, eine vollständige Entfernung der Bäume die Bodenbeschaffenheit signifikant verändert und die Pilzgemeinschaften von symbiotischen, kieferngestützten Arten hin zu saprotrophen und pathogenen Taxa verschiebt, die typisch für nicht bewaldete Gebiete sind.

Segula Masaphy, Noam Levi, Limor Zabari, Ezra Orlofsky2026-06-30
🧬 biology

A multi-omics dataset of the developing zebrafish intestine: longitudinal transcriptomic and microbiome profiles in wild-type and IgZ knockout models

Diese Studie präsentiert einen Multi-Omics-Datensatz, der longitudinale transkriptomische und mikrobiomische Profile von Wildtyp- und IgZ-Knockout-Zebrabärblingen integriert, um die entwicklungsbedingte Rolle von IgZ bei der Regulierung der Darmimmunität und der mikrobiellen Homöostase aufzuklären.

Raktakamol Pharrat, Xuyang Zhao, Zhengben Wu, Congran Bei, Yongyao Yu2026-06-30
🧬 biology

Optimization of the 5' untranslated region and codon of the mRNA vaccines

Diese Studie zeigt, dass die systematische Optimierung der 5'-untranslatierten Region und der Codon-Nutzung von mRNA-Impfstoffen die Proteinexpressionsraten und die Stabilität signifikant erhöht, eine Strategie, die durch das erfolgreiche Design und die Testung von Impfstoffen gegen das Respiratorische Synzytial-Virus (RSV) F-Protein validiert wurde.

Qiuji Wang, Xiaorong Peng, Yaqian Zeng, Xindeng Guo, Weineng Meng, Ning Deng2026-06-30
🧬 biology

Integrative single-cell and bulk transcriptomic analysis with Shennong machine learning reveals the landscape of calmodulin associated prognostic genes in breast cancer

Diese Studie integriert Einzelzell- und Bulk-Transkriptomanalysen mit dem Shennong-Maschinenlernen, um eine acht-Gen-Calmodulin-bezogene prognostische Signatur bei Brustkrebs zu identifizieren, was deren Assoziation mit der Dynamik von Epithelzellen, spezifischen Signalwegen und potenziellen therapeutischen Zielstrukturen aufzeigt.

Jian Chen, Wenhui Lai, Can Yang2026-06-30